重大行政執法決定合法性審查制度，是指行政執法機關在作出重大行政執法決定前，由其負責法制工作的內設機構或者指定的內設機構(以下簡稱法制機構)對其合法性和適當性進行審查，並提出書面審查意見，未經合法性審查不得作出決定的內部監督制約制度。
行政執法機關可以聘請法律顧問協助進行法律審核。第三條兩個以上行政執法機關共同作出重大行政執法決定的，由牽頭行政執法機關的法制機構負責法律審核，其他行政執法機關的法制機構應當參與審核。第四條重大行政執法決定合法性審查應當堅持實事求是、公平公正、及時審查的原則，做到事實清楚、證據確鑿、性質準確、程序合法、裁量適當、法律文書規範、法律用語規範。第五條本辦法所稱重大行政執法決定包括:
(壹)重大行政處罰決定；
(二)重大行政許可決定；
(三)重大行政強制決定；
(四)重大行政征收決定；
(五)其他重大行政執法決定。第六條行政執法機關可以參照上級業務主管部門的有關規定，結合本部門的實際情況，擴大重大行政執法決定的合法性審查範圍。
其他行政執法決定，行政執法機關認為需要進行法律審查的，法制機構可以進行法律審查。第七條行政執法機關應當根據本部門履行行政處罰、行政許可、行政強制、行政征收等行政執法職責的具體情況，確定本部門重大行政執法決定法律審查的具體範圍和期限。，結合其領域、涉案金額、社會影響等因素。第八條法制機構應當在行政執法機關規定的期限內出具法律審核意見。案情復雜的，經行政執法機關法制機構負責人批準，可以適當延長。
重大執法決定的法律審查應當在法律法規規定的辦理期限內完成。第九條執法機關在報請行政執法機關負責人作出或者集體討論決定作出重大行政執法決定前，應當將下列案件材料及相關資料交法制機構進行合法性審查:
(壹)擬作出的行政執法決定；
(二)執法機關的意見及其理由和依據；
(3)證據；
(四)聽證筆錄；
(五)抽樣、檢疫、檢驗和檢測報告；
(六)鑒定或專家評審意見；
(七)其他相關材料。第十條在緊急情況下，行政執法人員需要當場實施重大行政執法行為的，應當在事後辦理法律審查手續，並及時將案件材料及相關資料提交法制機構進行法律審查。第十壹條行政執法人員當場實施重大行政執法行為的，法制機構出具的法律審核意見為不應當實施該執法行為的，行政執法人員應當立即報告行政執法機關負責人，決定予以糾正或者采取其他措施。第十二條法制機構應當從以下方面對擬作出的重大行政執法決定進行審查:
(壹)行政執法機關的主體是否具有執法主體資格，行政執法人員是否具有執法主體資格；
(二)是否超出本機關的職權範圍；
(三)事實是否清楚，證據是否確鑿；
(四)程序是否合法、正當；
(五)適用的法律、法規或者規章是否準確，裁量基準是否適當；
(六)行政執法文書的制作是否規範；
(七)違法行為是否涉嫌犯罪，需要移送司法機關的；
(八)其他應當審計的內容。第十三條法制機構對重大行政執法決定進行法律審查時，有權查閱行政執法活動的相關資料，原則上采取書面審查方式。必要時，可以向當事人、有關行政執法機關和執法人員調查情況，聽取當事人的意見和建議，或者要求就有關事項進行補充調查和說明。第十四條法制機構對擬作出的重大行政執法決定進行審查後，應當根據不同情況提出相應的書面意見或者建議:
(壹)行政執法主體和執法人員資格合格，適用法律、法規和規章準確，裁量基準適當，事實清楚，證據確鑿，定性準確，程序合法，執法文書規範，提出同意意見；
(二)行政行為不能成立的，提出不予下達行政執法決定的建議；
(三)定性不準，適用法律、法規、規章和裁量標準不當的，提出修改意見；
(四)如果程序違法，提出整改意見；
(五)事實不清、證據不足、執法文書不規範的，退回補充意見；
(六)超出本機關管轄範圍的，提出移送意見。