壹、稅務登記申報資料的核查
稅務局會先檢查公司的稅務登記情況，確保公司已經按照規定辦理了稅務登記，並取得了稅務登記證。同時，稅務局還會審核公司的納稅申報表，包括納稅申報表、財務報表、憑證賬簿等。，核實公司是否按照稅法規定及時準確申報納稅。
二、現場檢查和實地調查
稅務局有權對公司的經營場所進行現場檢查和實地調查。現場檢查時，稅務局會對公司的生產經營、財務狀況、存貨等情況進行檢查，核實公司實際經營情況是否與申報信息壹致。此外，稅務局還可能調查公司的供應鏈和銷售渠道，了解公司的商業模式和盈利能力。
第三，數據對比和風險評估
稅務局會利用稅收征管系統對公司的數據進行比對分析，包括同行業、同地區企業的數據，以及公司的歷史數據。通過數據比對，稅務局可以發現公司可能出現的異常情況和風險點，進而進行針對性的核查。同時，稅務局還會對公司的納稅信用進行評估，對信用等級低的公司加強監督核查。
四、稅務檢查和專項檢查
如果稅務局在核查過程中發現該公司存在涉稅問題或疑點，將進壹步開展稅務檢查或專項檢查。稅務檢查是對公司納稅情況進行全面深入的核查，包括對公司的賬簿、憑證、合同等資料進行詳細審查。專項檢查是針對增值稅發票管理、企業所得稅稅前扣除等特定涉稅問題的專項檢查。
動詞 （verb的縮寫）處理和處罰
對核查中發現的問題，稅務局將依法處理。如果公司沒有繳納或者漏繳稅款，稅務局會要求公司補繳稅款，並加收滯納金。對於故意偷稅、抗稅等嚴重違法行為，稅務局將依法處罰，並將相關情況移送司法機關處理。
總而言之:
稅務局主要通過稅務登記和申報資料核查、現場檢查和實地調查、數據比對和風險評估、稅務檢查和專項檢查等方式對公司稅務進行檢查。這些措施有助於確保企業依法納稅，維護稅收秩序，促進經濟健康發展。
法律依據:
中華人民共和國稅收征收管理法
第54條規定:
稅務機關有權進行下列稅務檢查:
(壹)檢查納稅人的帳簿、會計憑證、報表和有關資料，檢查扣繳義務人代扣代繳、代收代繳稅款的帳簿、會計憑證和有關資料；
(二)到納稅人的生產經營場所和貨物存放場所檢查納稅人的應稅商品、貨物或者其他財產，檢查扣繳義務人與代扣代繳、代收代繳稅款有關的業務；
(三)責令納稅人、扣繳義務人提供與納稅或者代扣代繳、代收代繳稅款有關的文件、證明材料和有關資料；
(四)向納稅人、扣繳義務人詢問與納稅或者代扣代繳、代收代繳稅款有關的問題和情況；
(五)前往車站、碼頭、機場、郵政企業及其分支機構，檢查納稅人托運或者郵寄應稅商品、貨物或者其他財產的有關單據、憑證和有關資料；
(六)經縣級以上稅務局(分局)局長批準，憑全國統壹格式的《存款賬戶查詢許可證書》，查詢從事生產、經營的納稅人、扣繳義務人在銀行或者其他金融機構的存款賬戶。稅務機關調查稅收違法案件時，經設區的市或者自治州以上稅務局(分局)局長批準，可以查詢涉嫌人員的儲蓄存款。稅務機關查詢獲得的信息不得用於稅收以外的目的。
《中華人民共和國稅收征收管理法實施細則》
第86條規定:
稅務機關行使稅收征管法第五十四條第(壹)項職權時，可以在其營業場所、貨物存放場所檢查納稅人、扣繳義務人的賬簿、會計憑證、報表及有關資料；可以檢查扣繳義務人的帳簿、會計憑證和有關資料。