改革開放後，有所改變，但本質上沒有改變。它仍然是政府主辦的大學，管理大學。
南科大爭取辦學自由多年，現在所謂的中國高校第壹部“基本法”終於出臺了！
新京報訊(記者周)2011 6月8日報道:
被譽為我國第壹部高校“基本法”的《中國南方科技大學管理暫行辦法》(以下簡稱《辦法》)正式頒布。同日，深圳市政府通過最新壹期官方公報披露了全文。《辦法》將於今年7月1日正式實施。
朱清時校長反復提及的“探索建立中國特色現代大學制度”和“教授治校、學術自治”等原則被寫入《辦法》總則。
在治理結構方面，《辦法》提出，南方科技大學將設立董事會、校長、校務委員會和學術委員會。
其中，理事會是南科大的決策機構。董事會可以聘任或者解聘校長、副校長，審批學校章程、財務預決算報告和學校中長期發展規劃。
校長是南科大的法定代表人，全面負責學校的教學、科研和其他行政工作，對理事會負責，執行理事會的決議，履行法律、法規、規章和章程規定的其他職責。
理事會由政府代表、南科大校長及管理團隊、教職工代表、社會知名人士組成。董事長由深圳市市長或市長指定的人擔任，董事由市政府任命。副校長由校長提名，由理事會任命。
但是仔細看了《南科大管理暫行辦法》之後，
可以理解，我們還是逃不出如來的手掌心。既然主要由政府出資，那麽誰來管理的問題就不言而喻了。
但是提倡的學術自由，教授治校，董事會任免校長，還是有創新的，是進步，是嘗試。
雖然董事長是深圳市市長或者市長任命的人，但是董事是市政府任命的！
但這種形式上的進步畢竟還是有重要的現實和歷史意義的，值得關註和研究，值得大學借鑒。