股權轉讓協議糾紛管轄權的確定，可以依照合同糾紛的規定確定。壹般由合同履行地或者被告住所地人民法院管轄。股權轉讓協議中有有效管轄協議的，根據管轄協議確定管轄法院。但雙方約定由合同簽訂地、原告住所地、標的物所在地及其他與爭議有實際關系的地點的人民法院行使管轄權的，可以按照約定。
股權轉讓糾紛由被告住所地或者合同履行地人民法院管轄。合同未實際履行，雙方住所地不在合同約定的履行地的，由被告住所地人民法院管轄。同時，法律賦予當事人協議管轄法院的權利，即合同當事人可以在書面合同中約定選擇被告住所地和合同履行地；合同簽訂地、原告住所地、標的物所在地人民法院管轄，但不得違反民事訴訟法關於等級管轄和專屬管轄的規定。
法律依據:《中華人民共和國民事訴訟法》
第十七條基層人民法院管轄第壹審民事案件，但本法另有規定的除外。
第十八條中級人民法院管轄下列第壹審民事案件:
(壹)重大涉外案件
(二)在本地區有重大影響的案件。
(三)最高人民法院確定由中級人民法院管轄的案件。
第19條高等法院的管轄權
高級人民法院管轄本轄區有重大影響的第壹審民事案件。
第二十條最高人民法院管轄下列第壹審民事案件:
(壹)在全國有重大影響的案件。
(二)應當由法院審理的案件。
第二十壹條對公民提起的民事訴訟，由被告住所地人民法院管轄。被告住所地與其經常居住地不壹致的，由經常居住地人民法院管轄。對法人或者其他組織提起的民事訴訟，由被告住所地人民法院管轄。同壹訴訟的幾個被告的住所地、經常居住地在兩個以上人民法院管轄的，由各人民法院管轄。