協助局領導處理機關日常行政事務；建立和完善本局內部管理制度；負責政務信息、效能建設、機要、檔案、督辦建議、議案、建議、信訪、保密、保密等工作；負責文件綜合，起草局內重要文件、報告和領導講話；負責財務、固定資產、文件印刷、車輛等內部管理事務；負責對內對外的接待和聯絡事務；負責審核和上報企業出國(境)人員的出差情況；負責市委經濟發展委員會的秘書工作。
2、綜合監管科(市減輕企業負擔辦公室)
綜合分析近期全市工業經濟和工業發展的重大問題並提出意見和建議；研究提出近期經濟運行調控的目標、政策和措施；組織和協調研究工作；負責市級行業網站的建立、管理和辦公自動化；收集、分析和發布工業經濟信息；負責指導和聯系全市經濟協會和行業協會。組織起草和協調綜合性經濟法規，參與我市相關法規的討論和修改；指導和實施我市工業企業加入WTO後提高我市工業經濟競爭力的對策；監督檢查經濟法規的執行情況；承辦本局的行政復議和應訴工作；指導起草相關行業規章；組織管理企業內部的法律顧問工作；承擔治理企業“三亂”和減輕企業負擔的相關工作。
3.經濟運行部
監測和分析全市工業經濟運行情況，協調解決經濟運行中的重大問題；擬定並組織實施近期經濟運行調控規劃、政策和措施；負責全市工業經濟的平衡，推動企業加強營銷工作，促進產銷銜接；提出全市重要工業產品和生產原材料的資源配置調整方案並組織實施；負責重點企業和重要工業生產要素的調度和協調；促進企業不斷提高產品質量；引導企業扭虧增盈；負責廈門市工業企業投訴服務中心的日常工作。
4.企業部門
對各種經濟成分的企業實行宏觀管理和指導，規範企業行為規則；提出國有企業改革的方針和大中型企業的股份制改革方案，促進現代企業制度的建立；指導和協調國有企業的戰略性改組，組織國有工業企業的合並或分立，推進國有中小企業的改組；總結和推廣企業先進管理經驗，指導和推動企業加強管理；組織推進企業管理信息化建設；研究提出發展大型企業和企業集團的政策措施，會同有關部門組織實施列入國家計劃的兼並破產項目；研究提出扶持中小企業發展的政策措施，為全市中小工業企業提供指導和服務；協調和組織培育中小企業信用和擔保體系，建立和完善中小企業服務體系；參與企業股份制改革的相關工作；負責典當行業的監管；會同有關部門，貫徹國家有關企業國有和集體資產監督管理的方針政策，提出我市的實施辦法。
5.投資和技術進步司
制定增加技術改造投資和發展高新技術產業的政策措施，制定全市技術改造項目規劃和年度計劃並組織實施；負責全市技術改造、技術引進和利用外資項目及可行性研究報告的審批；指導工商領域固定資產的投資方向；監督上市公司的資本投入；負責工商領域固定資產投資咨詢機構資質的審查和管理；指導和監督技術改造項目的設備招標；參與技術改造資金的管理和使用；出具國家鼓勵的內外資項目(技術改造)確認書；負責全市工業企業技術改造的規劃、實施和監督管理。
貫徹國家關於企業技術進步的方針、政策，制定促進技術進步和鼓勵企業技術創新的措施；指導和協調市重點技術創新項目的實施；組織實施技術創新和產學研項目，推進以企業為主體的技術創新體系建設，促進產業升級和產品升級；編制全市技術創新和產學研聯合的項目規劃和年度計劃，並組織實施、協調服務、監督檢查和後續管理；負責新產品、新技術的鑒定和驗收管理以及技術改造項目的竣工驗收管理；負責組織企業技術中心的評價、認定、管理和技術進步獎的授予；參與高新技術企業(項目)的認定；組織國內外技術交流與合作；參與管理和使用市級技術創新基金和市級產學研發展基金。
6.能源管理辦公室
實施和組織電力體制改革；監控和分析電力運行情況，平衡電力資源；監管電網調度，協調處理電網運行和電力經濟運行中的重大問題；培育和監管電力市場，規範電力市場運行秩序；提出電力、熱力價格政策和意見，參與電價的制定、調整和改革；指導節電工作。
貫徹國家有關資源節約和企業新能源開發的方針、政策和法規，制定我市資源節約和綜合利用實施細則；落實資源綜合利用優惠政策，負責資源綜合利用產品的認定；協調企業節能和綜合利用工作，參與節能專項資金管理；牽頭組織相關部門依法依規監管成品油市場，審核成品油經營單位設立，負責成品油零售經營權審批，參與加油站布局規劃，協調解決成品油管理中的相關問題；負責煤炭經營許可證(零售企業)的審批，優化煤炭資源的合理配置，協調處理煤炭經營中的有關問題；負責組織編制全市集中供熱規劃，協調處理集中供熱運行中的有關問題；負責可再生資源的管理；負責汽車更新管理；參與制定散裝水泥、墻體材料和建築節能的政策、規範和標準，監管散裝水泥和墻體材料專項資金；制定環保產業發展規劃和政策，推動環保產業技術進步。
7.對外經濟辦公室
負責協調解決工業企業進出口過程中的問題；引導企業開展國際化經營和海外投資；負責轉發企業境外投資項目申請；編制本市重要工業品進口配額計劃，負責重要工業品進出口管理，辦理重要工業品進出口手續；負責制定和實施全市工業企業擴大出口的相關政策措施，加強對生產企業自營進出口的指導、監督和管理，推動企業開展自營進出口工作；引導企業開展對外合作與交流；牽頭協調工業企業吸引外資和引導外資工作；負責局機關系統的對外貿易和外事工作。
8.對口支援辦公室(市人民政府對口支援辦公室)
負責牽頭制定我市對口支援、山海合作的指導性規劃和優惠政策，經市委市政府批準後實施；建立對口支援信息網絡，提供咨詢服務；負責組織我市黨政代表團及相關單位、企業考察對口合作區，洽談對口支援措施，開展經濟技術活動；協助相關部門籌備我市與對口地區黨政領導聯席會議，規劃、協商、協調、督促、檢查、落實對口支援項目；負責對口支援專項資金和山海合作資金的管理，會同有關部門審批對口合作項目，引導資金合理投入，提高資金使用效果；配合有關部門做好我市對口支援地區掛職幹部工作。
9.合作和聯絡處
編制全市經濟技術合作的指導性計劃；實施省與市之間的橫向經濟技術合作計劃，協調解決合作中遇到的重大問題；負責吸引國內投資，促進企業間橫向經濟技術合作；負責我市企事業單位到外省市設立經濟實體或辦事機構的備案；負責我市大中型企業設立辦事機構的備案；負責各省(市)、自治區、中央部委、大中型企業在廈設立的辦事機構、內聯企業的聯絡和服務工作；參與申請廈門內聯企事業單位進入廈門戶口；負責國內友好城市的聯絡工作。
10，行業規劃辦公室
貫徹國家產業政策，研究提出全市產業發展導向和重點發展行業利用外資的相關政策，監督檢查產業政策的實施，協調解決實施中的重大問題；組織制定全市產業結構調整目標和政策措施；提出行業發展戰略、中長期規劃和產業政策建議；負責國家產業政策限制的生產性項目的立項和市場準入；負責處理本市《禁止化學武器公約》的有關事務，並在《禁止化學武器公約》的監督下，管理民用化學工業中涉及化學品的生產、銷售、儲存等方面；負責藥品和醫療器械儲備以及災害、疫情事故和地方常見病的緊急調用，參與全市醫藥儲備資金的監管；負責全市工業行業經濟信息的統計工作；協調解決行業發展中的重大問題。
11，市場部(整頓和規範市場經濟秩序辦公室)(開拓國內市場協調小組辦公室)
負責市場分析和研究，提出維護市場經濟秩序的法律和政策；制定工貿結合的政策措施；指導和組織工業企業開拓國內外市場；協調組織企業參加國內外各種商品展覽會和交易會；配合有關部門做好內外貿壹體化和進出口管理工作；指導全市廣告業的發展；組織協調全市整頓和規範經濟秩序工作。
12，工業損害調查辦公室
研究建立產業損害預警監測機制，實現產業保護前置；指導協調全市工業企業和行業協會應訴國外發起的反傾銷補貼調查；配合國家經貿委的反傾銷調查，組織本市企業產業損害的調查和認定；負責我市工業安全的宣傳、咨詢和培訓工作。