省、自治區交通運輸廳負責指導本行政區域內城市軌道交通的運營和管理工作。
城市軌道交通所在地城市交通主管部門或者城市人民政府指定的城市軌道交通運營主管部門(以下簡稱城市軌道交通運營主管部門)，在本級人民政府的領導下，負責組織實施本行政區域內城市軌道交通運營的監督管理工作。第二章運營基本要求第五條城市軌道交通線網規劃建設規劃征求意見階段，城市軌道交通運營主管部門應當綜合考慮與城市規劃的銜接、城市軌道交通客流需求、運營安全保障等因素。，並對網絡布局和規模、換乘樞紐規劃、建設時序、資源共享、網絡綜合應急指揮系統建設、線路功能定位、線路系統業態、系統規模、交通銜接等提出意見。
城市軌道交通運營主管部門應當在城市軌道交通工程項目可行性研究報告和初步設計文件編制審批征求意見階段，就客流預測、系統設計運輸能力、交通組織、運營管理、運營服務和運營安全等提出意見。第六條城市軌道交通項目的可行性研究報告和初步設計文件應當設立運營服務專章，至少包括以下內容:
(壹)出入口數量、站臺面積、通道寬度、換乘條件、站廳容量以及車站其他設施、設備容量和服務要求、安全要求；
(二)車輛、通信、信號、供電、自動售檢票等設施設備的選擇與網絡中其他線路設施設備的兼容性；
(三)安全應急設施的規劃布局和規模與運營安全的適應性，與主體工程同步規劃設計；
(四)與城市軌道交通線網能力的銜接；
(五)其他交通方式的配套銜接；
(六)無障礙環境建設。第七條城市軌道交通車輛、通信、信號、供電、機電、自動售檢票、站臺門等設施和綜合監控系統應當符合國家規定的運營接入技術條件，實現系統互聯兼容，滿足網絡化運營需要。第八條城市軌道交通項目原則上應當在可行性研究報告編制前，按照有關規定選擇和確定運營單位。運營單位應當具備下列條件:
(壹)具有企業法人資格，經營範圍包括城市軌道交通運營管理；
(二)具有健全的交通管理、客運管理、設施設備管理、人員管理等安全生產管理制度和服務質量保證體系；
(三)有車輛、通信、信號、供電、機電、軌道、土建結構、運營管理等專業管理人員和與運營安全相適應的專業技術人員。第九條運營單位應當按照規定參與城市軌道交通工程無乘客試運行，熟悉工程設備和標準，觀察系統運行的安全可靠性，發現質量問題和安全隱患，應當督促城市軌道交通建設單位(以下簡稱建設單位)及時處理。
運營單位應當在運營接管協議中明確相關土建工程、設施設備和系統集成的保修範圍、保修期限和保修責任，並督促建設單位將上述內容納入建設工程質量保修範圍。第十條城市軌道交通工程驗收合格後，城市軌道交通運營主管部門應當組織初步運營前安全評估。通過初始運營前的安全評估後，方可依法辦理初始運營手續。
運營單位在初期運營期間，應當按照設計標準和技術規範，對土建工程、設施設備、系統集成的運行狀態和質量進行監控。發現問題或安全隱患，應要求相關責任單位按照有關規定或合同約定及時處理。第十壹條城市軌道交通線路初始運營期滿壹年，運營單位應當向城市軌道交通運營主管部門提交初始運營報告，城市軌道交通運營主管部門應當在運營前組織正式的安全評估。只有通過安全評估的，才能依法辦理正式運營手續。對於安全評估中發現的問題，城市軌道交通運營主管部門應當向城市人民政府報告，並通知相關責任單位要求限期整改。
初期運營的城市軌道交通線路廢棄的，應當通過城市軌道交通運營主管部門組織的安全評估後，方可投入使用。因客觀條件難以完成的，運營單位應當督促建設單位和設計單位履行設計變更手續。廢棄項目全部投入使用或者履行設計變更手續後，城市軌道交通項目可以依法辦理正式運營手續。