國家海事管理機構負責全國水上水下活動航行安全的監督管理。
其他各級海事管理機構按照各自的職權，負責水上水下活動區域的航行安全監督管理。第五條在內河通航水域或者海岸線從事下列水上水下活動，應當經海事管理機構批準:
(壹)在港口外進行勘探、采礦和爆破；
(二)建造、安裝、維修、拆除水下構築物或者設施；
(三)架設橋梁和索道；
(四)鋪設、檢修和拆除水下電纜或管道；
(五)安裝系泊浮標、浮筒、系船柱等設施；
(六)航道建設、碼頭前沿水域疏浚；
(七)舉辦大型群眾性活動和體育競賽；
(八)打撈沈船沈物。
在管轄海域進行調查、勘探、采礦、測量、施工、疏浚(航道維護和疏浚除外)、爆破、打撈沈船沈物、拖帶、捕撈、養殖、科學實驗等水上水下施工，應當經海事管理機構批準。
前款所稱建築物，包括建造、安裝、維護和拆除水上水下構築物或者設施，架設橋梁和索道，鋪設、維護和拆除水上水下電纜或者管道，安裝系泊浮標、浮筒、纜樁等設施，修建航道。第六條從事需經批準的水下活動的建設單位、組織者或者施工單位，應當符合《中華人民共和國海事行政許可條件規定》規定的相應條件，並向活動場所海事管理機構提交申請和相關材料。取得海事管理機構頒發的《中華人民共和國水上水下活動許可證》(以下簡稱許可證)後，方可開展相應的水上水下活動。
進行挖掘、爆破等可能危及港口安全的活動時，建設單位和施工單位應當報經港口行政管理部門批準。港口行政管理部門應當將審批情況及時通知海事管理機構。第七條水上水下活動涉及兩個以上海事管理機構的，應當向同名的上壹級海事管理機構或者由其指定的同名海事管理機構提出許可申請。第八條從事水下活動需要設立安全作業區的，由海事管理機構予以公告。
無關船只和設施不得進入安全作業區。第九條許可證應當載明單位名稱、船名、時間、水域、活動內容、有效期限以及允許從事水下活動的其他事項。第十條許可證的有效期由海事管理機構根據活動持續時間和水環境特點確定。許可證有效期屆滿不能結束水上水下活動的，建設單位、組織者或者施工單位應當在許可證有效期屆滿前向海事管理機構申請延期15，海事管理機構應當在原許可證上簽註延期期限後，方可繼續從事相應活動。許可證的有效期不得超過3年。第十壹條許可證載明的船舶在水上水下活動期間發生變更的，建設單位、組織者或者施工單位應當及時向作出許可決定的海事管理機構申請辦理變更手續。變更手續辦理完畢前，變更後的船舶不得從事相應的水上水下活動。
許可證載明的從事水下活動的單位、活動內容和水域發生變化的，建設單位、主辦單位或者施工單位應當重新申請許可證。第十二條有下列情形之壹的，建設單位、主辦單位或者施工單位應當及時報告原頒發許可證的海事管理機構，辦理許可證註銷手續:
(a)暫停水上和水下活動；
(二)超過三個月未開工的；
(三)提前竣工的；
(四)因許可事項發生變化而重新申請新許可證的；
(五)因不可抗力，經批準的水上水下活動無法實施的。第十三條從事維修疏浚、清除障礙物等影響通航的航道維修活動，或者維修作業確需限制通航的，應當事先書面通知海事管理機構。
氣象觀測、測量、地質調查、大型清除水面垃圾等可能影響內河通航水域交通安全的活動，應當在活動前報海事管理機構備案。