鄭毅研究領域廣泛，主要包括基本法律權利保障、行政法原理、民族法原理與民族法律問題、中央與地方關系法治化、教育法制等。2008年起，參與編寫各類教材及多部著作；參與完成國家社科基金重點項目和壹般項目、教育部和國家民委部級項目、985項目、211項目和橫向委托立法項目十余項，多次獲得中國法學會和北京市有關部門獎勵。出席數十次學術會議和論壇，多次獲得優秀論文獎。在《法學雜誌》、《貴州民族研究》、《廣西民族研究》、《雪海》、《中國書評》、《中央民族大學學報》等各級綜合性期刊發表學術論文近30篇，其中多篇被《人大復印》、《人民政治》等刊物轉載。曾在《朝陽法學評論》、《公法研究》發表多篇學術論文。在《瞭望》、《中國審判》、《法制日報》、《檢察日報》、《人民法院報》等報刊發表法律時評近十篇。在北京大學法律信息網、法律博客上建立論文集，發表論文、評論、隨筆近60篇，多次被北京大學公法網、中國憲法網、中國法學網、中國法學會網、中國民商法網、中國刑法網、國際經濟法網、中國選舉與治理網、人大與議會研究網、中國人民法制網、新華網、鳳凰網、中國網、光明網、環球網等學術網站訪問。截至目前，已通過各種渠道公開發表超過百萬字。