(1)建設工程合同源於合同，又從合同中分離出來。我國合同法第287條規定的本法對建設工程合同沒有具體規定，適用合同的規定，所以建設工程合同是壹種特殊的合同。
(2)合同的內容都是以完成壹定的工作和交付工作成果為前提的。在合同中，承包方必須按照定作方的要求完成壹定的工作並交付工作成果。在建設工程合同中，承包人還必須按照發包方的要求或者按照發包方提供的圖紙完成某項工程，並按期竣工交付。
(3)兩者都是有償合同。在合同中，承包人有完成工作和交付工作成果的義務；定作人有支付報酬的義務。在建設工程合同中，承包人有義務按期保質保量完成和交付工程；發包人有義務支付工程款。
二、建設工程承包合同與合同的區別:
(1)合同主體不同。壹般情況下，在法律沒有明確規定的情況下，合同雙方都是壹般主體，而建設工程合同的承包方和發包方都是特殊主體。《建築法》第二十六條第壹款規定:“承包建築工程的單位應當持有依法取得的資質證書，並在其資質等級許可的業務範圍內承接工程”。第二十九條規定:“建築工程總承包單位可以將承包的部分工程發包給具有相應資質條件的分包單位；但總承包合同中約定的分包除外，必須經建設單位同意。在總承包的情況下，建設工程主體結構的施工必須由總承包單位自行完成。
建築工程總承包單位應當按照總承包合同的規定向建設單位負責；分包單位應按分包合同的規定向總承包單位負責。總承包單位和分包單位應當就分包工程向建設單位承擔連帶責任。
禁止總承包單位將工程分包給不具備相應資質的單位。禁止分包單位將其承包的工程進行分包。"
《招標投標法》第二十六條規定:“投標人應當具有承擔招標項目的能力；國家有關規定對投標人資格有規定或者招標文件對投標人資格有規定的，投標人應當具備規定的資格。”因此，建設工程合同對標的的要求是非常嚴格的，它是壹個特殊的標的。
(2)合同適用於不同的對象。建設工程合同的標的物壹般是作為不動產的建設工程，而合同的標的物壹般指向作為動產的固定作物。
(3)合同類型不同。根據合同法的規定，建設工程合同應當采用書面形式，大型基礎設施、公用事業等關系社會利益和公共安全的工程也必須進行招標。合同中沒有這個要求，可以是書面形式，也可以是口頭形式，只要雙方協商壹致，就可以訂立合同。
(4)合同內容不同。建設工程合同包括勘察、設計和施工，合同包括加工、定制、修理、復制、測試和檢驗。建設工程承包的範圍比承包範圍窄，但專業性更強。
(5)合同履行的監督方式不同。根據《建築法》第三十條的規定，建設工程合同實行國家建設工程監理制度，而承包合同沒有這方面的規定。
(6)合同的主要工作能否由第三方完成，第三方的責任不同。在建設工程承包合同中，經發包方同意，總承包方或者勘察、設計、施工承包方可以將其承包的部分工程委托第三方完成，但主體工程必須由自己完成。第三人應當就其完成的工作成果與總承包人或者勘察、設計、施工承包人對發包人承擔連帶責任。在合同中，除當事人另有約定外，承包人應以自己的設備、技術和勞力完成主要工作。無論是承包人經定作方同意將全部工作委托給第三方，還是將輔助工作委托給第三方，承包人對定作方負責，第三方不對定作方負責。
(7)合同解除權的行使不同。根據合同法，合同的定作方有權隨時終止合同。建設工程合同中，除約定或者法定的終止條件外，不得隨意解除合同。
(8)爭議適用不同的法律。建設工程合同發生爭議時，首先適用建設工程合同法的特別規定，沒有特別規定時，適用承包合同的法律規定。合同只適用於與合同有關的法律條款，不適用於建設工程合同的法律條款。
(9)處分標的物的權利不同。根據《合同法》第二百六十四條規定:“定作人未向承攬人支付報酬或者材料費的，承攬人對已完成的工作有留置權。《合同法》第二百八十六條規定:“承包人在合理期限內未催告發包人支付價款的，可以向人民法院申請依法拍賣工程款，優先受償。因此，在建設工程合同中，法律賦予承包人的是優先受償權，而不是留置權。"
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