網上銀行仍然是經濟金融活動的壹部分，離不開法律的規範和保護，現行法律難以規範網上銀行的發展和保護消費者權益。網上資金轉賬只要有壹個環節出錯，資金就無法正常支付，就會發生法律糾紛，需要法律調整。
二是安全問題十分突出。
相關信息的保密性、真實性、完整性和不可否認性是通過互聯網進行交易的最關鍵因素。當我國還沒有法律法規來應對這些不造成危害或危害較小的網絡犯罪時，如何保證交易安全，為個人保守秘密，就成了網上銀行發展中最迫切需要解決的問題。雖然各商業銀行都采取了壹定的安全措施，制定了相應的規定，但在執行中普遍存在管理不嚴的現象，如密碼存儲和定期更換、主機房安全管理、災難備份、病毒防範等。
三是金融業網絡建設缺乏整體規劃
就國內網銀業務的基礎環境而言，由於基礎設施落後，資金的網上支付滯後，部分客戶在網上交易時仍不得不采用網上下單、線下支付的方式。雖然工、農、中、建四大商業銀行都建立了自己的網站，但網站的框架和服務內容與電子商務和網絡經濟的要求還有很大差距。資金和人員投入嚴重不足，銀行與高科技產業結合不緊密，導致網絡金融市場規模小、技術水平低、覆蓋面小，基本停留在傳統業務的電腦化。同時，商業銀行乃至整個金融行業的網絡建設缺乏整體規劃，所使用的軟硬件缺乏統壹標準，更不用說沒有壹個完整、全面的網上信息系統。
第四，監督意識和現有監督方法的滯後
央行現有的對商業銀行的監管主要是針對傳統銀行，重點是通過增加或減少銀行機構網點指標、檢查和審核業務憑證和報表來實施。網絡銀行時代，會計收支無紙化、處理流程抽象化、機構網點虛擬化、業務內容大幅增加，使得現有監管方式的效率、質量和輻射力大幅降低，監管信息的真實性、全面性和權威性面臨嚴峻挑戰，這將導致基於互聯網的銀行服務監管發生重大變化。