壹、股份持有協議有效性爭議
如果持股協議的內容沒有違反國家法律的規定，主要是沒有以合法的形式掩蓋非法目的，沒有惡意串通損害他人利益，壹般的持股協議是合法的。但這種合法性只存在於簽訂協議的雙方之間，對第三方沒有約束力。
此外，根據中國的法律，中國的壹些行業限制或禁止外國投資者投資。如果外國投資者規避我國法律規定，以持股方式進入相關行業，根據最高人民法院的相關司法解釋，實際投資者與名義股東之間的持股協議將被認定無效，因為違反了我國的法律規定。
二是持股協議中實際投資人未辦理工商登記的法律風險
在工商行政管理部門登記的股東是委托控股代理人，不是實際投資人。但對外，股東資格的確認是以股東出資證明書和工商登記為依據的。雖然股份持有協議的實際出資人出資，但其姓名未在工商登記資料上顯示，容易存在以下法律風險:
1.不承認股東的身份。由於《股份持有協議》中實際出資人的姓名未記載在工商登記材料中，因此《股份持有協議》中實際出資人的股東身份在法律上不被認可，股東的壹系列權利，如表決權、分紅權、增資優先權、剩余財產分配權等，都需要由代理股東行使，這必然會產生風險。實際出資人很難控制當代股東的股份轉讓和質押。
2.代表股東，惡意損害實際股東利益。包括代股東濫用經營權、表決權、分紅權、增資優先權、剩余財產分配等權利給持股協議實際出資人造成的財產損失。
3.因代理股東自身原因引起的訴訟，被法院凍結、保全或其名下的代理股權被執行。當代股東有其他不能清償的債務時，法院和其他有權機關可以依法查封上述股權，以代股東持有的股權清償股東的債務。持股協議實際出資人未及時制止的，只能依據持股協議向代理股東主張賠償責任。
4.代理股東意外死亡導致繼承或離婚糾紛。如果代理股東意外死亡，其名下的股權將作為財產卷入繼承或離婚的法律糾紛。股份持有協議的實際出資人為了維護自己的財產權，不得不卷入相關的糾紛案件。
法律依據:《民法典》第927條，受托人處理委托事務取得的財產，應當移交給委托人。
《民法典》第九百二十八條受托人完成委托事務的，委托人應當按照約定向其支付報酬。
因不可歸責於受托人的原因致使委托合同解除或者委托事務不能完成的，委托人應當向受托人支付相應的報酬。除當事人另有約定外，從其約定。
《民法典》第929條:有償委托合同因受托人的過錯給委托人造成損失的，委托人可以要求賠償損失。在無償委托合同中，因受托人的故意或者重大過失使委托人遭受損失的，委托人可以請求賠償損失。
受托人超越權限給委托人造成損失的，應當賠償損失。