壹、項目實施單位弄虛作假，虛報項目騙取國債專項資金的，除追回騙取的資金上繳財政部外，要根據《國務院關於違反財政法規處罰的暫行規定》第七條的規定進行處罰，並建議有關部門追究當事人和有關負責人的責任。同時向財政部提出取消項目的建議。對與地方財政及相關主管部門串通的，要及時向財政部報告，並建議省級人民政府追究當事人及相關責任人的責任。
二是項目實施單位違反基本建設程序，擅自變更項目建設內容，提高建設標準，突破項目預算。應責令其整改，並建議有關部門追究當事人及相關責任人的責任，同時建議財政部暫停撥付國債專項資金。
三、地方財政部門、項目實施單位和有關主管部門截留、挪用未專款專用的國債專項資金的，除追回被截留、挪用的資金外，按照《國務院關於違反財政法規處罰的暫行規定》第十四條的有關規定進行處罰，並建議有關部門追究當事人和相關責任人的責任， 並同時向財政部提出暫停撥付國債專項資金的建議。
四、資金來源不落實，配套資金到位比例低於國債專項資金比例的，要責成項目實施單位抓緊落實配套資金，確保配套資金及時到位；配套資金長期不能落實或不到位的，向財政部提出暫停撥付國債專項資金的建議。
五、對項目實施單位不專戶存儲、會計機構不健全、會計核算不規範、資金使用不符合基本建設財務制度、不按標準提取和向建設單位收取管理費、不按規定進行年度項目財務決算的，要責成項目實施單位限期整改；整改不徹底、達不到規定要求的，財政部應當提出暫停支付國債專項資金的建議。
六、項目實施單位未按時提交季度用款計劃或信息嚴重失真的，要責成項目實施單位限期整改；整改不徹底、達不到要求的，向財政部提出暫停撥付國債專項資金。