歷史文化名城的保護對象包括舊城格局和城市風貌、歷史文化名鎮名村、歷史文化街區、歷史風貌、歷史街巷、歷史建築、古鎮名村、重點地下文物保護區和非物質文化遺產。第三條歷史文化名城保護應當遵循政府主導、統籌規劃、整體保護、合理利用的原則，正確處理經濟社會發展與歷史文化遺產保護的關系，維護歷史文化遺產的真實性和完整性，保持和延續歷史文化名城的傳統格局和風貌。第四條市和區、縣人民政府應當加強對歷史文化名城保護工作的領導，將歷史文化名城保護納入國民經濟和社會發展規劃，建立保護機制，保障資金投入。第五條市人民政府設立歷史文化名城保護委員會，負責規劃、協調、審議和指導歷史文化名城保護中的重大問題。
市城鄉規劃行政主管部門會同文物行政主管部門負責組織實施本條例。
建設、房產、土地、財政、文化、旅遊、城管、公安等行政管理部門應當按照各自職責，做好歷史文化名城的保護工作。
區、縣人民政府負責組織實施本轄區內歷史文化名城保護的具體工作。第六條本市設立歷史文化名城專家委員會。專家委員會由規劃、文物、文化、建築、園林、旅遊、宗教、歷史、民俗、法律等方面的專家組成，負責對保護規劃、保護名錄等事項進行論證和評估。第七條任何單位和個人都有保護歷史文化名城的義務，並有權對破壞歷史文化名城的行為進行勸阻、檢舉和控告。
對歷史文化名城保護做出突出貢獻的單位和個人，由市和區、縣人民政府給予表彰和獎勵。第八條市、區縣人民政府應當將歷史文化名城保護經費納入同級財政預算。
鼓勵企業、事業單位、社會團體和個人以捐贈形式參與歷史文化名城保護。
歷史文化名城保護資金和捐贈應當專項用於歷史文化名城保護，不得挪作他用。第九條在保護歷史文化遺產和歷史風貌的前提下，鼓勵和引導合理利用歷史文化街區和歷史風貌開展文化旅遊活動。第二章保護規劃和保護目錄第十條南京歷史文化名城保護規劃由市人民政府組織編制。
根據歷史文化名城保護規劃，編制各類保護對象的保護規劃。其中，市區範圍內的，由市城鄉規劃行政主管部門會同市、區有關部門組織編制；高淳縣、溧水縣由縣人民政府舉辦。第十壹條保護規劃應當包括以下內容:
(1)基本信息；
(2)歷史文化價值和現狀評價；
(三)保護傳統格局和歷史風貌的要求；
(四)歷史文化街區、名鎮名村的核心保護範圍和建設控制地帶；
(五)保護的原則、內容、範圍、要求和措施；
(六)開發強度、利用方式和實施方案。
特定保護對象的保護規劃應當包括保護文本、規劃及相關附件。第十二條編制保護規劃，應當經專家委員會論證，並征求有關部門和公眾的意見。涉及重大公共利益的，應當組織聽證。第十三條歷史文化名城保護規劃經市人民代表大會常務委員會審議後，依法報批。除法律、法規規定由省級以上人民政府或者部門批準外，保護規劃應當經市人民政府批準。任何單位和個人不得違反經批準的保護規劃。保護規劃需要修改的，應當按照原審批程序報批。第十四條保護範圍內的建設活動應當符合保護規劃的要求，不得有下列行為:
(壹)損壞、擅自拆除具有保護價值的建築物和構築物；
(二)破壞自然環境、傳統風貌、建築格局、街道格局、空間尺度的；
(三)超出建築高度、體量等控制指標，或者不符合建築風格、外觀和色彩要求的；
(四)損害歷史文化遺產的真實性和完整性；
(五)其他違反保護規劃的行為。第十五條城鄉規劃行政主管部門在出具保護範圍內建設項目選址意見和審批建設項目設計方案前，應當經專家委員會論證並向社會公示。
重要歷史文化保護工程的設計單位和施工單位應當具有國家規定的資質等級。