兩者在經濟性質上沒有區別，都是國企。法律差異:《中華人民共和國全民所有制工業企業法》適用於國有獨資企業(雖然有限定詞“工業企業”，但其他行業也可以參照)。其組織形式不是“有限公司”，但名稱通常是“工廠”和“公司”(此處雖有“公司”二字，但不是法人企業，需註意與有限公司不同)。國有獨資公司適用的法律是《公司法》，其中有壹章是關於國有獨資公司的特別規定，也就是說，國有獨資公司的組織形式是壹種特殊的“有限公司”。他的名字自然包含了“有限公司，有限責任公司”的字樣。
法律依據:《國有經濟統計分類辦法》的規定。
國有控股包括絕對國有控股和相對國有控股。國有絕對控股企業是指國有資本(股本)比例超過企業資本總額50%的企業。國有相對控股企業(含協議控制)是指國有資本(股權)比例不超過企業資本總額的50%，但相對大於企業中其他經濟成分比例的企業(相對控股)；或者不大於其他經濟成分，但根據協議由國家實際控制的企業(協議控制)。