1.股權持有協議的有效性被否定。
即使股權代持協議能夠證明實際出資人與名義出資人之間存在股權代持關系，但當股權代持協議違反法律、行政法規的強制性規定時，仍將被認定為無效。
2.不承認股東身份。
代理持股關系應該是在委托關系的基礎上形成的，是雙方的法律行為。它要求雙方具有建立委托關系、簽訂委托合同或代理持股協議的相同意向。如果沒有合同但雙方都有事實行為，也可以依法認定存在代理持股關系，雙方的民事權利義務可以通過這種法律關系來確定。
3.衡平法受到懲罰。
當顯著股東因不能清償到期債務而成為被執行人時，其債權人有權依據工商登記記載的股權權屬，向人民法院申請強制執行該股權。
4.名義股東風險
在沒有足夠證據證明持股關系的情況下，名義股東應當承擔實際出資人怠於履行出資義務時的補充賠償責任。
擴展數據:
規避代持股份法律風險的方法。
1.簽訂完善的股權持有協議。股權持有協議是法院認定股權持有關系的重要依據。只有證明了股權持有關系，才能保證實際出資人的股東權利。在股權代持協議中，不僅要明確股權代持關系，還要明確規定股東權利行使方式、違約責任等重要條款。這既是對實際出資人股東權利的保護，也是在實際出資人怠於履行出資義務時，名義股東要求賠償的依據。
2.為了防止股權被處分，實際出資人可以代表出資人抵押股權。實際出資人可以要求名義股東將其代為持有的股權抵押給實際出資人並辦理登記。這種操作可以保證實際出資人合法鎖定持有權，避免持有權被名義股東處分或被名義股東的債權人強制執行。
3.要取得股東資格，最好取得公司其他股東的同意。《最高人民法院關於適用公司法若幹問題的規定(三)》第二十五條規定，實際出資人未經公司其他股東過半數同意，請求公司變更股東、出具出資證明書、記載於股東名冊、記載於公司章程並向公司登記機關登記的，人民法院不予支持。為避免無法自稱為顯要股東，可在初始協議時取得其他股東的同意，並簽署委托協議進行確認，可作為日後其他股東同意的依據。