兩法銜接的現行法律規定和司法解釋主要是國務院頒布的《關於行政執法機關移送涉嫌犯罪案件的規定》、最高人民檢察院發布的《關於行政執法中及時移送涉嫌犯罪案件的規定(試行)》。前者屬於行政法規。雖然明確規定了涉嫌犯罪案件的移送條件、基本程序和工作時限，但行政執法過程中形成的證據進入司法程序後的法律地位和證明規則，卻因為不能涉及刑事司法領域而沒有得到解決。後者屬於檢察機關內部規定，對行政執法機關如何向公安機關移送涉嫌犯罪案件缺乏規定，對其拖延移送案件缺乏有效的、可操作的監督制約機制。因此，在現行法律體系中，對行政執法機關移送涉嫌犯罪活動的監督和限制，刑法和刑事訴訟法的規定極為粗略，行政法規、行政解釋、司法解釋或多部門聯合出臺的各種“意見”的法律位階較低。這種“立法”現狀的存在，導致各種條文的條塊分割，造成法律體系的不和諧、不統壹。因此，僅僅構建“兩法”聯動機制是遠遠不夠的。應該提高立法位階，納入法治體系考慮。
(二)多種原因造成的行政合作的局限性。
目前關於行政執法機關移送涉嫌犯罪案件的法律規定不明確，缺乏必要的程序保障和監督制約，行政機關向公安機關移送刑事案件具有相當的隨意性。雖然很多部門法都做出了“構成犯罪的，將移送司法機關處理”等規定，但並沒有具體的操作細則，也沒有相應的處罰措施。壹些行政執法部門從狹隘的地方主義或部門利益出發，將壹些刑事案件降格處理，以罰代刑，以行政罰款消化刑事案件。行政執法部門之間溝通渠道不暢。在目前條塊分割的行政執法體制下，各行政執法部門通常各司其職，缺乏溝通渠道。壹個經濟犯罪案件的查處往往涉及多個執法部門，也導致案件難以進入刑事司法程序。
(三)行政執法領域對涉嫌犯罪案件缺乏司法監督
由於經濟犯罪案件的復雜性和行政執法的相對封閉性，公安、檢察機關在行政執法領域涉嫌犯罪案件的監督中缺乏信息源，無法得知是否有線索移送，無法真正介入監督。壹些行政執法部門即使移送了壹些案件線索，也往往因取證不及時、證據不固定或丟失等原因而無法立案，追究刑事責任。由於辦案警力不足等因素，公安機關往往要求行政執法機關查清全部事實和證據後，再移交涉嫌犯罪案件。同時，公安機關對行政執法部門已經按照壹事不再罰的原則查處的涉嫌經濟犯罪案件，也在壹定程度上影響了行政執法機關移送案件的積極性。