(壹)船長指揮、駕駛和管理船舶的職責
根據我國《海商法》第三十五條規定，船長負責船舶的管理和航行。船長在其職權範圍內發布的命令，船員、旅客和船上其他人員必須執行。這壹職能是機長的基本職責。船舶上的航行命令由船長發布，船員必須執行。船長不能自己作出決定的，可以召集船員會議作出決定，但執行命令的全部責任仍由船長承擔。
(二)負責全船的生命財產安全。
船長應當采取必要措施，保護船舶及其人員、文件、郵件、貨物和其他財產的安全。
(3)船長的準司法權
船舶是壹個相對封閉的小社會，法律賦予船長壹定的準司法權。這項權利體現在:
在民事案件中，船長應證明船上人員的出生或死亡。
在刑事案件中，船長有責任維護船上的公共秩序。為了保證船上人員和船舶的安全，船長有權對在船上從事違法犯罪活動的人采取禁閉或者其他必要措施，防止其隱匿、毀滅、偽造證據。
(4)船長的代理權
在航行中以及在沒有船舶所有人的港口，船長可以作為船舶和貨物的代理人，處理航行中發生的有關事宜。就船舶所有人而言，船長可以作為船舶所有人的代理人，管理航行事務，簽發提單，訂立拖航合同等。在航行中，為了滿足航行的需要，船長不得不出售船上多余的船舶用品。船舶發生海難時，船長可以代表船舶和貨物雙方與救助方簽訂救助合同。
(5)船長和引航員的關系
為了保證在港區、狹窄水道和法律規定的其他區域的航行安全，在上述區域航行的船舶有時需要持有引航員證書的人員進行引導。
引航包括強制引航和非強制引航:
非強制引航是指船長在認為必要時自願邀請引航員引航，而強制引航是指進入強制引航區的船舶根據法律規定被強制引航，無論船長是否申請引航。
引航員上船引航時，船長和引航員之間會有分工。根據《海商法》第三十九條的規定，船長管理和駕駛船舶的責任，不因引航員引領船舶而解除。當船舶進入引航區時，需要引航員的引導。機長應該服從飛行員的決定，但飛行員沒有獨立指揮權。引航過程中，被引航船舶的船長不得解除駕駛和管理船舶的責任。國際慣例是，飛行員不承擔經濟責任，要承擔行政或刑事責任。