但《規定》並未明確提起的訴訟是行政訴訟還是民事訴訟，實踐中出現了壹些爭議。有的地方作為行政案件受理，有的地方作為民事案件受理。現在這種訴訟越來越多，在理論上予以澄清，在實踐中予以明確，是非常必要的。
第壹，是行政訴訟還是民事訴訟？
1，新規實施前，拆遷人與被拆遷人之間訂立的拆遷補償安置協議屬於民事合同性質，非常明確有爭議可以依法向法院提起訴訟。條例實施後，就變得不清楚了。
2.根據規定，房屋征收部門與被征收人訂立的補償協議涉及協議壹方為政府部門，另壹方為被征收人，是不平等主體之間的協議。因此，將行政訴訟作為行政合同，應該更符合協議的公益性質。
3.國務院法制辦的同誌認為，僅從字面上看，是指民事訴訟。我們習慣於說民事訴訟的時候說‘訴訟’，需要說清楚的時候說行政復議和行政訴訟。按照這個道理，意味著民事訴訟更符合我們壹貫立法的邏輯。但他也承認，賠償協議通常具有公權性質，用民事訴訟來救濟確實對普通人沒有好處。
事實上，在目前的審判實踐中，既有行政訴訟形式，也有民事訴訟形式。如果被征收人不服補償協議，主要是行政訴訟，即“民告官”；當被征收人不履行協議約定的義務時，房屋征收部門壹般會以民事訴訟的方式提起訴訟。
第二，中國人民大學法學院教授莫於川建議，檢方可以選擇采用什麽樣的訴訟方式。
1.莫的建議:以行政訴訟為主，不排除民事訴訟。為什麽？民事訴訟在賠償等問題上更為充分，而行政訴訟的優勢在於舉證對壹方有利。把更多的選擇權留給訴訟當事人，假設通過司法解釋做出規範的選擇，要兼顧有利於被征收人的傾向，同時留有壹定的余地。
2.北京市高級人民法院行政庭庭長胡成坦言，這不僅與法院內部分工有關，也容易導致裁判標準不統壹，實踐中出現混亂。
3.中國政法大學終身教授、中國行政法學研究會名譽會長應松年提出了壹個解決方案:建立民事和行政混合法院，既可以處理民事案件，也可以處理行政案件，尤其是案件重疊的案件。