交通運輸主管部門負責對船舶、港口、碼頭、船閘及其作業活動的汙染防治實施監督管理，承擔港口、碼頭、船閘防汙染設施建設和運行、船舶防汙設備和器材配置和使用、船舶汙染物收集和投放的監管職責。
生態環境主管部門負責水汙染防治和大氣汙染防治的統壹監督管理，承擔船舶含油汙水、含有毒液體物質汙水及其預處理產品岸上轉移處置、船舶尾氣排放監測等監管職責。
城市排水主管部門負責對運輸至城市汙水集中處理單位的船舶生活汙水處理處置進行監督管理，承擔合理選擇船舶生活汙水接入點的職責。
城市管理主管部門負責監督指導船舶生活垃圾納入城市生活垃圾收集、運輸、處理和處置體系，承擔船舶生活垃圾上岸後轉運和處置的監管等職責。
發展改革、工業和信息化、公安、財政、自然資源和規劃、水利、農業農村、商務、應急管理、市場監督管理等主管部門應當根據各自職責，做好南水北調揚州市水域船舶汙染防治工作。第五條水路運輸經營者和港口經營人應當建立汙染防治管理制度、教育培訓制度和監督檢查制度，落實船舶汙染防治責任。第六條市、縣(市、區)人民政府應當加強對南水北調揚州段水域船舶汙染防治的資金保障，支持船舶汙染收集設施、港口汙染防治基礎設施、船舶汙染流接收設施的建設和運營。第七條交通運輸部門應當組織開展防治船舶汙染的宣傳教育活動，加強防治船舶汙染法律法規的宣傳。第八條市人民政府應當組織制定和發布船舶汙染物接收、運輸和處理處置設施建設方案。有關縣(市、區)人民政府負責組織制定本行政區域內船舶汙染物接收、運輸、處理和處置設施建設的具體實施方案和年度建設計劃，並監督實施，公開已建設施的相關信息。第九條港口、碼頭、船閘、水上服務區等。應當按照有關標準和規定，建設接收船舶生活垃圾、生活汙水和含油汙水的設施和設備，並保持其完好；在顯著位置公開船舶汙染物接收點、聯系方式等信息，便於船舶及時投放船舶汙染物。第十條船舶應當按照國家有關規定配備防止生活垃圾、生活汙水、含油汙水等汙染的設備和器材，持有合法有效的防止水域環境汙染的證書和證件。
鼓勵船舶安裝和使用在線監控裝置，自動連續記錄機器處所生活汙水和油汙水的產生和排放情況。第十壹條400總噸以上且僅有生活汙水處理裝置的船舶，應當按照要求進行技術改造。本市現有400總噸以下營運船舶應當按照要求進行生活汙水防汙改造。第十二條市、縣(市、區)人民政府應當根據三級以上航道裏程和船舶流量，設置具有船舶生活垃圾、生活汙水和含油汙水接收功能的船舶汙染物流量接收船，並提供主動接收服務。第十三條禁止船舶向揚州市南水北調工程水域排放生活垃圾、生活汙水、含油汙水、含有有毒液體物質的汙水以及其他可能汙染水體的物質。禁止危險化學品運輸船舶在揚州市南水北調工程水域從事洗艙作業。
運輸危險廢物和危險化學品的船舶不得違反規定進入揚州市南水北調工程水域。第十四條船舶使用的燃料應當符合相關法律法規和標準的要求，不得超標排放動力裝置運行產生的廢氣和船上產生的揮發性有機物。鼓勵船舶使用清潔能源。
港口、碼頭應當按照法律、法規、強制性標準和國家有關規定建設岸電設施。停靠在港口的船舶按照規定使用岸電。