對於壹些財政投資項目，審計機關、財政部門、行業主管部門甚至中介機構都可以對建設項目進行監督。由於建設項目審查受利益驅動，沒有明確的法律法規對這些不同部門、不同層級的監管進行規範，造成了目前監管體系混亂的局面。部門之間缺乏溝通協調，多次交叉檢查，影響了項目的正常建設。各部門各行其是，沒有壹個部門行使定期監督檢查職責。有壹個奇怪的現象，有的項目壹年檢查幾次，而有的項目從施工到竣工，監管部門都沒有過問。為了更好地履行法定職責，基層審計機關投入了大量精力協調與財政部門的關系。
二、審計中面臨的法律訴訟問題
目前，固定資產投資審計中的法律訴訟實質上是法律適用的沖突。主要參與實踐？民法？、?合同法？用什麽？審計法？工程應用中最典型、最常見的沖突是因工程價款的審核和降低而引發的壹系列糾紛。建設單位提起訴訟壹般是為了追回多付的工程款，施工單位提起訴訟是為了多付的工程款。法院在審理此類案件時，往往拋開審核決定及其反應的事實，以建設單位與施工單位是平等的合同關系為由，依據民法、合同法及雙方簽訂的合同，認為民法、合同法的效力高於其他法律，多數情況下建設單位勝訴。這也鼓勵了很多施工單位在對審核決定不服時，以合同糾紛為由提起民事訴訟，而不是行政復議和行政訴訟，以維護自身利益。在這種情況下，審計發現問題，如何讓法院考慮審計發現的問題，在訴訟中采納審計意見，確實是壹個難題。根據憲法，審計機關由政府領導，審計行為屬於行政行為，審計決定屬於行政決定。審計決定是壹種具體的行政行為，是國家權力的體現。壹經作出，即具有法律效力，非經法定機關和法定程序，不得撤銷或變更。但現實中，司法機關和國家行政執法機關並沒有完全正確地行使法律賦予的權利，甚至否定了法律賦予行政執法部門的權利，導致
三、審計執法主體資格爭議問題
《審計法實施條例》和《財政違法行為處罰處分條例》明確規定審計機關是執法主體，但對審計機關能否依據其他財政法規處理和處罰被審計單位違反國家規定的財政收支，沒有明確約定。這壹矛盾在國家建設項目審計中尤為突出。在國家建設項目審計中，審計機關對建設項目的建設管理、招投標、工程價格、監理等方面都有監督的義務，但能否依據《建築法》、《招標投標法》、《合同法》、《土地管理法》和《監理制度》的規定進行處理和處罰，則存在爭議。特別是由於立法的缺失，現行法律並未賦予國家審計機關審計執法權，這勢必影響國家審計機關的權威，同時也助長了違法行為的囂張氣焰。
四、審計機關內部也存在壹些問題。
(1)組織不健全。當前，各級政府對公共建設的投入不斷增加，審計機關承擔的審計任務十分繁重。壹些地方成立了政府投資審計中心，采取政府雇員制來解決審計專業人才不足的問題，取得了壹定的成效。但在實際操作中仍存在壹些自身無法解決的問題:壹是聘請人員的經費得不到保障，不利於政府投資審計的深入開展。二是審計力量不足時，國家審計機關將政府投資審計項目委托社會中介機構進行審計，審計費用減免只能由社會中介機構收取。作為全程監管的審計機關，將面臨資金緊張的尷尬局面。
(二)人員數量和素質不相適應。政府投資審計涉及許多專業和學科。要求審計人員不僅要懂財務和工程管理，還要懂經濟管理、社會科學和法律。縣級審計機關缺乏復合型審計人才，難以滿足全面、高水平的政府投資審計工作需要。政府投資項目的審計重點主要是核實工程造價，防止工程高估冒算、損失浪費等，對其經濟性、效率性和效果性的評價很少。服務宏觀決策的功能沒有充分發揮。投資效益評價不全面、不科學，審計質量不高。
由於固定資產投資審計仍處於探索和發展的初級階段，主要問題是相關配套法規不健全，審計內容和方法不夠成熟，審計組織不健全。針對上述問題，筆者認為:
第壹，固定資產投資審計應以制度和法律的形式固定下來。作為工程竣工、決算、驗收、交付使用的法定程序，進壹步明確了財政、稅務、工商、建設、金融等有關部門應當相互配合，按照各自的職責，配合審計機關做好固定資產投資的審計監督工作。
二、完善固定資產投資審計的法律法規，最終從法律上解決法律沖突。司法機關要認識固定資產投資審計在維護國家和集體利益方面的積極作用，尊重審計決定的權威性，在審理此類案件時不能忽視審計機關作出的審計決定。
三、明確審計機關執法資格。既然我國把審計機關定位為行政執法部門，既然要對其進行處理和處罰，就應該明確處理和處罰的權限。因此，審計法及其實施條例應進壹步明確賦予審計機關相關法律法規的執法主體資格，審計機關完全有權依照審計法等相關法律法規的規定進行評價、處理和處罰。
第四，建立人才培養機制，提高審計人員的綜合素質。壹是積極爭取地方政府支持，確保機構人員到位，審計經費納入同級財政預算或向建設單位收取。二是從高等院校或社會中介機構招聘優秀人才，同時幫助現有投資審計人員通過脫產學習培訓不斷提高業務技能。第三，建議上級審計機關抽調下級審計人員協助對壹些大型政府投資項目進行審計，取得了試訓的效果。