對自貿試驗區制度創新做出突出貢獻的單位和個人，應當給予獎勵。第二章管理體制第四條按照統籌管理、分級負責、高效運行的原則，建立權責明確、部門協調、運轉高效的管理體制。
成立自貿試驗區領導小組，負責研究制定推進自貿試驗區建設的策略，推動相關部門落實各項試驗任務，協調解決工作中遇到的重大問題。
自貿試驗區工作領導小組辦公室設在自貿試驗區管委會，負責自貿試驗區工作領導小組的日常工作。第五條設立自貿試驗區管理委員會，作為市政府的派出機構。
自貿試驗區管委會履行下列職責:
(壹)實施《中國(遼寧)自由貿易試驗區總體方案》和各項改革創新措施；
(二)組織研究自貿試驗區深化改革創新經驗，提出創新成果復制推廣建議；
(三)協調研究解決自貿試驗區改革創新中的困難和問題；
(四)協調推進自貿試驗區改革創新發展政策，發布自貿試驗區重要信息；
(五)協調自貿試驗區金融、海關等部門的相關工作；
(六)組織實施自貿試驗區信用管理和監管信息共享，依法履行國家安全審查和反壟斷審查相關職責；
(七)協調和指導本地區的產業布局和開發建設活動，協調和推進重大投資項目建設；
(八)為企業和相關機構提供指導、咨詢和服務；
(九)依法履行其他職責。第六條市人民政府及其相關部門應當遵循簡政放權、放管結合、優化服務的原則，根據自貿試驗區發展需要和工作實際，依照法定程序將經濟管理權限委托給自貿試驗區管委會。第七條自貿試驗區管委會在其職權範圍內制定實施的重大創新措施，應當報市人民政府備案。
自貿試驗區創新措施涉及市人民政府及其部門職權的，市人民政府及其相關部門應當支持先行先試。
自貿試驗區創新措施涉及國家和省有關部門權限的，市人民政府及其有關部門應當積極爭取國家和省有關部門對自貿試驗區的支持，爭取更大的改革自主權。第八條創新管理模式，實現自貿試驗區行政監管、行業自律、信用管理、社會監督、公眾參與的社會治理模式，推動自貿試驗區打造高標準、更加便利、更具參與性的發展環境。第九條在自貿試驗區設立專家咨詢委員會，建立與企業、高校、科研機構和相關行政部門的溝通機制，開展前瞻性問題研究和重大創新措施可行性研究，為自貿試驗區全面發展提供智力支持和保障。第十條實行反饋制度，自貿試驗區管委會應當定期聽取入駐區企業、行業自治組織、執法機關、司法機關、仲裁機構的意見，及時提出有利於自貿試驗區發展的創新意見。第十壹條建立綜合評估機制，對改革創新政策實施情況進行綜合和專項評估，必要時委托第三方進行獨立評估，及時復制推廣改革創新經驗。第十二條實行多規合壹管理制度，項目立項和行政審批通過多規合壹工作平臺進行，自貿試驗區管委會在管理範圍內制定、公布並組織實施簡易程序。
試行企業投資項目承諾制，整合簡化投資項目報建手續，建立先建後驗的管理模式。第十三條建立公平競爭審查機制。對市場準入、產業發展、招商引資、招投標、政府采購、經營行為規範、資質標準等與市場主體經濟活動相關的法規、規範性文件及其他政策措施進行公平競爭審查。