由於《歐洲專利公約》是歐洲專利組織及其執行機構的法律基礎，因此《歐洲專利公約》締約方的專利法和歐洲專利局的審查程序也將因《歐洲專利公約》的修訂而發生變化。在此次修訂中，歐洲專利局多項關於審批程序的詳細規定從《歐洲專利公約》移至《實施細則》中，以便歐洲專利局適應審批程序的變化，保持過去友好的用戶服務界面，使申請人和專利申請代理人從中受益。
以下是EPC2000的壹些主要修訂及其對歐洲專利實踐的可能影響。
發明的專利性
EPC2000第521段規定，“所有技術領域的任何發明，如果具有新穎性、創造性和工業性，應授予歐洲專利。”上述措辭與《歐洲專利公約》第521條(歐洲專利公約第521條規定，任何創造性和工業性的新發明均應授予歐洲專利)的措辭並無實質性區別，但為了與《TRIPs協定》第271條(第壹句)保持壹致，明確指出歐洲專利保護的範圍涵蓋“所有技術領域”。然而，歐洲專利局已經表明，“所有技術領域”的引入不會改變計算機軟件和商業方法不能獲得專利的現行做法。
EPC2000分別在第52條和第53條中保留了關於可專利性排除和例外的規定。值得註意的是，EPC第524段(EPc第52.4段)，即應用於人體或動物體的外科手術或治療方法，以及應用於人體和動物體的診斷方法，不應被認為是第壹段所述的可在工業中應用的發明。該條款不適用於使用上述方法的產品，尤其是物質或合成品，該條款已移至EPC2000的53c。雖然這壹內容沒有被修改，但它反映了與治療相關的方法的可專利性理念的細微變化。在EPC2000中，任何應用於人體或動物體的手術或治療方法以及診斷方法仍然不屬於歐洲專利的可專利性。由於這些專利申請大部分可能屬於/XEPC的52.1條款中可專利發明的定義，為了尊重公眾健康和相關政策，EPC2000目前將此類專利申請從以前的發明排除中歸為可專利發明，並將該專利申請缺乏工業實用性作為法律擬制(法律擬制是指法院根據事實作出的假設作為裁決法律問題的依據。法律擬制主要是在司法推理過程中為改變某壹法律規則的適用而做出的。)駁回該方法的專利申請。此外，與EPC條款524壹樣，EPc條款53c不適用於使用上述方法的產品，尤其是物質或合成品。因此，EPC2000第52條和第53條的細微變化不會對目前的歐洲專利實踐產生重大影響。
新穎性和現有技術
與世界上其他國家的專利法體系壹樣，歐洲專利公約也采用新穎性原則來判斷專利申請是否屬於現有技術的範圍，如歐洲專利公約第54條2款的規定(歐洲專利公約第54條2款中的現有技術應被視為包括在歐洲專利申請日之前通過書面或口頭陳述而為公眾所知的內容)(歐洲專利公約第2000號第541和54 2款保留了歐洲專利公約相應條款的相同表述)。壹般來說，對於在申請日(或優先權日)之前為公眾所知的發明，其新穎性沒有寬限期。
為了避免專利授權的重復，《歐洲專利公約》第54條第3款規定，在先申請的歐洲專利(即歐洲在先權利)，即使在後壹申請的申請日或之後公布，也會構成後壹申請的“現有技術”，使後壹申請失去新穎性。然而，第54.4條補充說，這壹規定只適用於兩種申請都被指定的國家。EPC2000第54.3段規定，優先權日在先的歐洲(或歐洲- PCT)專利申請與後提交的歐洲專利申請具有相同的公開主題，且公開日晚於後壹專利申請的申請日的，視為後壹專利申請喪失新穎性，但不影響其創造性。
修改前，根據歐洲專利公約第54.4條和實施細則第23a條，在先的歐洲專利申請只有在繳納指定國費用後，才在同壹指定締約國構成後壹申請的現有技術。這項規定有兩個負面後果。
首先，考慮到不同國家的現有技術不同，專利申請可以在不同的指定國家提出不同的權利要求。二是由於指定國費用最遲可以在檢索報告公布後6個月內繳納，因此在先申請在在先公布後是否構成現有技術仍不確定，導致法律上的不確定性。因此，為了消除這種混淆，EPC2000中刪除了EPC條款54.4。根據EPC2000第54.3條，對於在所有EPC締約國(不限於在先申請和在後申請指定的締約國)提交的公開主題與在先申請相同的後續申請，在先提交並有效公布的歐洲專利申請因其新穎性而構成現有技術。
對於在EPC2000生效之日或之前處於有效待審期的歐洲專利申請(包括歐洲PCT申請)和歐洲授權專利，EPC2000第54條第3款沒有追溯效力。
與治療相關的專利申請
《歐洲專利公約》第54.5款規定，申請人可以對在與治療、手術或診斷相關的方法中首次或第二次使用的已知物質或組合物提出專利申請，以損害上述方法的不可專利性，這在《歐洲專利公約》第54.4款和第54.5款中有所保留。
EPC2000第54.4段規定，EPC2000第53c段規定的用於人體或動物體的外科手術或治療方法以及用於人體和動物體的診斷方法不應被視為可應用於工業的發明。本規定不適用於使用上述方法的產品，特別是物質或合成品。)其他方法中使用的已知物質或組合物不在現有技術範圍內，故第壹項醫學適應癥權利要求書標題，可以用陳述預期治療目的的語言表述，如“組合物X作為藥物使用”。
在此之前，任何新發現的已知物質或組合物的第二次或進壹步的醫學用途都受到瑞士式權利要求的語言保護。這壹修訂戰略性地擴展了新穎性標準，將已知物質或化合物的使用“用於特殊的新的和創造性的治療應用”納入了新穎性範疇。由於大多數EPC締約方的國家法律與EPC在承認二次醫療用途的權利要求方面缺乏壹致性，EPC2000第54.5段旨在協調締約方在此類權利要求中的做法，使此類方法專利申請不再被各國專利法排除在外。
EPC2000第54.5段規定，第54.4段提及的物質或組合物在第53c段提及的方法中的特殊用途符合可專利權利要求，只要用途是新穎的，如“組合物Y用於治療Z”。在該權利要求中，組合物Y是已知的藥物，並不專門用於治療Z..然而，在歐洲專利公約上訴委員會和締約國法院就新舊二級醫療用途索賠範圍的差異制定出解決方案之前，我們仍需對此類申請保持謹慎。此外，EPC2000第54.5段僅適用於已知物質或化合物的新用途，不適用於此類方法中已知設備的新用途。對於EPC2000生效前未授權的歐洲專利申請(包括歐洲PCT申請)，該修正案具有追溯效力。
專利申請權利要求的解釋
EPC2000第69條規定，歐洲專利或歐洲專利申請(包括歐洲PCT申請)授予的保護範圍取決於已公布的權利要求的內容，但應當使用發明說明書和附圖來解釋權利要求。為了進壹步明確權利要求的相關解釋，EPc2000在第69條中附加了補充解釋議定書，作為權利要求解釋的指導原則，有利於協調EPc締約國法院對歐洲專利權利要求的相關解釋，給予專利權人公平的保護，並為第三方提供合理的法律確定性。
多年來，歐洲專利局解釋專利申請權利要求的法律框架與EPc締約方的國家司法不協調。目前，歐洲專利局也承認，在《對EPC2000第69條的補充解釋》中，EPc締約方並未就專利申請權利要求的解釋達成壹致。為了促進這壹過程的順利發展，在第69條的補充解釋第2條中引入了等同的概念，要求所有締約國的法院對任何被視為等同於權利要求中所表明的權利要求給予應有的考慮。然而，目前各成員國的外交會議尚未就“對等”的定義達成共識。因此，缺乏具有約束力的定義將對各方在歐洲專利組織成員國中統壹解釋歐洲專利的努力構成威脅。
優先要求
為了使歐洲專利局的優先權確認標準與TRIPs協議保持壹致，EPC2000第871b號規定，壹項歐洲專利申請只要其基本申請是在世界貿易組織的任何成員國提出的，就可以在首次申請後的12個月內享有優先權，即使該國不是巴黎公約的成員國。
優先權形式要求的實質性修改部分是由於各國專利局頻繁使用電子通信。EPC2000規定，只有當對優先權的有效性有嚴重懷疑時，才要求申請人將優先權文件翻譯成歐洲專利局的官方語言。如果申請人在提交歐洲專利申請時未能提供完整的優先權說明，將不再對預期優先權形成決定性不利。但是，申請人在提交申請時提交優先權的詳細材料，並在初始優先權申請日起16個月內向歐洲專利局提交相關證明文件，仍然是“更好”的選擇。
根據EPC2000第122條，如果申請人未能在巴黎公約規定的優先權期限內提交歐洲專利申請，該專利申請可以通過權利重構得到補救。當然，申請人必須完全滿足“近乎苛刻”的嚴格標準，才能有效恢復專利申請。
代理-客戶特權
在與歐洲專利申請和授權相關的業務中，歐洲專利代理人和客戶會交換壹些機密信息，這些信息必須嚴格保密。鑒於信息保密的必要性，EPC2000授予歐洲專利代理人壹項永久特權，禁止披露與客戶的通信，並規定這壹特權適用於歐洲專利局的所有程序。
這種基於證據的特權適用於與發明的可專利性評價、歐洲專利申請文件的準備、申請的實施有關的任何文件和材料，以及與歐洲專利的有效性和保護或侵權範圍有關的任何建議文件。
中間限制程序
EPC2000第105b條和第105c條規定，專利權人有權就壹項已授權的歐洲專利(自《歐洲專利公報》記載的專利授權之日起)隨時向歐洲專利局提交在所有指定的EPC締約國和延伸國單方面限制或撤回的申請，無需向歐洲專利局提供在先權利的相關信息。受限制的歐洲專利應由歐洲專利局公布。中間限制程序有利於專利權人對可能在歐洲專利局層面無效的歐洲專利進行實質性修改。
中間限制程序(EPC2000第105a-c條，實施細則第90-96條)是應專利權人的請求增加和修改的，以撤回或引入權利要求限制的修改和例外，並修改專利說明書和說明書附圖。專利權人可以在專利被授予後的任何時候向歐洲專利局提出申請，異議程序期間除外。此外，歐洲專利局的限制程序並不優先於正在進行的國家程序，特別是撤回程序。如果國家法院作出撤回決定，歐洲專利局最終決定的未決期將會滯後。
EPC2000對專利權人對權利要求的修改進行了嚴格的限制:專利權人必須根據實質內容對權利要求進行修改，而不僅僅是表面的文字修改J，符合EPC2000第84條簡明清晰的要求和E PC2000第1 23條對權利要求主題的嚴格要求。但是，中間限制程序並不要求歐洲專利局對修改後的權利要求是否符合《歐洲專利公約》第52-57條中的可專利性要求進行實質審查。此外，如果歐洲專利局駁回專利權人提出的中間限制或者撤回請求，專利權人不得對其提出上訴。
限制索賠
EPC2000第1 38條規定專利權人有權在國家無效宣告程序中自行對歐洲專利進行限制，以此構建和協調各EPC締約國限制程序的實踐。修改後的專利申請權利要求將作為國家階段審查和批準程序的基礎。但是，如果國家司法機關認為專利權人限制的權利要求不足以恢復專利的效力，就會駁回修改，要求再次限制或者撤回專利。
向擴大後的中國上訴委員會提交復審請求。
EPc規定，即使任何壹方認為存在原則性的程序性侵犯其權利的情況，也無權請求擴大上訴委員會，以審查上訴委員會的決定。因此，歐洲專利局上訴委員會的相關決定在EPc締約國也免於審查。
EPC2000第112a條和實施細則第104-110條賦予專利申請人、專利權人和受影響方對上訴委員會的決定進行進壹步司法審查的有限權利。申訴人可向擴大申訴委員會提出申請，但僅限於某些特定原因，包括原則性的程序錯誤和在作出決議過程中的犯罪行為。原則上的程序錯誤應該是實質性的。例如，如果上訴委員會成員的選擇與正在審理的案件發生沖突，壹方將阻礙案件的全面審理，並對另壹方的聽證權造成嚴重損害(EPc認為聽證權極為重要，在EPc第113條和EPC2000第113條中均有規定)。只有經某壹級國家法院或機構確認的上述犯罪行為才能構成向擴大的上訴委員會提出復審申請的有效理由。上述犯罪行為壹旦被認定違反刑法相關規定，判決在指定締約國同樣有效。
訴訟當事人無權請求擴大上訴委員會，以審查上訴委員會在初步程序中是否正確適用了《歐洲專利公約》實體法。因此，這壹請求對先前(有缺陷的)判決沒有中止效力。這樣，在擴大的上訴委員會宣布的請求最終上訴之前，被撤回的專利仍被視為撤回，使用該發明的信譽良好的第三方仍可繼續使用該專利，而無需支付使用費或罰款。如果申請成功，擴大上訴委員會的決定將推翻上訴委員會先前作出的決定及其判決的有效性，並將被退回上訴委員會進壹步審理。
歐洲申請日的確定
根據《歐洲專利公約》第80條的規定，申請人只有嚴格按照某些要求才能獲得申請日，這些要求包括用《歐洲專利公約》規定的語言編寫的專利申請說明書和包括至少壹項權利要求的專利權利要求。EPC2000極大地簡化了獲取申請日期的程序，並將獲取申請日期的大量要求移至實施規則中。根據EPC2000的規定，申請人提交的申請文件必須包括專利申請說明書(用任何語言書寫)，專利權利要求書可以暫不包括，但應在提交申請後兩個月內補充。但是，在實踐中，考慮到EPC2000第123 2段對補充事項的嚴格要求，申請人應謹慎使用。申請人可以考慮在申請時為每個可能的獨立權利要求提交壹個寬泛的(支持性)權利要求，並在審批過程中對其進行修改。
EPC2000第14條放寬了撰寫歐洲專利申請的語言。例如，專利申請可以以任何語言提交，但必須在提交專利申請的兩個月內提交以英語、法語和德語中任何壹種語言編寫的專利申請的譯文。
發明的獨特性
EPc規定，如果歐洲專利局在作出補充檢索報告時認為進入歐洲階段的PcT申請缺乏單壹性，將僅對權利要求中的第壹項發明作出部分檢索報告，並允許申請人在支付補充檢索費的情況下對其他技術方案提出檢索請求。但EPC2000對此進行了大幅修改，嚴格規定了申請人的過失。EP0對進入歐洲階段的國際申請進行補充檢索時，認為該申請缺乏單壹性，只會對權利要求的第壹項發明作出部分檢索報告，不再給予申請人通過支付檢索費進行補充檢索的機會。該條款適用於2007年2月6日或之後進入歐洲階段的所有PCT申請。EPc實施細則第1 1 2條廢止。盡管如此，值得壹提的是，EPC2000實施規則第64條也保留了通過支付補充檢索費在2-6周內給予申請人補充檢索的機會。
《EPC2000實施細則》第164條規定，當歐洲專利局認為進入歐洲階段的PCT申請缺乏發明單壹性時，將繼續審查兩種可能性中的壹種。如果歐洲專利局不是該申請的國際檢索單位，則權利要求中首先提到的發明將作為補充歐洲專利檢索中的審查基礎。但是，在補充檢索之前，申請人可以提交對權利要求的修改，以確保他希望授權的發明是首先提到的發明。其次，如果歐洲專利局是該申請的國際檢索單位，只有在國際階段檢索到多項發明時，才會要求申請人選擇其中壹項發明進行審查。
因此，在申請進入歐洲專利局的地區階段之前，申請人盡早認識到單壹性的不足，並提交權利要求修改書以確保其希望被許可的發明是第壹發明，是非常有益的。這樣壹方面可以及時避免對申請人不利，另壹方面可以提高專利局的審批效率。當然，申請人可以在結案前主動申請分案。
歐洲專利申請的持續審批
繼續審批程序是為完成程序或實質性問題贏得更多時間的壹種快速有效的方法。EPC2000第1 21條關於繼續審批程序的新規定，大大擴展了繼續審批的適用範圍，對幾乎所有的時間限制(包括歐洲專利局和歐洲專利局規定的時間限制)，如未繳納申請、檢索、指定和審查費用，超過實質審查請求期限等，都給予了補救機會。
事實上，EPC2000第1214段和實施細則第1352段明確規定了不屬於申請繼續審批程序的時限。對於上述大多數時間限制，右重建可能是唯壹可用的手段。此外，EPC2000保留了請求進壹步批準的大多數正式程序。
權利重構
通過權利重構救濟，申請人或專利權人可以恢復因逾期作為直接原因而喪失的全部或部分權利。EPC2000將大部分關於權利重構程序和期限的規定移到了實施細則中，與現行做法大致相同。
雖然根據EPC2000的規定，權利的重構被排除在申請繼續批準救濟的時限之外。但是，對於錯過了優先權期、進壹步審查的請求期以及相關的異議期和異議上訴程序後失去權利的專利申請，權利重構將是壹個非常有用的恢復機制。