(1)辦公室
制定本系統年度工作計劃、相關工作制度和長遠發展規劃；處理局機關日常事務，組織重要文稿的起草和審核；負責文電、機要、會議、檔案、督查、信訪、保密、密碼等工作；承辦面向社會的稅收宣傳、新聞發布、政務公開和政府信息公開工作；承擔網站的運行和維護；組織稅收科研、學術交流和科研成果的鑒定、評選、推廣和獎勵；負責本系統的目標管理考核和監督；組織實施綜合行政管理信息系統的日常維護；辦理NPC代表和CPPCC委員建議的有關事項；協助局領導綜合協調相關工作。
(2)政策法規司
組織實施綜合稅收政策；負責相關政策法規的調查、研究、宣傳和培訓；負責貫徹、建立和實施規範稅收執法的規章制度；承擔本機關相關規範性文件的合法性審核；承辦局外綜合性稅收政策文件工作；承辦重大稅務案件的審理；辦理行政復議、賠償案件和行政訴訟案件；組織對稅收法律法規、部門規章和規範性文件實施情況的監督檢查，承擔稅收執法質量評估；配合財政、審計等部門對稅務部門進行監督和審計。
(3)商品和服務稅辦公室
組織實施增值稅、消費稅、營業稅和車輛購置稅的征收管理，制定具體的征收管理實施辦法；解釋和處理與稅務相關的具體業務問題；組織實施相關稅種的納稅評估和稅源管理；指導相關稅收的日常管理和檢查；承擔增值稅專用發票的管理工作；參與與稅收有關的納稅輔導、咨詢服務和稅收法律救濟工作；負責金稅工程流轉稅業務的管理、推廣應用、認證和稅務備案、數據采集和審計管理。
(4)所得稅辦公室
組織實施企業所得稅、儲蓄存款利息所得稅和法律法規規定的基金(費)的征收管理，制定具體的征收管理實施辦法；解釋和處理與稅務相關的具體業務問題；組織實施納稅評估、稅源管理、稅基管理、匯算清繳等措施；指導相關稅收的日常管理和檢查；參與與稅收有關的納稅輔導、咨詢服務和稅收法律救濟工作。
(5)財務室
牽頭編制年度稅收計劃、出口退(免)稅計劃，下達年度免(免)稅轉移計劃；監督檢查納稅和退稅情況；開展稅收分析預測、稅收能力測算、重點稅源監控和企業稅收數據調查；承擔稅務會計、統計核算、稅收票證管理等相關工作；承擔稅收數據的綜合管理和應用；負責管理延期納稅，壞賬稅和死亡稅的註銷。
(6)辦稅服務廳
組織、協調、指導本系統各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織實施保護納稅人權益的規章制度和規範性文件；組織協調實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；指導稅務糾紛的調解；承擔12366熱線、網站納稅服務專欄、短信系統的運行管理；負責稅務代理工作的監督、管理和指導。
(7)辦稅服務廳
負責納稅人在稅務機關辦理的各類涉稅事項，包括稅務登記、納稅申報、稅款征收、稅款繳納、欠稅公告、發票購售、稅法(宣傳)公告、金稅發售、納稅申報審核、咨詢輔導、受理減免稅申請及相關優惠政策。
根據舟山市局實際情況，為方便納稅人辦理涉稅事項，減輕納稅人負擔，暫在定海、普陀設立兩個辦稅服務廳，由市局委托定海、普陀稅務分局代為辦理。
(8)征收管理辦公室
組織實施綜合稅收征管法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體操作辦法；組織實施綜合納稅評估方法，承擔稅收征管質量評估、風險管理和稅收征管因素分析；承擔稅務登記、納稅申報、稅控工具推廣應用等相關工作。組織實施個體和集貿市場稅收征管、稅收管理員制度；負責社會稅收協作和稅收保護，協助司法機關打擊偽造、倒賣、竊取普通發票等違法行為；負責日常稅源基礎管理、日常管理檢查和綜合制度、辦法的制定。
(9)財務管理辦公室
組織實施會計核算基本規範，分析評估稅收成本；組織實施國庫集中支付，辦理具體支付事項；承擔本系統的基本建設、資產管理、政府采購和著裝管理；組織實施財務管理監督、基本建設項目、大宗貨物采購審計和領導幹部經濟責任審計。
(10)人事教育司
組織實施幹部人事管理制度；承辦機構設置、幹部任免、人事調配、勞動工資、人事檔案、公務員管理、專業技術職務管理等人事工作；承擔對下壹級領導班子和領導後備幹部的管理、考核和監督；監督檢查本系統幹部人事規章制度的執行情況；擬定年度檢查工作計劃，組織檢查工作；管理機關和系統的外事工作。
組織實施機關和系統的精神文明建設、稅收文化建設和基層建設；制定並組織實施人才培養、學歷教育工作規劃和年度計劃，開展培養質量考核和評估。
(11)監督辦公室
組織實施紀律檢查和行政監察制度，制定具體實施辦法；監督檢查下級領導班子及其成員執行民主集中制、選拔任用幹部、落實黨風廉政建設責任制和勤政廉政建設的情況；負責監督檢查各級國稅機關及其工作人員在本系統貫徹執行黨和國家的路線方針政策及有關法律、法規和政策的情況；組織協調本系統黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對本系統工作人員違法違紀行為的舉報、投訴和相關申訴；查處本系統工作人員的違法違紀案件和其他重要案件；開展執法監督和整改工作。
(12)大型企業與國際稅務管理
承擔為大型企業提供納稅服務的工作；承擔大型企業的稅源管理、納稅評估和日常檢查；承擔匯總(合並)納稅企業日常稅務檢查的相關工作；承擔有關稅收法律法規和國(地區)間稅收協定、安排的具體實施；組織實施特別納稅調整，解釋和處理具體業務問題。
(13)進出口稅收管理處
組織實施進出口貿易稅收管理，制定稅收管理的具體實施辦法；承辦出口貨物退(免)稅的審批和年終清算；組織對進出口稅收政策執行情況的日常監督檢查；配合相關部門開展反騙稅工作。
機關黨委辦公室負責機關及直屬單位的黨群工作；組織實施機關系統的思想政治工作；承擔入黨積極分子和黨員發展的教育、培訓和考察工作；指導黨建、工會、* *團委、婦委會工作。
離退休幹部處承擔機關離退休幹部的服務和管理工作，指導本系統的離退休幹部工作，隸屬於人事教育司，機構級別為科級。