南京市司法局內設機構

負責政務活動的組織實施和監督；負責文電、機要文件、機關檔案等日常工作；承擔全面的文字、信息、保密、信訪、接待和外事工作；制定全市司法行政發展的中長期規劃和年度工作計劃並組織實施；指導全市司法行政系統的信息化建設；負責組織司法行政理論調研。負責組織和指導全市司法行政機關依法行政工作；組織協調司法行政地方性法規的起草工作；負責審查和管理司法行政規範性文件；負責全市司法行政系統執法監督檢查；負責行政復議、行政訴訟應訴、行政處罰和國家賠償。

勞動教養管理辦公室

負責全市勞動教養的監督管理；指導和監督全市司法行政系統的戒毒管理工作；指導司法行政系統勞動教養場所和戒毒場所的建設，勞動教養人員的勞動教育和生產；警察工作的共同管理。

社區矯正管理辦公室

負責指導和管理全市社區矯正工作；負責社區矯正對象減刑、有期徒刑和行政處罰的評估和申報；制定全市社區矯正的規章制度。

法制宣傳辦公室

承擔全市法制宣傳教育工作；承擔制定全市法制宣傳工作計劃，組織實施普法教育；指導對外法制宣傳；指導全市行業和基層依法治理；承擔法制宣傳教育領導小組辦公室的日常工作；指導市法制記者協會的工作。

律師管理辦公室

負責指導和監督全市律師法律、法規和政策的貫徹實施；負責全市律師執業審批、變更、撤銷的初審和律師機構、律師的年檢；指導和監督本市律師事務所和律師的執業活動，查處違法行為；綜合管理社會法律服務機構、企業法律事務部門和公共律師事務所；指導市律師協會的工作。

公證管理辦公室

負責指導和監督全市公證法律、法規和政策的貫徹實施；負責全市公證機構設立、變更、撤銷的初審；協調公證機構之間的關系和業務領域的劃分；負責本市公證員執業的審批和公證機構的考核；負責指導和監督全市公證員、公證員的執業活動，查處違法行為；指導市公證協會的工作。

法律援助管理辦公室(掛“南京法律援助中心”牌子)

負責全市法律援助工作的監督管理；負責建立全市法律援助機構；指導和監督社會法律援助機構的工作；負責全市法律援助的政策研究；指導和監督法律援助機構辦理法律援助案件；負責法律援助相關事項的審查；指導12348法律服務專線的工作；組織和承辦全市公益性法律援助事項。

基層工作部(復員人員安置教育領導小組辦公室)

負責指導全市人民調解工作；指導司法所的工作；指導和協調全市刑滿釋放和勞動教養人員的過渡性安置工作；指導和管理全市社會矛盾糾紛調解工作；指導和監督基層法律服務所的工作；協助人民法院指導人民陪審員工作；參與社會治安綜合治理；負責全市基層法律服務機構設立、變更和註銷的管理；負責基層法律工作者執業註冊和變更的審核以及年度註冊的初審和年檢；承擔市退役人員安置領導小組辦公室和市社會矛盾糾紛調處指導辦公室的日常工作；負責指導和協調市人民調解員協會和市基層法律服務工作者協會的工作。

司法鑒定管理辦公室

負責指導和監督司法鑒定法律、法規和政策的實施；負責司法鑒定機構和司法鑒定人的登記工作；指導和監督全市面向社會服務的司法鑒定機構和司法鑒定人的執業活動；組織和指導司法鑒定人的業務培訓；負責指導和協調市司法鑒定協會的工作。

國家司法考試辦公室(南京國家司法考試辦公室)

負責全市國家司法考試的管理和實施，制定我市國家司法考試的規章制度，承擔國家司法考試的考務工作；受理法律職業資格申請；負責法律職業資格證書的頒發和管理。

集采設備處

負責全市司法行政系統裝備計劃的制定、審核和分配；管理全市司法行政系統的服裝、車輛、通訊設備等物資裝備；指導和監督全市司法行政系統專項經費的管理和使用以及直屬單位的財務管理；管理機關和直屬單位的財務資金、固定資產、後勤保障和安全工作。

成立政治部。負責指導和協調全市司法行政系統的政治工作；管理和協調人事警務(宣傳教育司)、黨委和離退休幹部工作。

人事警察部隊(宣傳及教育處)

負責機關及直屬單位的機構編制、人事、專業技術職務評聘管理；負責直屬單位領導班子建設，並經公證處負責人批準；協助管理區縣司法局領導班子成員；指導和管理全市司法行政系統的警務工作；負責指導全市司法行政系統建設；負責指導全市司法行政系統的思想政治工作；負責制定全市司法行政系統的教育培訓計劃並組織實施；管理全市司法行政系統的表彰獎勵工作。

機關黨委負責機關和直屬單位的黨群工作和思想政治工作。

離退休幹部辦公室負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位離退休幹部工作。

另外，按有關規定設置紀檢監察機構(審計廳及其辦公室)。