日本非常重視漁業資源的保護和增殖，不斷增加漁業資源的增殖和放流，並投入巨資建設人工魚礁，此外還通過法律法規和漁業協會漁民的自主規定，對允許漁獲量、捕撈努力量、漁船數量和馬力、限制捕魚區和時段、漁具捕撈方法和允許漁獲量進行限制。
日本有比較完善的增殖放流體系。以靜岡縣為例，建立了資源增殖推進會制度，由縣溫水利用研究中心(指導種苗生產和增殖放流)、縣漁業振興基金(提供必要資金監督放流活動)、縣水產實驗場(指導放流活動和檢驗放流效果)組成。分為伊豆、鎮南和濱明湖三個區域會議會，各市町的漁協承擔具體發布。日本每年都要召開漁業增殖國家和地區會議，交流漁業資源、增殖放流實施情況、放流效果評估及相關研究等方面的信息。日本每年放生的種類主要是洄遊小固定大的礁種。近年來共放流苗種50多億尾，包括三文魚、紅笛鯛、黑笛鯛、比目魚、牙鮃等魚類，日本對蝦、斑節對蝦、三疣梭子蟹等甲殼類，鮑魚、巨蟹等。2004年主要放流品種為銀魚654.38+0.85億尾、紅笛鯛654.38+0.98萬尾、黑笛鯛328.1.08萬尾、比目魚308萬尾、牙鮃2461.3萬尾、車蝦。
日本是較早發展人工魚礁的國家之壹。從1955開始，全國各地都在建設各種人工魚礁。1975年頒布了《沿海漁業綜合開發法》，要求大力發展三項公益事業，即建立魚礁、增殖水生動植物、保護沿海漁業。中央政府每年下達計劃並給予財政補貼，由農林水產省和各都道府縣按規定實施。經過30多年的建設，目前日本超過十分之壹的漁場設置了人工魚礁，平均每年投入近30億元。日本的人工魚礁種類繁多，結構差異較大。人工魚礁是根據不同海域的條件設置的，現在已經掌握了在深水區投放特大魚礁的技術。近年來，日本也非常重視天然海底藻場的保護和修復，包括政府部門、漁業協會和漁民都承擔了相應的工作，如保護、調查、分析和修復實驗等。
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