自治旗動物防疫監督機構具體實施本行政區域內的動物防疫監督工作。
蘇木、鄉、鎮、區畜牧獸醫技術服務部門在本級人民政府和自治旗人民政府畜牧獸醫行政管理部門的領導下，組織實施蘇木、鄉、鎮、區動物疫病預防控制工作。第四條自治旗和蘇木、鄉、鎮、區人民政府應當加強對動物防疫工作的領導，實行動物防疫責任制和疫病分級管理制度，制定動物防疫計劃和重大動物疫病預防控制應急預案。加強對飼養、經營動物的單位和個人進行動物強制免疫的宣傳教育。
自治旗人民政府應當將動物疫病預防控制和動物防疫監督所需經費列入財政預算，並保證按時足額到位。自治旗對動物防疫基礎設施建設的投入應當隨著國民經濟的發展逐年增加。
自治旗設立動物防疫保護區，專項用於控制、撲滅和預防重大動物疫病。第五條自治旗和蘇木、鄉、鎮、區人民政府應當保障畜牧獸醫專業技術人員的保健津貼和職業病防治。第六條蘇木、鄉、鎮、區畜牧獸醫技術服務部門，根據動物防疫工作的需要，可以聘請動物防疫員。受聘的動物防疫員應當具有畜牧獸醫專業學校畢業證書，經嘎查委員會推薦，蘇木、鄉、鎮、區畜牧獸醫服務部門考核，自治旗人民政府畜牧獸醫行政管理部門批準，取得動物防疫員證書後，方可上崗。
聘用的動物防疫人員的勞動報酬，從蘇木、鄉、鎮、區畜牧獸醫服務部門向自治旗財政繳納的動物防疫費用中支付，不足部分由自治旗財政統籌解決。第七條飼養、經營動物的單位和個人，應當按照蘇木、鄉、鎮、區人民政府制定的防疫計劃，配合動物防疫員做好保定等動物防疫工作，不得拒絕動物防疫員進行動物免疫。未經許可，禁止進行動物免疫。第八條飼養、經營動物的單位和個人，應當在蘇木、鄉、鎮、區畜牧獸醫技術服務部門實施動物免疫後，按期繳納動物防疫費。
蘇木、鄉、鎮、區畜牧獸醫技術服務部門按照自治區有關規定收取的動物防疫費，應當上繳財政，全額用於動物防疫。第九條蘇木、鄉、鎮、區動物防疫員應當填寫動物免疫檔案，發放免疫戶卡，為免疫動物佩戴免疫耳標。
對無免疫標識的動物，不得出具檢疫證明。第十條自治旗動物防疫監督機構統壹組織發放動物防疫生物制品。任何單位和個人不得擅自生產、銷售動物預防用生物制品。禁止使用過期或者非動物防疫監督機構提供的動物防疫生物制品。第十壹條自治旗動物防疫監督機構和蘇木、鄉、鎮、區畜牧獸醫技術服務部門應當設立兼職疫情報告員。
自治旗動物防疫監督機構和蘇木、鄉、鎮、區畜牧獸醫技術服務部門發現患有疫病或者疑似疫病的動物後，疫情報告人應當按照規定的程序和內容，在規定的期限內報告。
任何單位和個人不得隱瞞、謊報動物疫情或者阻礙他人報告動物疫情。第十二條飼養、經營動物的單位和個人發現患有疫病或者疑似疫病的動物後，應當主動向當地人民政府或者自治旗動物防疫部門報告疫情，並積極配合有關部門控制、撲滅疫情。第十三條發生壹類動物疫情時，自治旗人民政府應當立即發布封鎖令，立即組織有關部門和單位采取封鎖、隔離、撲殺、銷毀、消毒、緊急免疫等強制控制和撲滅措施。，以便迅速撲滅疫情，通報鄰近地區和有關部門，必要時啟動重大動物疫情防控應急預案。
二、三類動物疫病呈暴發性流行時，按照前款規定執行。第十四條自治旗毗鄰地區發生本條例第十三條所列動物疫情時，自治旗人民政府可以根據疫區方向和道路交通狀況，設立臨時動物防疫監督檢查消毒站，對進入自治旗的動物、動物產品進行核實、檢查，並對有關車輛和人員進行消毒。
毗鄰地區疫情封閉解除後，動物防疫臨時監督檢驗消毒站應當及時撤銷。