位於自然保護區等特別保護區的濕地，按照有關法律法規進行保護和管理。第三條本條例所稱濕地，是指常年或者季節性澇漬地區、低潮時水深小於6米的水域和海域，包括濱海濕地、庫塘濕地、河流濕地、湖泊濕地、沼澤濕地、重點保護野生動物棲息地和重點保護野生植物等自然濕地和人工濕地。第四條濕地保護和管理應當遵循全面保護、合理利用、科學恢復和可持續發展的原則。
濕地保護和管理要妥善處理與當地經濟建設和居民生產生活的關系，做好因濕地保護需要搬遷或限產的居民的補償安置工作。第五條省、市、縣、自治縣人民政府應當加強對濕地保護工作的領導，將濕地保護納入省、市、縣、自治縣總體規劃以及國民經濟和社會發展規劃和計劃，建立政府主導、社會參與的濕地保護機制。第六條省、市、縣、自治縣人民政府應當建立健全由林業、海洋與漁業、水務、環境保護、住房和城鄉建設、規劃、國土資源、農業、發展改革、財政、交通、旅遊等相關部門參與的濕地保護協調機制，明確相關部門的濕地管理職責，共同推進濕地保護和管理工作。日常工作由同級人民政府林業主管部門負責。第七條省、市、縣、自治縣人民政府林業主管部門負責本行政區域內濕地保護的組織、協調、指導和監督。
省和市、縣、自治縣人民政府，林業、海洋與漁業、水務、農業、國土資源、住房和城鄉建設等有關濕地主管部門按照職責分工，負責濕地的保護和管理工作。
省、市、縣、自治縣人民政府的規劃、環境保護、發展改革、財政、交通、旅遊等有關部門應當依照有關法律法規和本條例的規定，做好濕地保護和管理工作。
相關濕地保護管理機構負責其管理的濕地的具體保護和管理工作。主要職責是:嚴格執行相關濕地保護規劃；開展日常巡邏和監測，按照有關規定預防、制止和查處破壞濕地的行為；組織或參與實施濕地恢復；開展濕地保護宣傳教育。第八條濕地所在的鄉鎮人民政府、街道辦事處應當協助有關濕地主管部門做好本轄區內的濕地保護和管理工作，並組織村民委員會、居民委員會做好濕地保護和管理工作。
濕地所在地的村民委員會、居民委員會應當結合當地實際，在村規民約或者居民公約中約定濕地保護責任，協助政府和有關濕地主管部門做好濕地保護和管理工作。第九條省、市、縣、自治縣人民政府應當建立濕地保護與恢復多元化投入機制，形成以財政投入為導向、社會投入為主體、財政支持為補充的多元化投入體系。
省、市、縣、自治縣人民政府應當保障濕地管理所需的規劃、人員編制、設備保障等經費，並納入同級財政預算。
省、市、縣、自治縣人民政府應當建立和完善濕地生態補償制度和機制。第十條省人民政府林業主管部門應當組織成立濕地保護專家委員會，為濕地保護規劃、名錄編制、生態修復等活動提供技術支持。
濕地保護專家委員會由林業、海洋與漁業、水務、環境保護、住房和城鄉建設、規劃、國土資源、農業、旅遊等方面的專家組成。第十壹條省、市、縣、自治縣人民政府、林業、海洋與漁業、水務等有關濕地主管部門和有關濕地保護管理機構應當加強濕地保護宣傳教育和培訓，結合世界濕地日和世界野生動物日開展宣傳教育活動，利用廣播、電視、報紙、網絡和移動媒體等方式普及濕地保護知識，提高公眾濕地保護意識。第十二條鼓勵公民、法人和其他組織以誌願服務和捐贈等形式參與濕地保護。第二章濕地規劃編制和目錄管理第十三條省人民政府規劃主管部門應當會同林業、海洋與漁業、水務、環境保護、住房和城鄉建設、國土資源、農業、交通運輸、旅遊等有關部門，根據海南省總體規劃和全國濕地保護規劃，組織編制全省濕地保護規劃，報省人民政府批準後實施。
市、縣、自治縣人民政府規劃部門應當會同林業、海洋與漁業、水務、環境保護、住房和城鄉建設、國土資源、農業、交通運輸、旅遊等有關部門，根據市、縣、自治縣總體規劃和全省濕地保護規劃，組織編制本行政區域內的濕地保護規劃， 並報本級人民政府批準後實施，同時報省級人民政府規劃部門和有關濕地部門備案。
重要濕地保護規劃由主管部門或者保護管理機構根據省、市、縣、自治縣總體規劃和濕地保護規劃編制，按照管理權限逐級報批，並報同級林業主管部門備案。
經批準的濕地保護規劃是濕地保護、管理、利用等相關工作的依據，非經法定程序不得修改；確需修改的，應當按照原編制審批程序辦理。