本條例所稱河道，包括河流、水庫、人工水道、行洪區和城市人工水面。第三條河流生態環境保護應當堅持統壹規劃、保護優先、防治結合、合理利用、綜合治理、科學管理的原則。第四條河流生態環境保護管理遵循統壹管理、分級負責，流域管理與屬地管理相結合的原則。第五條市、縣(區)人民政府負責河道生態環境的保護和管理。
(壹)制定河道規劃，建立河道生態環境保護管理協調機制，負責制定本行政區域內河道(斷面)生態環境保護目標，組織河道生態環境管理，協調解決河道生態環境保護中的重大問題，實行河道生態環境保護目標責任制；
(二)劃定河道保護範圍和堤防安全保護區並設立標誌和界樁；
(三)組織對下級人民政府和同級有關部門的河流生態環境保護工作進行檢查和考核。第六條河道生態環境保護和管理實行河長制。各級河長負責組織領導相應河流(斷面)的水資源保護，組織水岸線管理、水汙染防治、河流生態環境管理，協調解決跨行政區域的河流生態環境保護。
市、縣(區)、鄉(鎮、街道)組織制定河長制實施方案，建立長效管理機制，確定責任人及其職責，明確責任人的範圍、目標、任務和工作要求。第七條市、縣(區)水行政主管部門負責所轄行政區域內河道生態環境的監督管理。
市、縣(區)發展改革、自然資源、生態環境、公安、工業和信息化、住建、農業農村、財政、文化旅遊、交通運輸、市場監管、衛生等行政管理部門在各自職責範圍內負責河道生態環境保護的監督管理。
市、縣(區)教育、新聞媒體等單位應當做好河流生態環境保護的宣傳教育工作。
水文、環境、疾控等監測機構應當做好河流生態環境的日常監測工作，確保監測結果真實、準確、及時。第八條村民委員會、社區居民委員會可以制定村規民約或者居民公約，引導村民(居民)自覺維護河道生態環境保護。
在河道內從事生產經營的單位和個人，應當承擔河道生態環境保護的主體責任，做好河道生態環境保護工作。
任何單位和個人都有保護河流生態環境的義務，並有權舉報汙染和破壞河流生態環境的行為；有關監督管理部門接到舉報後，應當及時調查處理，對舉報人的相關情況予以保密，並將處理結果告知舉報人。第九條市、縣(區)應當建立河道監管信息平臺。
河道信息平臺應當公布河道保護管理範圍、河道規劃、河長制實施、水環境質量監測、重點排汙單位信息、排放生態流量、河道汙染事故、河道生態環境破壞等應當公開的信息。第十條在河道內從事發電、采砂等生產經營的單位和個人，有義務修復和補償河道生態環境；對河流生態環境造成損害的，應當承擔賠償責任和其他法律責任。具體補償和賠償辦法由市人民政府制定。第十壹條市、縣(區)人民政府和有關行政主管部門應當對保護河道生態環境做出貢獻的單位和個人給予獎勵。第十二條市、縣(區)人民政府應當組織編制河道生態環境保護規劃並監督實施。
該規劃包括河道管理範圍、水資源保護和利用、水電站建設布局、河流汙染治理、河流生態修復和生物多樣性保護等內容。第十三條河流生態保護應當加強流域水生態功能的保護和修復，註重水生態安全和河流環境改善，保持河流自然流向和自然形態，確保水域面積。通過河流生態濕地、特色園林景觀、低窪綠地、河岸植樹等生態工程建設，恢復和保護河流生態系統，提高水體自然凈化和修復能力。第十四條建設和發展水利，防治水害，整治河道，修建橋梁、碼頭、道路、渡口、管道、電纜等跨河建築物和設施，建設單位必須按照河道管理權限將工程建設方案報水行政主管部門審批，然後按照基本建設程序辦理審批手續。建設項目經批準後，建設單位應當將施工安排告知水行政主管部門。