專制皇權高度集中，中央政府嚴格控制地方行政，不允許有獨立的行政體系存在。地方官員必須服從上級，地方政府服從中央政府，最後服從君主。中央政府對地方政府實行多層次多渠道管理；在分權的基礎上，牢牢控制著地方官員的任免、監督和考核。結果皇帝獨斷專行，選官制度不民主不科學，導致腐敗嚴重。
君主過於信任自己的親戚和宦官。危害國家安全。專制皇權對待本國人民，壓制其他民族。容易發生動亂，導致國家不穩定。
加強了對各級地方官員和民眾的控制，加深了民眾的苦難。
強化專制皇權會造成壹些不良後果，形成龐大的官僚機構和龐大的軍隊，導致嚴重的社會危機。
它加強了對人民的控制，影響了政治、經濟和文化的自由和生動的發展。這種制度往往取決於君主的個人政治素質，因為皇帝的個人因素對政局的影響很大，統治集團內部的各種矛盾和鬥爭(宦官專權、任人唯親、外戚幹涉政治等。)可以說是專制集權的副產品。其負面效應在封建社會後期，特別是明清以後越來越嚴重，阻礙了資本主義的發展和社會變革，禁錮了人們的思想，造成了生產力的停滯。這也是中國長期停滯在封建社會的重要政治原因。
專制皇權的不斷強化，加劇了君主鎮壓人民的力度，起義和革命難以成功。
皇帝個人專斷獨裁是國家最高權力，從決策到行使軍政財權都是專斷專橫的。皇帝的錯誤決定會給國家帶來災難。
皇權專制容易形成暴政和腐敗，這是阻礙歷史發展的因素。思想上只有他壹個人，扼殺了他的思想。在封建社會末期，它阻礙了新興資本主義生產關系的萌芽發展。