檢察院辦理刑事申訴案件的流程: (壹)人民檢察院由兩名以上檢察人員復核刑事申訴案件，原承辦人不得參加。審查案件時，應當聽取申訴人的申訴理由，與原辦案人員進行座談，必要時對相關證據進行補充調查。(2)公開審理刑事上訴案件的程序。1.立案審查後，檢察部門可以對其管轄的刑事申訴案件進行公開審查，主要形式有開庭和公開審理。但涉及國家秘密或個人隱私、投訴人不願意舉行聽證等原因不適合舉行聽證的案件。2.參加聽證的人員包括:案件承辦人、書記員、申訴人及其訴訟代理人、聽證員以及其他與案件有關的人員。聽證前，人民檢察院臨時聘請三名以上單數的專家、學者、人大代表、政協委員或者其他社會人士擔任聽證員。3.聽證應當由檢察長或者復核案件承辦人之壹主持。投訴人應當陳述投訴理由，案件承辦人應當根據投訴人的投訴理由，說明處理決定認定的事實和法律依據，並出示相關證據。聽證員可以向投訴人和案件承辦人提問，並根據聽證事實對案件進行評議，根據多數意見形成聽證意見並當場宣布。聽證筆錄應當由聽證參加人閱讀後簽名或者蓋章。4、復核案件承辦人應當根據已經認定的事實、證據和相關法律法規，以聽證員的聽證意見為重要依據，提出案件處理意見，報檢察長決定。(三)人民檢察院作出復查決定後，應當制作《刑事申訴復查通知書》或者《刑事申訴復查決定書》，在十日內送達申訴人、原辦案人員和有關部門。《刑事申訴復查決定書》應當公開宣布，並制作宣布筆錄。(四)人民檢察院立案復查的刑事申訴案件，應當在立案後三個月以內審結。案情復雜的，最長不得超過六個月。
法律依據:
中華人民共和國刑事訴訟法
第壹百八十條對於有被害人的案件，人民檢察院決定不起訴的，應當將不起訴決定書送達被害人。被害人不服的，可以在接到決定後七日以內向上壹級人民檢察院申訴，請求公訴。人民檢察院應當將復查決定告知被害人。人民檢察院維持不起訴決定的，被害人可以向人民法院提起訴訟。受害人也可以不經上訴，直接向人民法院提起訴訟。人民法院受理案件後，人民檢察院應當將有關案件材料移送人民法院。
第壹百八十壹條被不起訴人對人民檢察院依照本法第壹百七十七條第二款作出的決定不服的，可以在收到決定後七日以內，向人民檢察院提出申訴。人民檢察院應當作出復核決定，通知不起訴人，並抄送公安機關。
第二百五十二條當事人及其法定代理人、近親屬對已經發生法律效力的判決、裁定，可以向人民法院或者人民檢察院提起上訴，但判決、裁定不停止執行。