(1)相關法律法規
2002年頒布的原《環境影響評價法》(2003年9月1日起施行)第三十壹條第壹款、第二款分別規定:“建設單位未依法報送建設項目環境影響評價文件，或者未按照本法第二十四條的規定補辦或者重新報批，擅自開工建設的， 有權審批該項目環境影響評價文件的環境保護行政主管部門應當責令其停止建設，限期補辦手續。 逾期不補辦手續的，可以處五萬元以上二十萬元以下的罰款，並對建設單位直接負責的主管人員和其他直接責任人員依法給予行政處分。”建設項目的環境影響評價文件未經原審批部門批準或者重新審批，建設單位擅自開工建設的，由有權審批該項目環境影響評價文件的環境保護行政主管部門責令停止建設，可以並處五萬元以上二十萬元以下的罰款， 並依法對建設單位直接負責的主管人員和其他直接責任人員給予行政處分。 "
2014修訂的新《環境保護法》(2015 1起施行)第六十壹條規定:“建設單位未依法提交建設項目環境影響評價文件或者未經批準擅自開工建設的，由負有環境保護監督管理職責的部門責令停止建設，處以罰款，並可以責令恢復原狀。”
新《環境影響評價法》(2016年修訂，201年9月施行)第三十壹條規定:“建設單位未依法報批建設項目的環境影響報告書、報告表，或者未按照本法第二十四條規定重新報批或者重新審查環境影響報告書、報告表，擅自開工建設的，由縣級以上環境保護行政主管部門責令改正，對建設單位直接負責的主管人員和其他直接責任人員，依法給予行政處分。”
通過上述法律修改，新環保法和新環境影響評價法取消了“限期補辦手續”的要求。
(2)法律的適用
關於對“未批先建”違法行為的行政處罰，我部2016年10月8日作出的《關於適用環境保護法(2014修訂)第六十壹條的批復》(環法函[2065 438+06]6號)已執行新法。
1.建設項目在2015、1之後開工的，或者在2015、1之前開工的，事後仍在繼續建設的，由立案調查的環保部門適用新環保法第六十壹條的規定進行處罰，而不是依據修改前的環境。
2.建設項目在2065438年9月1日之後開工，或者在2065438年9月1日之前開工，事後仍在繼續建設的，立案查處的環保部門應當適用新《環境影響評價法》第三十壹條的規定進行處罰，不再依據修改後的《環境影響評價法》作出“限期補辦手續”的行政命令。
二、關於“違章建築”違法行政處罰的追溯期限。
(1)相關法律法規
《行政處罰法》第二十九條規定:“違法行為在兩年內未被發現的，不予行政處罰。法律另有規定的除外。前款規定的期限從違法行為發生之日起計算；違法行為有連續或者繼續狀態的，從行為結束之日起計算。”
(二)追溯期的起始時間
根據上述法律規定，對“未經批準進行建設”違法行為的行政處罰的追溯期間，自建設行為結束之日起計算。因此，如果“未批先建”的違法行為自建設行為結束之日起兩年內未被發現，環保部門應當遵守《行政處罰法》第二十九條的規定，不予行政處罰。
(三)違反環境保護設施“三同時”驗收制度的行政處罰
1.建設單位同時存在“未批先建”和違反環保設施“三同時”驗收制度兩種違法行為的，予以相應處罰。
如何處罰“未經批準擅自建設”並已建成投入生產或使用，違反環境保護設施“三同時”驗收制度的違法行為，全國人大常委會法工委3月21日《關於建設項目環境管理適用法律問題的批復》， 2007(法委發[2007]2號)規定:“建設單位未依法提交建設項目環境影響評價文件，同時建設項目需要配套建設的環境保護設施未建成、未驗收或者驗收不合格的，建設項目已經竣工。 主體工程正式投入生產或者使用的，依照《環境影響評價法》第三十壹條、《建設項目環境保護管理條例》第二十八條的規定處罰。”
據此，建設單位同時構成“未批先建”和違反環保設施“三同時”驗收制度兩項違法行為的，應當予以相應處罰。
2.對違反環境保護設施“三同時”驗收制度的處罰，不受“未批先建”行政處罰追溯期的影響。
建設項目違反環境保護設施“三同時”驗收制度投入生產或者使用期間，違反環境保護設施“三同時”驗收制度的違法行為處於連續或者繼續狀態的。因此，即使“未批先建”違法行為已超過行政處罰的追溯期兩年，環保部門仍可依法對違反環保設施“三同時”驗收制度的違法行為進行處罰，不受“未批先建”違法行為行政處罰追溯期的影響。
(四)其他違法行為的行政處罰。
建設項目“未經批準擅自建成”投入生產或者使用後，有關單位或者個人超過汙染物排放標準排放汙染物，或者通過暗管、滲井、滲坑、灌註或者篡改、偽造監測數據排放汙染物，或者汙染防治設施不正常運行，分別構成獨立違法行為的，由環保部門依法處罰相關違法行為。
三、關於建設單位能否主動繳納環境影響報告書、報告報批費的問題。
(壹)新環保法和新環境影響評價法沒有禁止建設單位提交環境影響報告書和報告表報批。
對於“未批先建”的違法行為，2014修訂的新環保法第六十壹條增加了處罰條款，與原《環境影響評價法》(2002年)第三十壹條相比，未規定“責令限期補辦手續”的內容；2016修訂的新《環境影響評價法》第三十壹條也刪除了原《環境影響評價法》中“限期補辦手續”的規定。“限期補辦手續”不再作為行政處罰的前置條件，但不禁止建設單位報批環境影響報告書、報告表。
(2)建設單位自願提交環境影響報告書、報告表並交環保部門審查的，有審批權的環保部門應當受理。
“未批先建”違法行為被環保部門依據新環保法、新環境影響評價法進行處罰的，或者“未批先建”違法行為自建設行為結束之日起兩年內未被發現且未受到行政處罰的，建設單位主動將環境影響報告書、報告表報送環保部門審查的， 有審批權的環保部門應當受理，並根據不同情況作出相應處理:
1.符合環境影響評價審批條件的，應當依法審批。
2.對不符合環境影響評價審批條件的，依法不予批準，並可依法責令其恢復原狀。
建設單位違反“三同時”驗收制度，超過汙染物排放標準排放汙染物的，依法予以處罰。
我部此前發布的相關解釋與本意見不壹致的，以本意見為準。原國家環境保護總局《關於如何確定建設單位違法行為持續性的批復》(環發[1999]23號)、《關於適用環境影響評價法第三十壹條的批復》(環函[2004]470號)同時廢止。