2.人事處(老幹部處和人事處合署辦公):負責全市幹部人事系統化管理；按照幹部管理權限，負責系統領導班子和後備幹部隊伍建設；負責廳(縣局)級幹部的教育培訓工作；負責系統能級的管理；負責系統幹部人事管理、勞動工資、機構設置和人員編制管理、幹部任免、調配、人事檔案、人事統計、公務員年度考核等工作；負責職稱評定和出國人員的審批。負責全系統離退休幹部的管理和服務工作。
3.基層工作部:負責全系統的思想政治工作和精神文明建設；負責系統先進集體和個人的評選表彰及基層單位的創建工作；負責全系統崗位責任制考核；負責本系統幹部教育培訓計劃和管理等相關工作。
4.計劃財務部:執行稅務計劃、會計和統計系統；負責南京市地方稅源的調查和預測，各類地方稅收收入和基金(費)收入計劃的編制、分配和組織入庫；負責稅務核算，稅務數據統計分析和報表匯總；負責稅收票證的印制和管理；負責南京地稅系統稅收資金、財務、會計的管理和監督；參與體系的內部審核。
5.征管辦:負責組織實施稅收征管法律法規和規章制度，研究制定加強征管的制度措施；負責征收管理的改革；負責稅務登記、納稅申報、發票和納稅評估的管理；負責遞延稅款的管理和欠稅的審核管理；負責個體工商戶的管理和零散稅收的征收；負責稅收保護與合作的管理。
6.稅務管理壹科:負責營業稅的稅務管理業務和征收管理；根據稅收管理權限，制定營業稅征收管理的具體實施辦法；負責政策執行和征管中問題的調查、處理和反饋。負責涉外稅收法律政策的實施、綜合協調和日常管理。
7.稅務管理二科:負責地方企業所得稅和個人所得稅的稅務管理業務和征收管理；負責城鎮集體企業和私營企業的財務管理和檢查；根據稅收管理權限，制定稅收征收管理的具體實施辦法；負責調查、處理和反饋稅收政策執行和征管中的問題。
8.稅務管理三科:負責土地增值稅、城市維護建設稅、車船使用稅(車船牌照使用稅)、城鎮土地使用稅、固定資產投資方向調節稅、印花稅、房產稅(城鎮房地產稅)、屠宰稅、筵席稅、資源稅、教育費附加的稅務管理業務和征收管理；根據稅收管理權限，制定稅收征收管理的具體實施辦法；負責調查、處理和反饋稅收政策執行和征管中的問題。負責省、市政府規定的各種基金(費)的征收管理，按照管理權限制定具體征收管理辦法；負責處理基金(費)政策執行中的有關事宜。
9.政策法規司:負責組織地方稅收法律工作的調查研究；參與地方相關稅收法規的起草和宣傳；負責稅務咨詢；負責稅務行政執法責任制的制定和實施；負責組織本系統的執法檢查和案件審查；負責重大稅收案件、稅務行政處罰聽證、稅務行政復議、行政訴訟、國家賠償等工作；負責管理涉稅案件的移交；負責稅務案件鑒定事務；承擔相關稅收法規的清理、認定和匯編工作。
10，信息管理辦公室:負責整個系統信息規劃管理和系統建設；負責全系統信息應用管理；負責信息化建設項目的項目管理、項目過程監督和組織項目驗收；負責各類軟件需求的管理；負責數據收集、數據處理、數據變更、數據標準、數據審核等質量管理工作；負責數據即席查詢、數據交換應用、數據推送等數據資源服務；負責全系統信息安全管理；負責全系統計算機設備和資金的審計和管理。
11.監察室:負責全系統黨的紀律檢查和行政監察工作；負責本系統的黨風廉政建設；負責查處地方稅務機關及其工作人員違法違規案件，處理相關群眾來信來訪；負責執法監督和行風建設；負責組織內部審計工作。黨組紀檢組和監察室合署辦公。
12.機關黨委:負責所轄黨組織的管理和黨員的教育管理；負責市局機關思想政治工作和精神文明建設，負責系統工會、系統婦委會、機關團委、委員會工委等群眾團體工作；負責機關崗位責任制的考核。
13、計算機中心:負責計算機軟件的設計、開發和維護；負責主機、網絡、安全設備、機房等系統的建設和維護；負責系統安全管控、網絡安全、數據存儲安全和防病毒工作；負責軟硬件設備的采購和配置；負責機關計算機耗材的采購和管理；負責事業單位計算機設備的維護和保養管理。
14、幹部培訓中心:負責實施全系統幹部職工的在職培訓、崗前培訓及各種業務知識和專業技能培訓；負責系統兼職教師的管理。
15，機關後勤服務中心:負責全系統固定資產管理、物業管理、物資保障；負責全系統基建、設備、服裝、車輛、食堂的管理；負責辦公用品的管理；負責局機關的接待服務和文昌賓館的管理。負責組織實施稅務檢查規章制度，研究制定加強檢查和日常檢查制度；負責整個系統的稅務稽查業務管理和申報管理；負責全系統日常檢查的計劃管理和組織實施；負責全市範圍內(不含兩縣)稅務檢查計劃的管理；負責組織實施市郊區涉稅違法案件的選案檢查、專項檢查、專項檢查和查處工作(含重點稅源戶檢查和兩縣年納稅200萬元以上的舉報案件)；負責組織整頓和規範稅收秩序；負責與市稅務公安處的聯系協調，與公安部門共同組織實施打擊偷稅犯罪工作。
高新技術產業開發區，玄武、白下、秦淮、建鄴、鼓樓、下關、雨花臺、棲霞(經濟技術開發區)，姜妍工業開發區稅務分局，江寧、浦口、六合地方稅務局。
負責稅收征收管理法律、法規和規章制度的貫徹實施；負責轄區內稅收(包括社會保險費及各種基金和費用)的申報和日常征收；負責稅務登記和專項登記；負責轄區內稅收(基金費)政策的宣傳、培訓和輔導；負責稅票、社會保險費和各種基金票據的征收、核定和銷售；負責涉稅申請的受理、調查、審批和核準；負責逾期未申報和入庫的申報繳納(包括社會保險費)；負責稅務戶的動態信息核查和數據管理；負責網上納稅服務；負責發票的日常管理和檢查；負責集體(私營)企業的財務和資產管理；負責納稅評估和納稅信用評級；負責個體和零散稅收的征收、管理和檢查，定期定額的核定；負責日常檢查；負責委托代理人的日常管理；負責與稅務公安處的協調；負責全區各級經濟稅源的預測和監控，收入規劃；承擔地方政府稅收協調和護稅協作工作。主要負責轄區內所有納稅人的征管和稽查，包括:負責轄區內納稅人納稅申報的受理和審核；征收稅款、滯納金、罰款和基金(費)；輔導工作；稅務登記和專項登記；收取、審核和出售稅收票證、社會保險費和各種基金票據；負責稅務宣傳和培訓；受理、調查、審批涉稅申請；催報、催交；稅務會計、統計、分析和報告編制；稅務戶動態信息的核實；組織實施註銷審計；經濟稅源的預測和監測，以及區域內各級的收入規劃；集體(私營)企業的財務和資產管理；納稅評估、納稅信用評級和稅務審計；個體和零散稅收征管工作；定期定額的核定；發票管理和審核工作；稅務檢查業務管理
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