本辦法適用於納入全國農村飲水安全工程規劃、中央預算內投資的農村飲水安全工程。
第二條納入全國農村飲水安全工程規劃的解決農村飲水安全問題的範圍，包括相關省(自治區、直轄市)、縣(不含縣城、市)以下的鄉鎮、村和學校，以及國有農(林)場、新疆生產建設兵團團場、公司飲水不安全人口。因采礦、工廠建設、企業生產等人為因素造成的水源變化、缺水、水汙染等農村飲水安全問題，按照“誰汙染誰治理、誰破壞誰恢復”的原則，由相關責任單位和責任人負責解決。
第三條行政長官負責保障農村飲用水安全。地方政府對農村飲水安全負總責，中央政府給予指導和資金支持。
“十二五”期間，根據國務院批準的《全國農村飲水安全工程“十二五”規劃》和國家發改委、水利部簽訂的《農村飲水安全工程建設管理責任書》的要求， 衛生計生委、環境保護部會同有關省(自治區、直轄市)人民政府和新疆兵團，全面落實各項建設管理任務和責任，認真組織實施規劃目標。
第四條農村飲水安全工程建設應當按照城鄉統籌發展的要求，優化水資源配置，合理布局，優先發展城市供水管網延伸或者跨村跨鄉集中式供水工程建設，大力發展大型集中式供水，實現供水到戶，確保工程質量和效益。
第五條各有關部門應當在政府的統壹領導下，各司其職，密切配合，做好農村飲水安全工作。發展改革部門負責農村飲水安全項目的審批、投資計劃的審批，並對投資計劃和項目的實施進行監督檢查。財政部門負責審核下達預算，撥付資金，監督管理資金，審批竣工項目決算，落實財政扶持政策。水利部門負責農村飲水安全工程前期工作文件的編制和審查，組織指導工程實施和運行管理，指導飲用水水源保護工作。衛生計生部門負責提出地方性氟中毒、血吸蟲病流行區等嚴重涉水地區需要解決的飲水安全問題範圍，開展項目建成後衛生學評價和水質監測，加強衛生監督。環保部門負責指導農村飲用水水源調查、評價和環境監管，督促地方政府將農村飲用水水源汙染防治作為實施重點流域水汙染防治、地下水汙染防治、河湖生態環境保護工程和農村環境綜合整治“以獎促治”政策的重點，統籌解決汙染水源水質改善問題。
第六條農村飲水安全工程建設標準和工程設計、施工、建設管理，應當執行國家和省有關技術標準、規範和規程。本工程使用的管道、設施和設備應符合國家相關產品質量標準和相關技術規範的要求。第七條農村飲水安全項目由當地發展改革部門根據不同情況進行審批。對實行審批制的項目，項目審批部門可根據已批準的農村飲水安全工程規劃和項目實際情況，合並或減少部分審批環節。對企業不使用政府投資的項目，按規定實行核準制。
各地項目審批(核準)程序和權限劃分，由省級發展改革委商同級水利部門按照國務院關於推進投資體制改革、轉變政府職能、減少和下放投資審批事項、提高行政效能的有關原則和要求確定。項目建設涉及占用土地，需要進行環境影響評價的，按照規定辦理。
第八條各地要嚴格按照現行相關技術規範和標準，認真做好農村飲水安全工程的勘察設計工作，加強水利、衛生計生、環境保護、發展改革等部門的協商合作，努力提高設計質量。工程設計方案應當包括水源工程的選擇和保護，水源數量和質量的論證，供水工程的建設，水質的凈化和消毒，水質檢測設施的建設。其中，日供水量1，000立方米或供水人口1，000人及以上的項目(以下簡稱“千噸工程”)，應建立水質檢驗室，配備相應的水質檢測設備和人員，落實運行經費。
農村飲水安全工程規劃設計文件應由具有相應資質的單位編制。
第九條農村飲水安全工程應當按照規定進行衛生學評價。
第十條根據規劃確定的建設任務、當前工作情況和年度申報要求，省級發展改革、水利部門向國家發展改革委和水利部報送農村飲水安全工程年度中央補助投資建議計劃。
第十壹條國家發展改革委、水利部對各省(自治區、直轄市)和新疆兵團提出的建議計劃進行審核綜合平衡後，由各省(自治區、直轄市)下達本地區中央補助農村飲水安全工程年度投資規模計劃，明確投資目標、建設任務、補助標準和工作要求。
中央補助地方農村飲水安全工程投資為定額補助，由地方政府按規定使用，超支不補。
第十二條中央投資規模計劃下達後，省級發展改革部門要按照要求，會同省級水利部門及時將計劃安排到具體項目，並將計劃抄送國家發展改革委和水利部核實。分解後的投資計劃應明確項目建設內容、建設工期、建設地點、總投資、年度投資、資金來源和工作要求，明確地方各級政府出資和其他資金來源的責任，確保納入計劃的項目已按規定履行全部建設管理程序。項目分解安排涉及財政、衛生計生、環保等部門工作的，要及時征求意見，加強溝通協商。
在中央下達的總體建設任務和補助投資總規模內，各具體項目的中央投資補助標準由各地根據實際情況確定。第十三條農村飲水安全工程投資，由中央、地方政府和受益* * *方共同負擔。中央財政對東中西部地區實行差別化投資補助政策，加大對中西部等欠發達地區的支持力度。地方投資的落實由省級負總責。在到戶項目部分，在確定農民出資上限和村民意願、能力的前提下，可以引導和組織受益者采取“壹事壹議”的形式，籌資籌勞進行建設。
鼓勵單位和個人投資建設農村供水工程。
第十四條中央財政安排的農村飲水安全工程投資應當按照批準的工程建設內容、規模和範圍使用。要建立健全資金使用管理的各項規章制度，嚴禁轉移、擠占、挪用建設資金。
各地可在地方資金中適當安排部分資金，用於項目評審論證、技術推廣、人員培訓、檢查評估、竣工驗收等前期工作和管理費用。
第十五條為解決計劃外農村五保供養對象的飲水安全問題，提高工程建設標準和解決除農村安全飲水以外的其他問題，增加的工程投資由地方政府從其他資金渠道解決。在中央補助投資已解決農村飲水安全問題的受益地區，如出現重復或新增飲水安全問題，由地方自行解決。第十六條農村飲水安全工程管理實行分級負責制。要層層落實責任制、簽訂責任書，把地方各級政府農村飲水安全保障工作的領導責任、部門責任、技術責任落實到人，強化責任追究，確保農村飲水安全工程建設好、管理好、用得起、長期受益。
第十七條農村飲水安全工程實行項目法人責任制。1000噸以上、10000人以下的集中式供水工程，應當按照有關規定成立工程建設管理單位，負責工程建設和後期運行管理；其他小型工程可在制定和完善管理措施、確保工程質量的前提下，由村民自行組織建設和管理，或在縣、鄉設立工程建設管理單位，負責縣、鄉規模以下農村飲水安全工程的建設和管理。
鼓勵農村飲水安全工程實行“代建制”，通過招投標方式選擇專業工程管理單位負責實施工程建設，嚴格控制工程投資、質量和工期，竣工驗收後移交給用戶。
第十八條加強工程民主管理，實行用水戶全過程參與的工作機制。農村飲水安全工程建設前要廣泛開展社區宣傳，項目建成後要就項目建設方案、資金籌集方式、管理體制、運行機制、水價等充分征求用水戶代表意見，並與受益農戶簽訂項目建設管理協議。協議應作為項目申報的必要條件和建設運營管理的重要依據。項目建設期間和之後，受益農民推薦的代表應參與監督管理。
第十九條農村飲水安全工程投資計劃和項目實施過程中確需調整的，應按程序報批或備案。重大設計變更應報原設計審批單位批準；壹般設計變更由項目法人組織參建各方和有關專家進行審批，設計變更方案報縣級項目部備案。重大設計變更和壹般設計變更的範圍和標準由省水利廳制定。
因設計變更等原因對投資計劃進行重大調整的，應當報項目原審批部門審批。
第二十條各地要根據農村飲水安全工程的特點，建立健全有效的工程質量管理體系，落實責任，加強監管，確保工程質量。
第二十壹條國家安排的農村飲水安全工程應當全部公示。省級公示可通過政府網站、報紙、廣播、電視等方式進行，市(地)、縣兩級公示方式和內容由省級發展改革和水利部門確定。在施工現場和受益村進行鄉、村兩級公示，內容包括項目批準文件名稱及文號、工程措施、投資規模、資金來源、解決農村飲水安全問題戶數、數量及完成時間、水價核算、建後管理措施等。
第二十二條項目建設完成後，當地發展改革、水利部門、衛生計生部門等部門將及時組織竣工驗收。省級驗收總結上報水利部。驗收結果將作為下壹年度項目和投資安排的重要依據之壹。對未按要求驗收或驗收不合格的項目，要限期整改。第二十三條農村飲水安全工程竣工驗收後，要及時辦理移交手續，明晰工程產權，明確工程管護主體和運行管理模式，完善管理制度，落實管護責任和資金，確保長期效益。以政府投資為主建設的大型集中式供水工程，由按規定設立的項目法人管理；以政府投資為主的小型供水工程，可在工程受益範圍內由農民用水者協會管理；單戶或聯戶供水工程應由村民自建和管理。政府授予、以股份制形式或企業、私人投資的供水工程形成的資產，歸投資者所有，由按規定設立的項目法人管理。
在不改變工程基本用途的前提下，農村飲水安全工程可與經營權分離，通過承包、租賃等方式委托有資質的專業管理單位進行管理和維護。對於工程經營權的招標、承包和租賃，政府投資的收益應繼續專項用於農村飲水工程的建設和管理。
第二十四條農村飲水安全工程水價，按照“成本補償、公平負擔”的原則，根據供水成本、費用的變化，並充分考慮用水戶的承受能力等因素適時合理調整。有條件的地方可以逐步推行階梯水價、兩部制水價、用水定額管理和超定額加價制度。第二、三產業供水價格按照“成本補償、合理盈利”的原則確定。
水費收入低於工程運行成本的地區，要通過財政補貼、水費留成等方式，加快建立縣級農村飲水安全工程維護基金。，專戶存儲，統壹用於全縣範圍內項目的日常維護和更新改造。
第二十五條各地原則上要以縣為單位組建農村飲水安全工程管理服務機構，建立健全供水技術服務體系和水質檢測體系，加強水質檢測和工程監管，提供技術和維護服務，確保工程供水數量和水質符合標準。要全面落實用電、用地、稅收等優惠政策，切實加強項目運營管理，降低項目運營成本。加強農村飲水安全工程從業人員的業務培訓，提高工程運行管理水平，確保工程良性運行。
第二十六條各級水利、環保部門應當按照職責做好農村飲水安全工程的水源保護和監管工作。根據集中式和分散式飲用水水源的不同特點，依法劃定水源保護區或水源保護區，設置保護標誌，明確保護措施，加強汙染防治，穩步改善水源水質。
農村飲水安全工程管理單位負責水源的日常保護和管理，要實現工程建設和水源保護“兩同時”，做到“建壹個工程，保壹個水源”；加強宣傳教育，積極引導和鼓勵公眾參與水源保護；確保水源的管理和保護落實到人、責任到位。
第二十七條各級水利、衛生計生、環境保護、發展改革等部門應當加強信息溝通，及時向其他部門通報各自掌握的農村飲水安全工程建設和工程竣工後供水運行管理情況。第二十八條省發展改革、水利部門要會同有關部門全面加強對本省農村飲水安全工程的監督檢查。檢查內容包括組織領導、相關管理制度和辦法的制定、工程進度、工程質量、投資管理和使用、合同執行、竣工驗收和工程效益發揮等。
中央有關部門對各地農村飲水安全工程實施情況進行指導、監督和檢查，視情況組織開展專項評估、抽查、重點檢查和飛行檢查，建立健全通報、年度考核和獎懲制度，指導各地合理申報和安排項目，加強管理，不斷提高政府投入的效率和效益。第二十九條本辦法由國家發展改革委水利部、衛生計生委、環境保護部、財政部負責解釋。各地可根據本辦法和本地實際情況制定實施細則。
第三十條本辦法自發布之日起施行，原《農村飲水安全工程建設管理辦法》(發改投資[2007]1752號)同時廢止。