各級人民政府及有關部門的工作人員在水利工程管理中玩忽職守、濫用職權、徇私舞弊，導致發生涉及水利工程安全事故的，依法給予行政處分；構成犯罪的，依法追究刑事責任。有下列行為之壹的，由發展改革行政主管部門或者水行政主管部門責令停止建設，可以處1萬元以上10萬元以下罰款；符合條件的，責令限期辦理審批手續；不符合條件的，責令拆除違法建設，逾期不拆除的，強制拆除，所需費用由違法建設單位或者個人承擔:
(壹)水利工程可行性研究報告或者項目申請報告應當審查批準，未經審查批準而開工建設的；
(二)水利工程初步設計應當批準而未批準開工，或者批準後初步設計有重大變更，未向原審批機關重新申請審批的。
(三)政府投資的水庫、堤防、水電站的主體工程未經水行政主管部門辦理開工許可手續而開工建設的。違反本條例規定，在水利工程管理範圍內從事下列活動的，由水行政主管部門責令停止違法行為，限期改正，並處五千元以上五萬元以下罰款。造成損失的，應當依法賠償:
(壹)修建影響水利工程安全和正常運行的建築物和其他設施；
(二)爆破、鉆探、采石、取土、采礦及其他危害水利工程安全的活動；
(三)損壞、破壞水利設施及其附屬設施和設備；
(四)傾倒土、石、礦渣、垃圾等廢棄物，且情況嚴重的；
(五)違反規定在壩頂、堤頂、閘橋上行駛履帶拖拉機、硬輪車和超過設計承載能力的車輛，在工程設計中未考慮交通功能的壩頂、堤頂上行駛機動車輛。違反本條例規定，在水利工程管理範圍內從事下列活動的，由水行政主管部門責令停止違法行為，限期改正。逾期不改正的，處以500元以上5000元以下罰款。造成損失的，應當依法賠償:
(壹)修建墳墓、水庫圍墾、開荒種植、築塘養魚；
(2)未經項目經理同意，架設電線桿、放水、挖溝、堵溝、阻水；
(三)在堤壩、水渠上種植、鏟草、毀壞或砍伐防護林。違反本條例規定，在水利工程保護範圍內進行危及水利工程安全的爆破、鉆探、鉆探或者采礦的，由水行政主管部門責令停止違法行為，限期改正，處五千元以上五萬元以下罰款，並依法賠償。
違反本條例規定，在水利工程保護範圍內從事采石、取土、開荒、伐木等危害水利工程安全活動的，由水行政主管部門責令停止違法行為，限期改正，逾期不改正的，處以五百元以上五千元以下罰款，造成損失的，依法賠償。水利工程發生病險，因防汛抗旱需要搶險或者蓄泄水時，水利工程的所有者、管理者或者經營者拒不服從水行政主管部門水量調度指揮的，由縣級以上水行政主管部門組織強制搶險或者蓄泄水，所需費用由違法單位或者個人承擔。
拒絕服從水量調度指揮的單位或個人，由縣級以上人民政府依法追究法律責任。未經有管轄權的水行政主管部門批準，改變水利工程主要用途或者開墾的，由水行政主管部門責令限期改正，拒不改正的，處3000元以上1萬元以下罰款。
水利工程名稱未報有關行政主管部門備案的，由有關行政主管部門責令限期改正，逾期不改正的，處以200元以上1000元以下罰款。