1.合夥開店糾紛按以下方式處理:
(1)協商解決，當事人在友好的基礎上通過相互協商解決爭議；
(2)調解，當事人協商不能達成壹致的，可以請求有關機構調解；
(3)仲裁:當事人協商未達成協議，不願調解的，可以根據合同約定的仲裁條款或者爭議發生後雙方達成的仲裁協議，向仲裁機構申請仲裁；
(4)訴訟:合同中沒有仲裁條款，事後又沒有達成仲裁協議的，合同當事人可以將合同糾紛提請法院司法解決。
2.法律依據:《中華人民共和國民法典》第188條
向人民法院請求保護民事權利的時效期間為三年。法律另有規定的，從其規定。
訴訟時效期間從債權人知道或者應當知道權利受到損害和債務人知道之日起計算。法律另有規定的，從其規定。但是，自權利被損害之日起超過二十年的，人民法院不予保護。特殊情況下，人民法院根據權利人的申請，可以決定延期。
第189條
當事人約定分期履行同壹債務的，訴訟時效期間從最後壹個履行期屆滿之日起計算。
二、合夥開店合同中有哪些註意事項？
合夥開店合同註意事項如下:
1.合夥人承擔連帶責任，不能約定免除連帶責任；
2.睡合夥人可以不參與經營，但必須與其他合夥人對債務承擔連帶責任。
3.要註意退夥財務處理的約定，退夥是合夥糾紛最常見的原因之壹；
4.合夥人退夥的，其他合夥人應當按照退夥時合夥企業的財產狀況與該合夥人進行清算，返還該合夥人的財產份額。退夥時有未了結的合夥事務的，結算後進行結算；
5.退夥人對其退夥前已經發生的合夥債務，與其他合夥人承擔連帶責任；
6.比例分配和債務分擔:合夥協議未約定虧損分擔比例的，由全體合夥人平均分配和分擔；
7.因退夥、入夥、修改合夥協議等原因導致合夥企業登記事項發生變更或者需要重新登記的。，應當自作出變更決定或者變更原因之日起15日內向企業登記機關辦理相關登記手續。