根據第十壹屆全國人民代表大會第壹次會議批準的國務院機構改革方案和《國務院關於機構設置的通知》(國發〔2008〕11號)，審計署設立為國務院組成部門。審計署的主要職責是:
(壹)主管全國審計工作。負責對國家財政收支和法律法規規定屬於審計監督範圍的財務收支的真實、合法和效益進行審計監督，維護國家財經秩序，提高財政資金使用效益，促進廉政建設，保障國民經濟和社會健康發展。負責社會審計機構相關審計報告的審計、專項審計調查和結果核實，負責督促被審計單位整改。
(二)起草審計法規，制定審計政策，制定審計條例、審計標準和準則並監督實施。制定並組織實施審計發展規劃和專業審計計劃，制定並組織實施年度審計計劃。參與起草金融經濟及其相關法律法規。依法對直接審計、調查核實的事項進行審計和評價，作出審計決定或者提出審計建議。
(三)向國務院總理提交中央預算執行和其他財政收支的年度審計結果報告。受國務院委托，他向全國人大常委會提交了中央預算執行和其他財政收支的審計工作報告，以及審計發現問題的整改和處理情況的報告。向國務院報告其他審計和專項審計的調查情況和結果。依法向社會公布審計結果。向國務院有關部門和省級人民政府通報審計情況和審計結果。
(四)直接審計下列事項，出具審計報告，在法定權限內作出審計決定或者向有關主管部門提出處理處罰建議:
1.中央預算執行和其他財政收支情況，中央部門(含直屬單位)預算執行、決算和其他財政收支情況。
2 .省級人民政府預算執行、決算和其他財政收支，以及中央財政轉移支付資金。
3.使用中央財政資金的事業單位和社會團體的財務收支。
4.中央投資和以中央投資為主的建設項目的預算執行和決算。
5.中國人民銀行和國家外匯管理局的財務收支，中央國有企業和金融機構的資產、負債、損益，國務院規定的中央國有資本的企業和金融機構。
6.國務院各部門、省級人民政府以及國務院及其部門委托的其他單位管理的社會保障基金、社會捐贈基金和其他有關基金、資金的財務收支。
7.國際組織和外國政府援助貸款項目的財務收支。
8.法律、行政法規規定應當由審計署審計的其他事項。
(五)按規定由審計署實施審計監督的省部級領導幹部和其他單位主要負責人實施經濟責任審計。
(六)組織實施國家財政法律、法規、規章、政策和宏觀調控措施，預算管理或者國有資產管理和使用以及其他與國家財政收支有關的具體事項。
(七)依法檢查審計決定的執行情況，督促審計發現問題的整改和處理，依法處理被審計單位行政復議、行政訴訟或者國務院裁決中的有關事項。協助和配合有關部門查處相關大案要案。
(八)指導和監督內部審計工作，依法對社會審計機構向被審計單位出具的有關審計報告進行核實。
(九)領導省審計機關配合省人民政府工作。依法領導和監督地方審計機關的業務，組織地方審計機關開展專項審計或者特定項目的審計調查，糾正或者責成地方審計機關糾正違反國家規定作出的審計決定。按照幹部管理權限協助省級審計機關負責人。負責管理當地審計局。
(十)組織對國家駐外非經營性機構的財務收支進行審計，依法以適當方式組織對中央國有企業和金融機構的境外資產、負債和損益進行審計。
(十壹)組織審計領域的國際交流與合作，引導和推廣信息技術在審計領域的應用，組織全國審計信息系統建設。
(十二)承辦國務院交辦的其他工作。
為了履行職責，審計署設立了以下機構:
14內設機構:辦公廳、法規司、財務審計司、行政審計司、農業與資源環境審計司、固定資產投資審計司、財務審計司、企業審計司、社保審計司、利用外資審計司、經濟責任審計司、國際合作司、海外審計司、人事教育司。
政府機關黨委負責政府機關、派出審計機關和在京直屬單位的黨群工作。離退休幹部辦公室負責機關和派出審計局的離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。(其他:中央紀委、監察部駐審計署紀檢組、監察局)
7直屬機構:計算機技術中心、機關服務局、審計研究所、幹部培訓中心、中國時代經濟出版社、中國審計報社、國外貸款項目審計服務中心。
25個派出審計局:外事審計局、發展統計審計局、教育審計局、科技審計局、工業審計局、民族宗教審計局、政法審計局、人事監督審計局、民事社會保障審計局、財稅審計局、資源環境保護審計局、建設審計局、交通審計局、農林水利審計局、貿易審計局、文化體育審計局、衛生藥品審計局、國有資產監督審計局、經濟執法審計局、廣播電視審計局、報刊。
18各地駐京辦:京津冀駐京辦、太原駐京辦、沈陽駐京辦、哈爾濱駐京辦、上海駐京辦、南京駐京辦、武漢駐京辦、廣州駐京辦、鄭州駐京辦、濟南駐京辦、Xi駐京辦、蘭州駐京辦、昆明駐京辦、成都駐京辦、長沙駐京辦、深圳駐京辦、長春駐京辦、重慶駐京辦。
審計署主管審計署門戶網站和《中國審計》、《中國審計》、《審計研究》、《中國內部審計》、《審計署審計結果公告》等報刊雜誌。