本規定所稱農業行政處罰機關，是指依法行使行政處罰權的縣級以上人民政府農業農村主管部門。第三條農業行政處罰機關實施行政處罰，應當遵循公正、公開的原則，確保事實清楚、證據充分、程序合法、性質準確、適用法律正確、裁量合理、文書規範。第四條農業行政處罰機關實施行政處罰，應當堅持處罰與教育相結合，通過引導、建議等方式，引導、教育公民、法人或者其他組織自覺守法。第五條有下列情形之壹的，農業行政執法人員應當主動申請回避，當事人也有權申請回避:
(壹)是本案的當事人或者當事人的近親屬；
(二)本人或者其近親屬與本案有直接利害關系的；
(三)與本案當事人有其他利害關系，可能影響案件公正處理的。
農業行政處罰機關主要負責人的回避，由該機關負責人集體討論決定；其他人員的回避，由本機關主要負責人決定。
回避決定作出前，自願申請回避或者被申請回避的人員不停止調查處理案件。第六條農業行政處罰應當由具有行政執法資格的農業行政執法人員實施。農業行政執法人員的人數不得少於兩人，法律另有規定的除外。
農業行政執法人員在查處農業行政處罰案件時，應當主動向當事人或者有關人員出示行政執法證件，並按規定著裝、佩戴執法標誌。第七條各級農業行政處罰機關應當全面推行行政執法公示制度、執法全過程記錄制度和重大執法決定合法性審查制度，加強行政執法信息化建設，促進信息公開，提高行政處罰效率。第八條縣級以上人民政府農業農村主管部門在法定職權範圍內實施行政處罰。
縣級以上地方人民政府農業農村部門設置或者隸屬的農業綜合行政執法機構承擔並集中行使與行政處罰有關的行政處罰和行政強制、行政檢查職能，以農業農村部門的名義統壹執法。第九條縣級以上人民政府農業農村主管部門依法設立的派出執法機構，在派出部門確定的權限範圍內，以派出部門的名義實施行政處罰。第十條上級農業農村主管部門應當依法對下級農業農村主管部門實施的行政處罰進行監督。
縣級以上人民政府農業農村主管部門負責對本部門農業綜合行政執法機構或者派出執法機構實施的行政處罰進行監督。第十壹條農業行政處罰機關在工作中發現違紀、違法或者犯罪線索，應當按照《執法機關、司法機關向紀檢監察機關移送線索》的規定，及時移送紀檢監察機關。第二章農業行政處罰的管轄第十二條農業行政處罰由違法行為發生地的農業行政處罰機關管轄。法律、行政法規和農業農村部規章另有規定的，從其規定。
省、自治區、直轄市農業行政處罰機關應當按照職權法定、屬地管理、重心下移的原則，結合違法行為涉及的區域、案件復雜程度、社會影響範圍等因素，明確本行政區域內各級農業行政處罰機關的行政執法權限，明確職責分工。第十三條漁業行政違法行為有下列情形之壹的，適用“誰查獲，誰處理”的原則:
(壹)違法行為發生在* * *地區、重疊地區的；
(二)違法行為發生在管轄權不明確或者有爭議的地區；
(三)違法行為發生地與被查獲地不壹致的。第十四條電子商務平臺經營者和通過自建網站等網絡服務銷售商品或者提供服務的電子商務經營者，由其住所地縣級以上農業行政處罰機關管轄。
平臺內經營者的農業違法行為，由其實際經營所在地的縣級以上農業行政處罰機關管轄。電子商務平臺經營者住所地或者違法商品生產、加工、儲存、流通地的縣級以上農業行政處罰機關最先發現違法線索或者接到投訴舉報的，也可以管轄。第十五條對當事人的同壹違法行為，兩個以上農業行政處罰機關都有管轄權的，應當由最先立案的農業行政處罰機關管轄。第十六條兩個以上農業行政處罰機關對管轄權發生爭議的，應當自爭議發生之日起七日內協商解決。協商不成的，報請上壹級農業行政處罰機關指定管轄。也可以由上壹級農業行政機關直接指定。