本辦法適用於沿海船舶的邊防管理。第三條本辦法所稱邊境管理區，是指本自治區邊境沿線縣(市、區)實施邊防檢查的區域。具體範圍由自治區人民政府根據邊境管理的需要劃定和調整。第四條公安邊防管理堅持維護邊境穩定安寧，促進邊境貿易、旅遊和對外經濟合作，方便邊民生產生活的原則。第五條公安邊防部門負責出入境邊防檢查、邊境管理區出入境邊防檢查和邊境沿海地區治安管理等行政執法工作。
自治區公安邊防部門主管全區的公安邊防管理工作。
邊境管理區所在地的市、縣(市、區)公安邊防部門負責本行政區域內的公安邊防管理工作。第六條公安邊防部門依法對進出邊境管理區的人員及其行李、交通工具和所載貨物進行邊防檢查。第七條進出邊境管理區的人員必須持有合法有效證件，接受公安邊防部門的檢查。第八條有下列情形之壹的，公安邊防部門應當阻止人員進出邊境管理區:
(壹)未持有本人證件的；
(二)持無效證件的；
(三)冒用他人證件；
(四)持有偽造、變造的證件的；
(五)拒絕接受邊防檢查的；
(六)法律法規禁止出入境的其他情形。第九條任何單位或者個人不得組織、運送無有效證件的人員或者非法越境者進出邊境管理區；邊境管理區內的單位和個人不得接納或者雇用無有效出入境證件的人員進入邊境管理區。第十條確需在本自治區邊境2000米範圍內從事爆破作業、勘探、采礦、測繪、影視節目拍攝等涉及邊境管理活動的，應當依法取得行政許可，並在實施活動前告知公安邊防部門。第十壹條公安邊防檢查部門發現下列物品，應當扣留或者沒收，由承運人、運輸負責人依照有關法律、法規的規定處理:
(壹)攜帶、運輸危害國家安全和社會秩序的違禁物品的；
(二)非法攜帶屬於國家秘密的文件、資料和其他物品的；
(三)攜帶或者未經批準攜帶槍支彈藥的；
(四)法律法規規定禁止進出境的其他物品。第十二條邊境、沿海地區船舶較多的地方，可以建立群防群治組織，協助公安邊防部門進行船舶治安管理。第十三條出海船舶、漁民和船民應當隨身攜帶船民證、出海船舶戶口簿或者出海船舶邊防登記簿，接受公安邊防部門的檢查和管理。第十四條出海船舶的更新、改造、轉讓、租賃、報廢、滅失和船員變更，除按規定到船舶主管部門辦理有關手續外，當地公安邊防部門還應當辦理出海船舶戶口簿和船民出海證件的變更和註銷手續。第十五條船舶進出母港以外的港口，應當向當地公安邊防部門或者其授權的船舶簽證點辦理邊防簽證手續，接受檢查。但海事、海監、緝私等依法執行公務的特種船舶除外。第十六條違反本辦法非法出入邊境管理區的，處警告或者100元罰款。第十七條在距本自治區邊境線2000米範圍內從事爆破作業、勘探、采礦、測繪、影視節目拍攝等涉及邊境管理活動的，處警告或者300元以上3000元以下罰款。第十八條組織、運送無有效證件人員或者非法越境人員進出邊境管理區的，處500元以上5000元以下罰款；構成犯罪的，依法追究刑事責任。第十九條在邊境管理區內收留或者雇用無有效出入境證件人員的，處警告或者200元以下罰款。第二十條出海船舶、漁民和船民未隨身攜帶有關出海證件的，對船舶負責人和直接責任人員給予警告或者處200元以下罰款。第二十壹條海船的更新、改裝、轉讓、出租、報廢、滅失和船員變更，未向公安邊防部門辦理變更或者註銷海船出海證件手續的，對船舶所有人或者直接責任人給予警告或者處200元以下罰款。第二十二條船舶進出母港以外的港口，未按照規定辦理邊防簽證手續的，對船舶負責人和直接責任人員處警告或者二百元以下罰款。第二十三條公安邊防部門的工作人員濫用職權、玩忽職守、徇私舞弊的，依法給予處分；構成犯罪的，依法追究刑事責任。第二十四條本辦法自2007年4月6日起施行。