首先，多余的部分退回。將多余的宅基地有償返還給農村集體組織，或者進行復墾；第二，強制拆遷。不願接受處罰的，收回占用的宅基地；第三，有償和有償使用。接受處罰的人將繼續支付其超占和超占宅基地的使用費。
農村混亂地區兩區三區改造的步驟；
1，成立整治工作領導小組，明確責任分工，制定整治方案和時間表；
2.進行全面調查，明確亂區兩區三區的具體位置、面積和存在的問題；
3.根據調查結果，制定具體整治方案，包括拆除違法建築、清理占地、恢復耕地等措施；
4、向社會公布整治方案，征求村民和相關利益方的意見和建議；
5、組織實施整治行動，包括拆遷、土地清理、綠化美化等。，確保整治效果；
6.建立長效管理機制，防止兩區三區問題的再次發生。
總結壹下，農村亂區二區、三區的解決方案有:超占部分返還、強制拆遷、有償使用。農村亂區二、三區整治的步驟包括成立整治工作領導小組、摸底調查、制定整治方案、征求意見、組織實施整治行動、建立長效管理機制。通過這些措施，可以有效解決農村兩區三區問題，防止問題再次發生。
法律依據:
《中華人民共和國土地管理法》
第六十二條
農村村民只能擁有壹處宅基地，其宅基地面積不得超過省、自治區、直轄市規定的標準。在人均土地少，無法保證壹戶壹宅的地區，縣級人民政府可以在充分尊重農村村民意願的基礎上，按照省、自治區、直轄市規定的標準，采取措施保證農村村民住上宅。農村村民建房應當符合土地利用總體規劃和鄉(鎮)村莊規劃，不得占用永久性基本農田，盡量使用原有宅基地和村內戶長。鄉(鎮)土地利用總體規劃和村莊規劃應當統籌規劃、合理安排宅基地，改善農村村民的居住環境和條件。