法律法規對長江、太湖等流域管理另有規定的，從其規定。
河道內的航道依照有關航道管理的法律、法規執行。第三條河道管理應當堅持統壹規劃、綜合整治、積極保護、合理利用的原則，充分發揮河道的防洪抗旱、航運、旅遊、生態和景觀功能。第四條市、縣級市、區人民政府應當加強對河道管理工作的領導，將其納入國民經濟和社會發展規劃，對本行政區域內的河道防洪安全和水環境質量負責。行政長官負責防洪和清除河道障礙物。各河流要明確綜合治理責任人，對河流水生態和水環境及斷面水質的持續改善負領導責任。
河道整治和保護所需資金納入政府預算，按照政府投入與受益者合理承擔相結合的原則多渠道籌集。
鎮人民政府和街道辦事處應當按照職責權限，做好本行政區域內河道管理的相關工作。第五條水行政主管部門是河道主管機關，按照規定權限負責本行政區域內河道的統壹監督管理；受同級水行政主管部門委托，河道管理機構負責河道的日常監督管理。
發展改革、規劃、交通、建設、土地、環保、市政公用、農林等政府有關部門應當按照各自職責，做好本條例的實施工作；涉及河流文化旅遊功能開發的，政府相關部門應積極配合。第六條河道管理實行統壹管理和分級管理相結合的管理體制。
河道分級管理權限，由市水行政主管部門會同有關部門提出方案，報市人民政府批準後公布。
根據河道管理的需要，上級水行政主管部門管理的河道可以委托下級水行政主管部門管理。第七條任何單位和個人都有保護河道及其配套工程安全、保護水環境和依法參加防汛搶險的義務，有權勸阻、制止和舉報破壞河道及其配套工程、危害河道生態環境的行為。
對河道整治和保護以及防汛搶險做出突出貢獻的單位和個人，由各級人民政府或者水行政主管部門給予表彰和獎勵。第二章河道規劃與整治第八條市、縣級市、區水行政主管部門應當按照職責權限，會同規劃、國土、交通等有關部門編制水系規劃等河道規劃。涉及河道綜合功能開發的，應當聽取政府有關部門的意見，報同級人民政府批準後實施，並報上壹級水行政主管部門和規劃行政主管部門備案。
修改河道規劃應當經原批準機關批準。第九條河道規劃應當符合流域綜合規劃、區域綜合規劃、土地利用總體規劃和城鄉規劃，符合國家、省、市防洪排澇標準、通航標準和其他相關技術規定，確保河網水面率不下降。
有關部門在編制或者修改涉及河道的各類規劃時，應當按照規劃審批權限，事先征求同級水行政主管部門的意見。第十條水行政主管部門應當根據河道規劃，提出河道規劃控制線方案，經規劃行政主管部門批準後實施；涉及航道的，水行政主管部門應當事先征求交通行政主管部門的意見。河道整治、保護和涉及河道的各類工程，應當嚴格按照河道規劃控制線實施。
河道規劃控制線內的土地，由國土、規劃、水行政主管部門按照國務院規定的權限報縣級以上人民政府批準後，劃定為規劃保護區，並予以公告。
規劃保留區內壹般不得建設與防洪無關的工礦設施。特殊情況下確需施工的，應當事先征求有關水行政主管部門的意見，並依法報經有關部門批準。第十壹條水行政主管部門應當會同有關部門根據河道規劃制定河道整治年度計劃，報同級人民政府批準後實施。
河道整治年度計劃應當明確截汙控汙、防洪排澇、河道疏浚、濱水空間改造等整治目標，明確責任單位和任務分工。
對嚴重影響水質、防洪安全和環境景觀的河道，應當優先采取應急措施。第十二條河道整治應當符合河道規劃，執行相關技術標準和規範，滿足河道功能要求。
河道整治應當註意保護和恢復河道及其周邊地區的生態環境和歷史文化景觀。河道整治選用的材料和使用的作業機械應符合環保和生態的要求。