1.申請人向商務部或商務部委托的機構提出申請；
2.商務部或者商務部委托的機構收到申請人的申請材料後，應當根據下列情況分別作出處理:
(1)申請事項屬於本行政機關職權範圍，申請材料齊全、符合法定形式的，應當受理；
(二)申請事項屬於行政機關職權範圍，但申請材料不齊全或者不符合法定形式，經補正可以滿足受理條件的，應當在收到申請材料後5個工作日內出具《貨物進出口行政許可申請材料補正通知書》，壹次性告知申請人需要補正的全部內容；
(三)申請事項不屬於本行政機關職權範圍的，作出不予受理的決定，退回申請材料，並告知申請人向有關行政機關申請；
3.該部機電辦對申請材料進行審核，並轉發至商務部。商務部收到申請材料後，按照上述程序進行審批。
4、煤炭進口需要申請自動許可和進口通關。
煤炭自動進口許可證辦理流程:
1，企業必須具備國內煤炭經營資格(煤炭經營許可證)；
2.企業必須先申請電子密鑰，才能進入自動進口許可申請系統並提交申請；
3.商務部(UNCTAD)批準後打印許可證申請表；
4.憑許可證申請表、進口合同和煤炭經營許可證申請自動進口許可證。
綜上所述，煤礦投入生產前，煤礦企業應當依照安全生產法律、行政法規的規定取得安全生產許可證。未取得安全生產許可證的，不得從事煤炭生產。
法律依據:
《中華人民共和國煤炭法》第十九條
煤礦建設應堅持煤炭開發與環境治理同步進行。煤礦建設項目的環境保護設施必須與主體工程同時設計、同時施工、同時驗收、同時投入使用。
第二十條
煤礦投入生產前，煤礦企業應當依照安全生產法律、行政法規的規定取得安全生產許可證。未取得安全生產許可證的，不得從事煤炭生產。
第二十壹條
國家對對國民經濟有重要價值的特殊煤種或者稀缺煤種實行保護性開采。