⑴辦公室(行政事務科)。負責機關日常運行，並承擔信息、保密、信訪、政務公開、信息化等工作；開展司法行政理論和實踐研究，提出政策建議；負責制定本系統的發展戰略、中長期規劃和重大政策；負責推進司法行政改革；負責政務活動的組織實施和監督；負責公文審核和綜合性文件的起草；承辦局機關行政服務，負責局機關行政審批的受理、組織、協調、跟蹤和監督；指導對外交流合作、涉港澳臺交流合作；負責管理本系統的財務、物資設備和基本建設，制定建設標準、經費保障和財務管理辦法；指導和監督中央政法補助資金、省級轉移支付資金和本系統基建投資的使用；負責管理本系統的警用車輛、通訊和物資裝備；負責局機關預決算、財務管理、國有資產管理、政府采購和後勤保障、安全保衛等工作；指導下屬單位的財務管理工作；負責本系統的內部審核。
(2)政治部。承辦機關及所屬事業單位幹部人事、機構編制和勞動工資工作；負責本系統的思想政治工作；管理和監督本系統的團隊建設；按照幹部管理權限，承擔本系統幹部考察工作；承擔黨組會議的日常組織工作；指導全市法治人才隊伍建設的相關工作；參與指導本系統的法律職業教育；配合法律服務人員專業技術職務評審工作；負責組織制定法律職業人員崗前培訓計劃並組織實施；制定本系統幹部教育培訓計劃並組織實施；負責本制度的宣傳教育；管理本系統的表彰獎勵工作；負責機關及所屬事業單位黨群工作；負責離退休幹部工作。
(3)依法治市，辦綜合部。承辦市委依法治市日常事務，承擔相關工作；開展全面依法治市的理論和實踐研究，提出政策建議；承擔綜合依法治市規劃和建議的協調工作；組織起草全面依法治市相關重要文件，參與綜合性文件起草，研究提出建設法治海安、法治政府、法治社會的意見和措施；負責制定全面依法治市決策部署的年度督察工作計劃，開展重大專項督察，提出督察意見和問責建議；制定法治海安、法治政府、法治社會建設指標體系考核標準，組織實施，檢查、督促、指導各區、鎮、市政府部門法治建設，推動落實法治為民辦實事。
(4)行政復議應訴部分。承辦向市政府提出的行政復議申請，承辦以市政府為被申請人的行政復議案件，辦理或者轉送有關規範性文件審查申請；指導和監督全市行政復議工作；制定行政復議和行政訴訟制度；處理涉及行政復議和行政訴訟的來信來訪；承辦全市行政復議、行政訴訟統計和重大行政復議決定備案工作；負責全市行政復議和應訴人員的培訓；承辦市政府行政訴訟事務；協調涉及訴訟的市政府法律事務；指導和監督行政訴訟和行政賠償工作；承辦向市政府申請的行政賠償案件；承擔征地補償安置爭議的協調工作；承擔市行政復議委員會的日常工作；負責本局的行政回應。
(5)記錄審查部分。統籌規劃、綜合協調、監督指導全市依法行政工作，承擔市全面推進依法行政工作領導小組辦公室的日常工作；負責制定市政府規範性文件年度計劃；對市政府規範性文件和擬批準的市級部門規範性文件進行合法性審查；承擔市政府規範性文件的清理、監督、評估和跟蹤檢查工作；承辦市政府規範性文件備案工作；協調推進、監督檢查和指導規範性文件合法性審核機制建設；承擔本局規範性文件的審查工作；承擔立法研究的上級聯系和征求意見工作；承擔市政府法律顧問職責，為市政府重大行政決策和行政行為提供法律意見；指導、監督和協調市政府法律顧問的工作；承辦市政府的合同審查工作；指導和監督市政府合同工作。
(六)行政執法協調監督科。負責行政執法的綜合協調；指導和監督各區、鎮、各部門的行政執法工作，推進嚴格、規範、公正、文明執法；指導和推進全市相對集中行政處罰權和行政許可權工作；承辦行政執法主體資格認證；負責各區、鎮、各部門行政執法證件的發放和管理；負責協調行政執法體制改革和行政執法的普遍性和重要性；負責市政府“簡政放權、加強監管、改善服務”改革措施的法律協調；指導行政裁決工作；指導、協調實施行政執法公示、執法全過程記錄、重大執法決定合法性審查等工作；受理行政執法投訴，對違法行政行為提出監督處理建議；承擔市政府批準的相關行政強制措施的合法性審查；組織行政執法業務培訓。
(7)社區矯正管理科(社區矯正管理大隊)。貫徹執行有關社區矯正的法律、法規和相關政策，研究、制定並組織實施全市社區矯正規劃和管理制度；負責全市社區服刑人員的刑罰執行、監督、管理、教育和救助工作；組織社會力量和誌願者參與社區矯正工作；負責社區矯正工作的宣傳、培訓和理論研究；依法審查處理或提請相關社區服刑人員刑罰變更執行案件，負責社區服刑人員不服警告處分的審查，負責協調處理指定社區服刑人員住所變更異議；指導和協調全市社區矯正突發事件的應急處置工作；指導刑滿釋放人員的安置工作。
(八)普法和依法治理。負責制定法治宣傳和法制教育規劃和年度計劃並組織實施；指導和監督各區、鎮、各部門落實“誰執法、誰普法”的普法責任制，促進全民普法；指導和監督國家工作人員學法用法工作；指導各區、鎮、各部門、各行業依法治理，創建法治政府；組織境外法治宣傳工作；指導社會主義法律文化建設；承擔法治宣傳教育領導小組辦公室的日常工作。
(9)人民參與和促進法治部分。負責制定全市保障人民參與、推進和監督法治的制度措施；引導人民團體、群眾性自治組織和社會組織參與和支持法治社會建設；指導和推動司法所建設；指導人民調解、行政調解和專業調解；指導人民陪審員和人民監督員的選任和管理工作；指導基層法律服務；負責基層法律服務工作者和基層法律服務違法行為的行政處罰；承擔市醫療糾紛人民調解領導小組辦公室的相關工作。
(10)公共法律服務處(市法律援助中心)。負責規範和推進全市公共法律服務體系和平臺建設；指導、監督和實施全市法律援助工作；指導和監督全市司法鑒定和仲裁工作，編制全市公證和司法鑒定名冊並予以公告；參與公證員、司法鑒定人專業技術職稱評審；引導社會組織和誌願者開展法律服務；指導和監督全市公證法律、法規和政策的貫徹實施；指導和監督全市公證員和公證員依法開展執業活動；協助南通市司法局對公證員和公證員、司法鑒定人、司法鑒定機構違法違紀行為進行行政處罰。
(11)律師工作科。指導和監督全市律師工作；指導和監督全市律師事務所和律師的執業活動，協助南通市司法局對律師和律師事務所違法違規行為進行行政處罰；指導和監督全市黨政機關、企事業單位法律顧問的工作；指導和監督全市公職律師和企業律師的工作；負責全市律師事務所設立、變更、註銷的初審；負責涉港澳臺法律事務管理，承辦司法行政中的涉港澳臺法律事務；開展全市律師年度考核；指導和監督市律師協會的工作。