(二)統籌城鄉水利建設和管理。根據本市國民經濟和社會發展總體規劃，組織編制和審查供水建設中長期發展規劃和年度計劃，並組織實施；組織對國民經濟總體規劃、城市規劃和重大建設項目中的水務進行論證。
(三)統壹管理全市水資源(包括大氣水、地表水和地下水)，促進水資源的可持續利用。制定水資源長期供求計劃、水量分配和調度計劃，並監督實施；負責計劃用水，組織、指導和監督節約用水，保障城鄉供水安全；組織實施取水許可制度和征收水資源費；發布壹份水資源公報。
(四)負責本市供水行業的管理。組織實施供水行業特許經營管理制度；監督檢查公共供水單位和自建設施供水單位的水質，監督全市供水行業的服務質量和安全生產；負責農村供水和改水管理；負責供水突發事件的應急管理。
(五)負責本市排水、汙水處理和再生水利用的行業管理。組織實施汙水處理和再生水利用行業特許經營管理制度；負責排水許可證的管理；監督排水行業的服務質量和安全生產；負責雨汙分流改造；指導農村汙水處理工作；負責排水突發事件的應急管理。
(六)負責全市河道、湖泊、水庫、堤防(含河道、人工水道、人工湖)的整治，並組織指導整治；負責監測河流、湖泊、水庫和排水(汙水)管網的水量和水質；審批納汙能力，提出水功能區的劃分，監督本市水環境治理規劃的實施。
(七)負責全市水行政監察和水行政執法及相關的行政復議、行政訴訟，協調部門之間和區、縣級市之間的水事糾紛。
(八)負責水工程建設管理。組織實施國家和省水技術質量標準和水工程法規、規範，起草地方水工程建設標準並組織實施；組織和指導水工程設施、水域及其海岸線的管理和保護工作；組織控制性或跨地區、縣級市的重要水工程的建設和管理；負責組織協調城市建設中與水務設施相關的配套工作；負責水工程建設和運行的質量安全監管。
(九)組織協調農田水利基本建設和管理；負責本市水土保持工作，防治水土流失。
(十)負責編制年度水利建設資金計劃並組織實施；監督市級水利建設基金的使用；指導水務行業的多元化經營，研究提出水務行業的經濟調節政策和措施；指導和監督水利投融資。
(十壹)負責全市水利科技和水利信息工作，開展水利對外交流與合作。
(十二)主管防汛、抗旱、防風工作，負責組織、協調、監督和指導防汛搶險和防凍工作。
(十三)負責本市水利水電工程移民管理工作；協調本市水利水電工程移民後期扶持和管理工作。
(十四)承辦市委、市政府和上級機關交辦的其他工作。(1)辦公室(與黨委辦公室合署辦公)。
協助局領導處理日常政務，綜合協調局內各部門(室)的工作，制定局內各項規章制度並組織實施；負責文秘、會議、督查、政務公開、保密、機要、檔案、信訪、議案辦理、記錄匯編、接待等工作。；負責局機關和指導直屬單位的安全保衛工作。
(2)政策法規司。
組織起草(修訂)本市水務地方性法規；承擔相關規範性文件的合法性審核；承擔重大水問題的調查；負責水行政執法監督，組織執法考核和評議，指導局系統的普法工作；承辦本機關的行政復議、行政賠償案件和行政訴訟應訴，組織行政處罰聽證；協調部門之間、區縣級市之間的水事糾紛；負責水行政事業性收費的審核。
(三)水資源管理辦公室(掛節水辦公室牌子)。
組織和指導與本市國民經濟總體規劃、城市規劃、區域規劃和重大建設項目有關的水資源論證和水資源調查、評價、核算；負責編制年度用水計劃和水量分配調度計劃，並組織實施；指導節約用水工作，組織制定行業用水定額並監督實施；組織實施水資源取水許可、有償使用和非居民用水超計劃加價制度，指導和監督水資源費和超計劃加價水費的征收管理；負責本市水功能區的監督管理，指導和協調水功能區水量水質監測，監督供水水源保護；組織審批水汙染容量，提出限制排汙總量的意見；組織編制和發布全市水資源公報。
(4)農村水利處(與水土保持處合署辦公)。
負責編制農田水利建設年度計劃並組織實施；組織實施水土保持規劃，負責水土流失監測，監督協調水土流失綜合治理；負責小水電行業管理；負責已建水利工程的安全生產，指導和監督水庫的安全監測和除險加固；指導農業節水工作；指導農村基層水利工作。
(5)河堤。
負責本市河道、湖泊、灘地和堤防的管理，並對防洪安全、河勢穩定和堤防安全負責。組織實施河道管理範圍建設項目等行政許可制度，承擔河道采砂的相關管理，組織征收河道占用費；審批湖泊、水庫和河流排汙口的設置、改建和擴建；指導和監督河道堤防及其上建築物的整治和開發，協助水系建設和水環境整治。
(6)供水管理處。
負責供水行業管理和供水行業特許經營的具體實施；編制年度供水計劃並組織實施；組織制定供水行業質量技術、運營服務等管理標準和規範並監督實施；監督管理供水企業的水質；負責二次供水的監督管理；負責農村供水和改水管理；協調城市建設中供水管網的改擴建，負責供水企業停止供水的審批；負責供水突發事件的應急管理，指導供水企業的安全生產；參與供水行業相關調價方案的審核。
(7)排水管理處。
負責排水行業管理和排水許可的具體實施，提出再生水利用的政策建議；編制排水工程年度施工計劃並組織實施；制定排水、汙水處理和再生水利用設施建設、運行和管理的標準、規範和規程，並監督實施；負責排水許可的審核和排水管網連接、排水設施搬遷和臨時占用的管理；負責雨汙分流改造；負責排水突發事件的應急管理，指導現有排水設施的安全生產；指導農村汙水處理工作；參與汙水處理費價格調整。
(8)綜合計劃辦公室。
組織編制水利發展總體規劃和中長期規劃；組織編制水務綜合規劃，綜合平衡各類水務專項規劃；負責實施水規劃行政許可制度，組織審查各類水規劃；會同有關部門制定規劃管理辦法，監督各項水規劃的實施；負責與規劃行政主管部門的協調，處理與水規劃有關的矛盾，指導區、縣級市的水規劃。
(9)科技信息辦公室。
編制本市水務系統科技發展規劃和年度計劃並組織實施；負責水利科學研究和對外交流合作，組織新技術、新工藝、新材料的推廣應用；指導和監督水務行業信息化建設；負責市水務局門戶網站和辦公自動化系統的建設和維護，負責《廣州水務》等水務科技信息和期刊的編輯、出版和發行管理；指導市水業學會和協會的工作。
(10)施工管理辦公室。
負責水務建設市場和水務工程建設程序的管理，擬定水務工程建設技術質量標準和工程建設規章制度，並監督實施；指導水項目建議書和可行性研究報告的編制，負責水項目建設項目的初步設計審批；協調有關部門實施水工程規劃、土地利用和環境評價；負責重要水工程建設項目的協調和監督，指導水工程建設項目的招標投標、質量監督、安全生產和竣工驗收。
(11)計劃財務部。
負責水務項目規劃和資金管理，編制和執行水務年度部門預算，負責水務項目財務決算；負責機關和指導直屬單位的財務管理；負責水務綜合統計並配合政府采購；負責局系統國有資產監管，指導和監督水務投融資，指導水務企業發展、改革和經濟協作；負責水利資金和項目內部審計及局系統各單位領導幹部離任審計。
(12)宣傳與服務監督辦公室。
負責水務宣傳；負責建立健全行業服務承諾機制，監督行業服務質量並組織考核、評估和評比工作；負責熱線投訴受理、咨詢和對各單位熱線工作的監督檢查，做好相關投訴的處理和反饋工作。帶頭抓好局系統的安全生產。
(13)組織人事部門。
負責機關和指導直屬單位的組織人事、機構編制、勞動工資、計劃生育、統戰、僑務、免費醫療等工作；負責局機關和直屬單位幹部職工的理論學習、思想政治教育和精神文明建設；負責人員招聘、培訓教育、考核獎懲、專業技術職務評聘，指導和監督職工勞動保障和勞動爭議調解；負責因公出國和因私出國的審批；負責局機關和直屬單位的黨群工作。
(十四)離退休幹部辦公室。
負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位離退休幹部工作。市水務局行政編制為103。其中:局長(黨委書記)1，副局長4，黨委副書記1，紀委書記兼任市紀委派駐紀檢組組長，總工程師1；正廳級領導15人(含黨委專職副書記1人)，副廳級領導14人。
單獨行政編制2名。
後勤服務人員1人。(1)水資源保護與水汙染防治的職責分工。市水務局負責水資源保護，市環保局負責水環境質量和水汙染防治。兩部門要進壹步加強協調合作，建立磋商機制，定期通報水資源保護和水汙染防治情況，協商解決重大問題。市環保局發布水環境信息，並對信息的準確性和及時性負責。市水務局應當與市環保局協商，發布水資源信息中涉及水環境質量的內容。(2)與交通部門的職責分工。在河道及其河口、航道重疊範圍內發生的違反水法律法規的行為，由市水務局依法處理；涉及主要航道的違反水法規行為，由市水務局會同市交通委或廣州港務局處理。其他部門在建設涉及水務的交通設施時，應事先征求市水務局的意見；市水務局在建設涉及港口、航道、水路運輸的水上設施時，應事先征求市交委或廣州港務局的意見。
(三)下屬機構的設立、職責和編制另行規定。