(1)，信息化建設水平落後
近年來，即使我國全面加大了對信息基礎設施的投入，建設資金逐年增加，但與歐美等發達國家相比，我國的信息化建設仍處於較低的發展水平。目前，我國許多企業在信息化建設和電子商務應用過程中，過於註重硬件建設和網絡建設，而忽視了軟件建設和數據建設，甚至有些企業對數據建設無能為力。以上種種，都極大地阻礙了當今電子商務的快速發展。
(2)電子商務建設相對薄弱。
電子商務的安全建設包括計算機網絡系統硬件和軟件的建設。電子商務作為壹個開放的交易平臺，需要保證交易者身份的真實性、信息的完整性和信息的保密性，以保證交易雙方的誠信和平等。然而，我國電子商務技術和信用體系建設尚不完善，交易中經常出現信用問題。電腦黑客、病毒、網絡詐騙、各種手段的網絡盜竊也是不可預測的。電子商務中經常出現的篡改、信息破壞、身份識別、信息泄露等問題，導致人們對電子商務的信任度降低。
特別是在電子商務的支付結算方面，各商業銀行普遍開通了自己的網上銀行業務，並結合電子商務的發展提供相應的服務。但由於我國在身份認證、數據加密、商業密碼、通信安全控制措施等各種技術參數上尚未形成較為完善的國家標準，銀行在業務活動中采用的網絡平臺也不統壹，銀行之間的通信、支付、結算也存在問題，這無疑增加了電子商務活動。
(3)電子商務稅收發展滯後。
隨著網上業務的迅速擴張，傳統貿易的數量已經減少，而中國尚未建立電子商務的稅收標準。作為壹種新的業務發展模式，與之相適應的電子稅收征管尚未建立。作為壹個開放的網絡市場，網上貿易無法得到有效控制，產生了大量的“稅收盲區”，造成了嚴重的稅收流失。如何解決電子商務中的稅源監管，提高稅務稽查效率，是我國政府目前面臨的主要問題之壹。
(4)物流配送管理建設緩慢。
企業需要壹個有效的物流管理系統來保證其正常運作和可持續發展。企業只有通過物質數據的流入、轉化和流出，才能完成整個生產經營活動。因此，物流系統在企業的整體經營秩序中起著至關重要的作用。然而，對於我國電子商務的物流管理來說，尚未建立完善的全國性貨物配送體系。電商公司只是通過自身建立效率低、規模小、平臺分散的物流平臺。導致物流情況和電子商務交易所需的壹套物流服務需求無法匹配。
(5)法律法規不完善
由於國際電子商務的迅速發展，產品、服務和信息在世界各地流動。國際互聯網電子商務平臺運營存在國際民事訴訟、知識產權、簽名認證、隱私等法律風險。這就要求我國與時俱進，迅速完善相關法律制度。只有建立完善的法律體系，電子商務才能更加健康蓬勃地發展。