我國證據制度中不乏關於證據運用的規定，只是因為規定抽象而零散，系統而規範，以至於人們的認識模糊而不壹。
(壹)核查中的客觀事實和法律事實。“查證屬實”是證據運用的基本原則。然而，在司法實踐中，被查證的“事實”是指“客觀事實”還是“法律事實”，困擾著司法實踐。筆者認為，案件的客觀事實是指案件的本質要素及其內在聯系；案件的法律事實是指刑法和刑事訴訟法規定的構成刑事案件的要素以及它們之間的關系。總之，案件的客觀事實是案件的內在聯系，辦案人員無法完全了解；案件的法律事實是定案的依據，辦案人員必須獲取。當案件中的主要犯罪事實已經查明，其他次要犯罪事實無法查明時，辦案人員可以忽略未查明的部分，根據已查明的部分不能定罪的，應當立案偵查。【1】(P7)可見，用證據驗證事實真相的原則，壹方面要求必須尊重客觀事實，必須發現案件的真相；另壹方面，證明過程是將客觀事實轉化為法律事實的應用過程。只有將壹些客觀事實按照法律規定的種類、形式和要求進行查證，使之成為法律真實，才能在案件中起到證明作用。
(2)懺悔主義和零懺悔規則。口供主義又稱口供情結，是指在司法實踐中，偵查人員重視口供，輕視其他證據。表現在有口供就相信，即使沒有其他可證實的證據也草率決定；相反，沒有口供，甚至“沒有口供，沒有記錄”，我們不敢做最後的決定。懺悔主義是導致犯罪嫌疑人人身權利受到侵犯的主要原因之壹。
“零口供”規則來源於2000年遼寧省撫順市順城區人民檢察院頒布的《主訴檢察官辦案零口供規則》。這壹規則的精神表明，偵查機關將包括犯罪嫌疑人供述在內的案件移送檢察機關審查批準起訴時，檢察官應當將供述視為零，然後根據對案件其他證據的分析，判斷犯罪嫌疑人是否有犯罪事實，是否批準起訴。[2]
顯然，口供主義違背了“重證據不輕信口供”的原則，“零口供”也不是在沒有被告人口供等證據確實充分的情況下就可以定案的原則的體現。因為零口供忽視了口供在口供面前的作用，或者說是可以獲得的，所以完全排斥口供，拋棄口供。如果辦案人員以“零口供”規則為指引，把口供的作用削弱到不用的地步，就無法完成訴訟任務。當然，這種做法並不是訴訟效益的價值選擇。所以在實踐中，既不能提倡“坦白”，也不能搞“零坦白”。
(3)毫無疑問，而且更輕，依賴性更強。疑罪是指犯罪嫌疑人、被告人是否犯罪，既不能證明他有，也不能證明他有。針對這種情況，實踐中《刑事訴訟法》第162條第三款規定:“證據不足，不能認定被告人有罪的，證據不足，指控的罪行不能成立的，作出無罪判決。”即采取永遠不要有神秘感的做法；在偵查階段，有些人“掛”在壹邊，不結案，不起訴，不撤案。產生上述問題的原因，歸根結底是證據方面的問題:壹是實體法意義上的刑事證據確實不足，無法開展證明活動；二是關系到刑事訴訟證明活動中對“證據確實充分”這壹證明標準的理解和運用。這裏我分析第二個原因。在司法實踐中，對證明標準的不同理解可能導致同壹案件的不同結果。實際上，具體案件證據“確實充分”的標準，不是壹個“是”或“否”的問題，而是壹個合理程度的問題。如果每個案例都能結合其具體情況，用具體的標準進行綜合衡量，實踐中存疑的案例就會大大減少。即使有存疑的案件，從不處理或從輕處理的合法性和準確性也會更高，同樣的事實在法律適應的過程中也不會出現截然不同或截然相反的結果，不必要的糾紛也會大大減少。當然，“懸疑離案”是不可取的，因為放棄舉證責任是司法失職。
(四)證人證言使用效力的缺陷。證人證言適用中的壹個弊端是，不傳喚證人出庭作證，往往只當庭宣讀其中壹份“摘錄”，難以判斷證言有無虛假。當證人證言真假難辨時，證人無法當面澄清，嚴重影響了證言的證據效力。雖然司法實踐中每壹個案件都或多或少有證人證言，但由於目前證人出庭比例過低，相關法律規定形同虛設，刑事訴訟中常見的證據種類，其適用效力大打折扣。