國家海洋行政主管部門負責海洋環境的監督管理，組織海洋環境的調查、監測、監視、評價和科學研究，負責全國海洋工程建設項目和海洋傾倒廢棄物造成海洋汙染損害的防治工作。
國家海洋行政主管部門負責所轄港區水域內非軍用船舶和港區水域外非漁業、非軍用船舶汙染海洋環境的監督管理，並負責汙染事故的調查處理；檢查和處理在中華人民共和國管轄水域航行、停泊和作業的外國船舶造成的汙染事故。船舶汙染事故對漁業造成損害的，漁業行政主管部門應當參與調查處理。
國家漁業行政主管部門負責漁港水域內非軍用船舶和漁港水域外漁業船舶汙染海洋環境的監督管理，負責保護漁港水域生態環境，調查處理前款規定以外的漁業汙染事故。
軍事環保部門負責軍用船舶汙染海洋環境的監督管理和汙染事故的調查處理。
沿海縣級以上地方人民政府行使海洋環境監督管理權的部門的職責，由省、自治區、直轄市人民政府根據海洋環境保護法和國務院的有關規定確定。我國是海洋大國，涉海部門多，海洋環境保護任務十分繁重。因此，根據《海洋環境保護法》的規定，我國海洋環境保護工作是壹個有關部門各司其職、相互配合、密切配合的監督管理體系。具體包括:
1.國務院環境保護行政主管部門作為全國環境保護工作的統壹監督管理部門，指導、協調和監督全國海洋環境保護工作，負責全國防治陸源汙染物和海岸工程建設項目對海洋汙染損害的環境保護工作。國務院環境保護行政主管部門有權對其他有關部門的海洋環境保護工作進行指導，必要時協調各部門在海洋環境保護方面的合作和統壹行動，並對其他有關部門的海洋環境保護工作進行監督。
二是國家海洋行政主管部門作為海洋專業管理部門，負責具體的海洋環境監督管理工作，包括組織海洋環境調查、監測、評價和科學研究，海上巡航監視和海洋環境汙染事故調查處理，防治海洋工程建設項目和海洋傾倒廢棄物對海洋環境的汙染損害。海洋行政主管部門在管理海洋環境方面具有專業技術優勢和壹定的海上執法權。賦予其海洋環境監督管理權，有利於維護國家海洋整體利益，將海洋科技研究成果轉化為海洋環境管理，為海洋環境保護提供科學手段和有效保障。
三。國家海洋行政主管部門在海洋環境保護方面的職責:壹是負責對所轄港區水域內除軍用船舶以外的所有船舶汙染海洋環境的監督管理和汙染事故的處理；二是負責管轄港區水域外非漁業、非軍用船舶汙染海洋環境的監督管理和汙染事故的調查處理；三是對在我國管轄海域航行、停泊、作業造成汙染事故的外國船舶進行檢查，對汙染事故進行調查處理。還需要註意的是，在船舶造成漁業汙染事故的調查處理中，海洋行政主管部門應當有漁業行政主管部門的參與。
四、國家漁業行政主管部門在海洋環境保護中的職責:壹是負責漁港水域內非軍事船舶和漁港水域外漁業船舶汙染海洋環境的監督管理。漁業船舶是指從事漁業生產的船舶，以及隸屬於漁業系統，為漁業生產、科學研究和管理服務的船舶。二是保護漁業水域生態環境。漁業水域是指產卵場、索餌場、越冬場、洄遊通道和魚、蝦、貝、藻類養殖場。三是調查處理漁業汙染事故。漁業汙染事故是指單位或個人將某種物質和能量引入海域，破壞漁業水域的使用功能，影響漁業水域的魚、蝦、貝、藻等海洋生物的繁殖和生長，或者造成生物大量死亡，造成生物有毒有害物質積累和質量下降，對漁業資源和漁業生產造成損害的事件。五、軍事環保部門負責軍用船舶汙染海洋環境的監督管理，並負責軍用船舶造成海洋環境汙染事故的調查處理。軍用艦船多用於軍事目的，涉及軍事機密，由軍隊管理。軍用船舶對海洋環境汙染的監督管理及其造成的汙染事故的調查處理只能由軍隊環保部門承擔，這也有利於軍隊承擔起保護海洋環境的責任。
6.沿海縣級以上地方人民政府海洋環境監督管理部門的設置及其海洋環境監督管理職責，由沿海省、自治區、直轄市人民政府根據海洋環境保護法和國務院有關規定確定，或者與海洋環境保護法和國務院有關規定不相抵觸。