捕撈許可證必須隨船攜帶(非武裝的必須隨身攜帶)，妥善保管，接受漁業行政執法人員檢查。
第十七條捕撈許可證分為以下七類:
(壹)《海洋漁業捕撈許可證》適用於在我國管轄海域內允許的捕撈作業。
(2)《公海捕撈許可證》適用於中國漁船在公海上的捕撈作業。國際或區域漁業管理組織有特別規定的，應當同時遵守有關規定。
(三)《內陸漁業捕撈許可證》適用於內陸水域允許的捕撈作業。
(四)專項(特許)捕撈許可證適用於許可在特定水域、特定時間或者針對特定物種的捕撈作業，包括B類漁區的捕撈作業，與海洋捕撈許可證或者內陸捕撈許可證同時使用。
(五)臨時捕撈許可證適用於臨時捕撈作業和非專業漁船的捕撈作業。
(6)外國漁船捕撈許可證適用於外國船舶和外國人在我國管轄海域的捕撈作業。
(七)漁業輔助船許可證適用於經許可為漁業生產提供服務和從事漁業輔助活動的漁業輔助船。
第十八條縣級以上漁業行政主管部門應當按照規定的權限審批發放捕撈許可證，並對批準的作業類型、場所、時限、漁具數量和規格、捕撈種類等作出明確規定。已經實行捕撈限額管理的品種或者水域，應當明確核定捕撈限額的數量。
作業類型分為刺網、圍網、拖網、網具、漁具、耙網、陷阱、網箱和雜漁具(包括沙灘圍網、網具、網具、面罩和其他雜漁具)。捕撈許可證批準的作業種類最多不超過其中兩種，並規定每種作業種類中的具體作業方法。拖網、網具不得與其他作業類型相結合，其他作業類型不得改為拖網、網具作業。
非漁業生產單位的專業旅遊船不得使用除捕撈以外的其他捕撈方法。
漁業輔助船不得直接從事捕撈作業，其攜帶的漁具應當捆綁覆蓋。
海洋捕撈場所應明確核實捕撈區域的類別和範圍，B類捕撈區域應明確核實捕撈區域、漁場或保護區的具體名稱。公海上應明確劃定海域名稱。內陸水域作業場所應明確水域的具體名稱。
第十九條下列漁業船舶的捕撈許可證應當向省級人民政府漁業行政主管部門申請。省級人民政府漁業行政主管部門應當自受理申請之日起20日內完成審核，並報農業部審批:
(壹)在公海作業；
(二)在我國與有關國家締結的協定確定的漁區、南沙海域、黃巖島海域作業；
(三)在保護區內具有特定漁業資源或者水產種質的漁場工作；
(四)捕撈農業部公布的具有重要經濟價值的苗種或者因養殖或者其他特殊需要禁止捕撈的孕卵親本；
(五)因教學、科研等特殊需要，在農業部公布的禁漁區和禁漁期從事捕撈作業的。
農業部應當自收到省級人民政府漁業行政主管部門報送的材料之日起15日內作出是否發放捕撈許可證的決定。
申請第壹款規定的捕撈許可證的中央直屬單位，應當直接向農業部提出申請。農業部應當自受理申請之日起20日內作出是否發放捕撈許可證的決定。
第二十條B類、C類漁區作業場所批準的漁船不得越界作業。經批準在A類漁區或者內陸水域作業的漁船，不得跨省、自治區、直轄市管轄水域界限作業。因傳統作業習慣或者資源調查等特殊情況需要越界捕撈的，由申請人所在地縣級以上漁業行政主管部門出具證明，報作業水域所在地審批機關批準。
在毗鄰邊境水域捕撈的捕撈許可證，由邊境水域有關縣級以上地方人民政府漁業行政主管部門協商發放，或者由上級漁業行政主管部門批準發放。
第二十壹條除本規定第十九條、第二十條規定的情形外，其他作業的捕撈許可證由縣級以上地方人民政府漁業行政主管部門核發，其中大型拖網、圍網漁船的捕撈許可證由省級人民政府漁業行政主管部門核發。
前款所稱捕撈許可證審批和發放的具體辦法，由省、自治區、直轄市人民政府制定，並報農業部備案。
第二十二條工作場所審批權限如下:
(1)農業部:A類、B類、C類、D類漁區和內陸水域。
(2)農業部各海區漁政漁港監督管理局:本海區內的C類漁區和農業部授權的B類漁區。
(3)省級漁業行政主管部門:海域為本省、自治區、直轄市範圍內的A類漁區和農業部授權的C類漁區。在內陸水域，是指本省、自治區、直轄市行政管轄的水域。特殊情況需經地(市)級或縣級漁業行政主管部門批準的，由省級漁業行政主管部門規定和授權。
第二十三條從事漁具和燈光圍網作業的漁船使用與其主船(母船)相同的捕撈許可證。
第二十四條申請捕撈許可證，應當提供下列資料:
(壹)捕撈許可證申請書(附件3)；
(二)企業法人營業執照復印件或個人戶籍證明；
(三)漁業船舶檢驗證書原件及復印件；
(四)漁業船舶登記(國籍)證書原件及復印件；
(五)漁具、捕撈方法符合國家規定標準的信息；
申請海洋漁業捕撈許可證，除第壹款規定的資料外，還需要提供:
(壹)首次申請和再次申請除改變作業方式外，提供原批準的漁網工具指標；
(二)重新申請和換發捕撈許可證的，提供原捕撈許可證的原件和復印件；
(三)大中型海洋漁船再次申請捕撈許可證，提供捕撈日誌。
申請公海漁業捕撈許可證，除第壹款規定的資料外，還需提供:
(壹)農業部遠洋漁業項目批準文件；
(二)除專業遠洋漁船外，提供海洋捕撈許可證；
(三)首次提供漁網工具指標批準函。
申請專項(特許)捕撈許可證，除提供第壹款規定的資料外，還需提供:
(壹)海洋捕撈許可證或者內陸捕撈許可證原件及復印件；
(二)承擔教學、科研等項目申請的單位，提供項目計劃書、考察區域和船上科研人員名單；
(三)租用漁船進行科學研究和資源調查活動的，提供租賃協議。
跨省、跨海作業的，應當按照規定申請臨時捕撈許可證。除第壹款規定的資料外，還應當提供申請人所在地縣級以上漁業行政主管部門出具的證明原件及復印件。
第二十五條發放海洋漁業捕撈許可證時，應當附有與漁船主機總功率相等的漁船主機功率證書。
第二十六條大中型海洋漁船再次申請捕撈許可證時，應當填寫捕撈日誌(附件4)並提交捕撈許可證年審或者發證機關。
第二十七條捕撈許可證有效期內有下列情形之壹的，應當持漁業船舶所有權證書和漁業船舶國籍(登記)證書向原發證機關申請換發捕撈許可證:
(壹)船舶名稱的變更；
(二)變更船籍港；
(三)漁船所有權人之間發生變更的；
(4)捕撈許可證到期。
第二十八條在捕撈許可證有效期內，發生下列情況，必須按規定重新申請捕撈許可證:
(壹)漁船作業方式的變化；
(二)漁船主機、主尺度和總噸位的變化；
(三)因出售漁船，漁船所有人發生變更的。
海洋漁業船舶的出售，以及主機功率和主尺度的變更，應當按照本規定第十條的規定提前重新申請船網工具指標。
發證機關批準換發、補發捕撈許可證的，應當收回原捕撈許可證，並辦理捕撈許可證註銷手續。
第二十九條在捕撈許可證有效期內，發生下列情況，必須向原發證機關申請補發捕撈許可證:
(壹)捕撈許可證損壞，無法使用的；
(二)捕撈許可證遺失的。
捕撈許可證遺失的，持證人應當在壹個月內向原發證機關報告遺失的時間、地點和原因，在有關媒體公告原捕撈許可證作廢後，發證機關方可換發新證。媒體公告費由持有人承擔。
第三十條有下列情形之壹的，持證人應當向發證機關交回捕撈許可證，並辦理捕撈許可證註銷手續:
(壹)漁船報廢或者損壞，不再從事許可的捕撈作業的；
(二)終止許可的捕撈作業。
第三十壹條捕撈許可證和漁業船舶主機功率證書不得塗改、偽造、塗改、買賣、出租或者以其他形式轉讓。
第三十二條海洋捕撈許可證和內陸捕撈許可證的使用期限為五年。其他類型漁業捕撈許可證的使用期限根據實際需要確定，但最長不得超過3年。
第三十三條使用期限在壹年以上的捕撈許可證實行年度檢驗(以下簡稱年審)制度，每年檢驗壹次。
公海捕撈許可證的年審期限為兩年。
捕撈許可證的年審由發證機關負責，也可以由發證機關委托申請人戶籍所在地或者企業所在地的縣級以上漁業行政主管部門進行。
第三十四條同時符合下列條件的，申請年審，由審查員簽名、註明日期並加蓋公章:
(壹)持有有效的漁業船舶檢驗證書和漁業船舶登記(國籍)證書，且持有人和漁業船舶的主尺度、主機功率和噸位未發生變化；
(二)漁船漁具的種類、場所、時限和數量與許可內容壹致；
(三)按《捕撈日誌》的規定，未超過捕撈限額指標(對實行捕撈限額管理的)；
(四)違規案件已經結案；
(五)按規定繳納漁業資源增殖保護費；
(六)符合有關規定的其他條件。
年審不合格的，年審機關可以責令持證人限期改正，重新進行年審。再次考試合格的，應當持有有效的捕撈許可證。
第三十五條逾期未年審或者年審不合格、證書載明的漁船主機功率與實際功率不符、應當附隨而未附隨、功率證書附隨不足或者附隨無效功率證書、以欺騙等手段非法取得、塗改、偽造、變造、買賣、出租或者以其他形式轉讓的捕撈許可證，為無效捕撈許可證。
塗改、偽造、塗改、買賣、出租或者以其他形式轉讓的漁船主機動力證書無效。
使用無效捕撈許可證或者無捕撈許可證從事捕撈活動的，屬於無證捕撈。
第三十六條捕撈許可證的申請人應當是漁船的所有人，申請被批準後，申請人即成為持有人。持有人應當對其申請的捕撈活動負責，並承擔相應的法律責任。