第壹個層面是，涉及國家秘密、商業秘密、個人隱私的信息屬於不予公開的範圍。這是國際通行做法。就制度設計的整體性和協調性而言，政府信息公開制度應當與國家秘密保護、個人隱私保護、商業秘密保護的立法相協調、同步。
比如60年代以後，美國不僅制定了《信息自由法》來規範政府的信息公開行為，還制定了《隱私法》和《商業秘密法》，明確政府在公開信息時不得不正當侵犯個人的隱私權和企業的商業利益。
日本除了《日本行政機關擁有信息公開法》之外還有《行政機關擁有個人信息保護法》，明確政府信息公開時，個人信息的公開僅限於兩種情況:壹是公開後不會對個人造成不利影響的信息，如獲得榮譽稱號、受到表彰等；另壹種是不公開會損害公眾利益的信息。
然而，中國目前的立法狀況顯然還沒有達到完整和協調:
壹是有計劃但尚未制定個人信息保護法；
二是沒有制定《商業秘密保護法》的立法計劃；
第三，政府信息公開只是行政法規，沒有上升為法律，與其他法律的法律位階不對等，影響其法律效力。
在中國的實踐中，上述不披露例外還遇到了以下實施困難:
首先是國家秘密和工作秘密的關系。因為國家秘密在《保守國家秘密法》中有明確規定，而在地方工作中，涉及不屬於國家秘密但屬於工作秘密的情形，是否也適用政府信息公開的例外沒有明確規定。《規定》制定過程中，考慮到工作秘密也應列為不公開範圍，但擔心在實踐中被濫用。最後沒有說明，讓地方政府可以參考國家機密來執行，具體操作中法律風險不可避免。
二是商業秘密的定義。因為商業秘密的定義主要依據反不正當競爭法中的表述:“不為公眾所知悉，能夠給權利人帶來經濟利益，具有實用性並經權利人保密的技術信息和經營信息”，屬於經濟法調整的範圍，已經超出了行政法的範圍。很多行政機關認為超出了自己的專業能力，客觀上影響了這種不公開情況的實施。
三是個人隱私的界定。個人隱私是民法的概念，也超出了行政法的範疇。行政機關普遍認為，識別個人隱私不僅超出其能力，而且存在很大的法律風險。
上海行政法學會編制的《法治政府之路(2010—2012研究報告集)》顯示，2012年的壹項調查顯示，30.7%的受訪政府信息公開機關工作人員認為，個人隱私和商業秘密缺乏明確的界定標準，導致難以知道應該由誰來認定、如何認定。
對此，筆者認為可以借鑒日本和英美政府在信息公開方面的做法，即不以商業秘密和個人隱私作為不公開的標準，而是將所有可能涉及商業秘密和個人隱私的信息都納入不公開的範圍。
日本《行政機關擁有信息公開法》將個人信息和團體信息列為非公開信息。朱芒教授指出，“與個人有關的信息”涵蓋的範圍很廣，包括個人的思想、信仰、身份、地位、健康狀況等所有與個人有關的信息。美國《信息自由法》中免於披露的信息包括“個人信息、醫療信息和類似信息”。個人信息和醫療信息的含義是明確的，而“類似信息”的含義是模糊的。
在1982之前，對“相似信息”的解釋比較狹隘。在1982“國務院訴華盛頓郵報”壹案中，聯邦最高法院采取了寬松的解釋，認為所有“適用於特定個人”的信息都適用於這種例外。英國關於信息公開的法律也將“與個人信息有關的信息”納入不公開範圍。
因此，筆者建議在立法修改時，將政府信息不公開的情形表述為:
“其他屬於商業秘密或者可能對其市場競爭力產生不當影響的財務信息和商業信息；屬於個人隱私或者可能涉及個人隱私且信息主體不願公開的政府信息，避免因需要認定商業秘密和個人隱私而造成的執行困難。
第二個層面，國際上壹般納入不公開範圍，但我國不排除的情況有兩種:壹種是正在形成和研究的過程性政府信息；二是公開可能影響執法和司法公正的政府信息。
上海市2004年頒布實施的《上海市政府信息公開條例》將上述兩種情形列為免予公開。這是在研究和借鑒國際通行做法的基礎上確定的。
例如，日本的《行政機關擁有信息公開法》將“關於國家機關和地方公共組織內部或之間的商議、討論或協議的信息”視為不公開的情形，因為“公開可能對坦率交換意見和決策中立性造成不應有的損害，可能在全國人民中造成混亂，可能不適當地給予特定人好處或壞處。”
英國《信息自由法》規定有25種信息不會公開，其中程序性信息有三種:損害英國內部關系的信息、與政府政策制定有關的信息、與國王、王室成員及其家人通信有關的信息。
美國《信息自由法》規定，在以行政機關為當事人的訴訟中，不得向非行政當事人披露機關之間或機關內部的備忘錄或信函。這壹規定包含了討論程序性特權的內容，行政機關可以依法享有不公開特權。
事實上，過程信息的公開在我國的實踐中是有爭議的，爭議最多的案例就是由此產生的。《規定》實施後，面臨的訴訟案件首先是這類程序性信息公開的糾紛，而《規定》實施後的中國第壹案就是程序性信息公開。
最後，為解決實踐中面臨的困難，國務院辦公廳於2010年6月發布了《國務院辦公廳關於做好政府信息依申請公開工作的意見》(國辦發[2010]5號)，其中明確提出，行政機關“正在討論、研究或者審查過程中，壹般，類似於行政機關內部人事、財務管理信息，為實踐中解決此類問題提供了依據。
其實，流程信息在法理上不屬於政府信息的範疇，應該認為是政府信息，但屬於不予公開的範圍，這壹點還是值得商榷的。筆者想提出的相關立法建議是，
“條例修改或上升為法律時，在國際上壹般應歸為免予公開的兩種情況:過程信息和可能影響執法司法公正的政府信息的公開，也和國家秘密、商業秘密、個人隱私壹樣，歸為不予公開的範圍。
第三個層次屬於政府信息不公開的兩種情況，即“三保壹穩”和“三需”。
關於“三安壹穩”，《條例》第八條規定:“行政機關公開政府信息，不得危害國家安全、公共安全、經濟安全和社會穩定。”這壹條款從壹開始就有爭議。
爭議之壹是該條款自由裁量權過大，缺乏有效制約。當時上海邀請了壹位參與起草德國政府信息公開法的德國議員做學術交流。研究了我國的規定，首先提出的問題是規定第八條過於分散，難以約束。對此，上海市在制定實施性政府規章時，增加了程序性約束，即公共部門決定不公開屬於“三安壹穩”情況的，應當向上級行政部門報告，以便上級行政部門查錯糾錯。
第二個爭議是這個條款是否可以直接執行。《條例》實施之初，許多地方人大、法院和法學專家認為不能直接引用和執行這壹條款；原因是安排在總論部分。按照立法常識，壹般不直接引用總則部分作為執法依據。如需實施，應在以下具體部分明確規定條件和禁止行為。
為此，國務院在相關解釋中特別明確，該條可直接作為實施依據。從立法本意上看，該條是為了解決過去行政管理或行政執法中因缺乏規範性而導致相對人糾結於歷史遺留問題的現象。因此，該條實質上是“法無溯及力”原則的另壹種表述。