1．會計制度與稅法規定的差異不調整
現行《企業會計制度》與稅法間存在差異，主要原因在於會計制度與稅法的目的不同。會計制度是為會計信息的使用者提供真實，完整的財務信息。而稅法主要是保證國家的財政收入，利用稅收杠桿進行宏觀調控。而銀行企業會計制度與稅法差異主要集中在壞賬損失的處理和各種準備金的提取，兩者在成本費用扣除、準備金提取上的標準並不完全壹致。對於會計制度與稅法規定的差異，企業應按稅法規定進行納稅調整，否則可能引發稅收風險。
2．企業的稅法知識更新不及時
隨著我國經濟的發展，我國的稅法也在動態發展，壹些舊的稅法不適應社會經濟的發展而被作廢，代之以壹些新的稅法規定。如果企業辦稅人員沒有及時關註或正確理解新稅法的相關變化，繼續沿用已經作廢的法律法規或錯誤適用稅法規定，便會造成壹定的涉稅風險。
3．企業稅收風險管理不到位
當前，銀行企業大多沒有設立相應的稅收風險管理機構。壹方面，企業內部權責劃分是否合理，內部稅務管理制度是否完善，稅務機關都難以監控到位。另壹方面，銀行企業普遍沒有配備固定的稅收風險管理人員，辦稅人員壹般由會計人員兼任，而且變動比較頻繁，增加了稅務機關對其進行培訓的難度。
稅務機關稅收管理存在的問題
1．日常管理有待加強
稅收風險從日常表象上看往往不易被發現，而實際上可能造成比較嚴重的後果。由於銀行企業的專業性、特殊性，銀行企業的某些涉稅業務辦理流程和要求會與壹般生產經營企業存在差異。業務辦理流程應隨著稅收政策的變化而及時調整。稅務機關發布新的政策若相關後續工作未能跟進細化，可能給納稅人帶來了不便。另壹方面，銀行企業稅收管理主要依靠審批制度，稅收管理員每年忙於處理大量的呆帳、財產損失審批件，而且日常工作的信息化建設不夠完善，相當壹部分工作仍需人工去完成，因此無法抽出更多的時間對企業的經營情況、內部管理制度等進行深入的了解、分析。
2．信息溝通機制有待完善
在稅收管理中，常常需要稅務機關與其他政府部門的溝通、稅務部門之間的溝通。當前，由於缺少與工商部門的溝通方式，存在企業已在工商部門登記，但未作稅務登記的情況，也存在主管稅務機關不清的情況。2008年國家稅務總局發布了《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法》以來，廣州的銀行企業壹直執行“統壹計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的稅收管理辦法。在上述管理辦法之下，分支機構主管稅務機關對外省、市的總機構無管轄權，無法準確掌握分支機構上報總機構的相關信息，而總機構主管稅務機關對眾多的分支機構的稅收管理又“鞭長莫及”，導致分支機構的管理處於真空地帶，存在廣州稅源流失的隱患。
3．稅收數據管理應用有待豐富
銀行企業的稅務變更、申報納稅、優惠審批等日常涉稅事項都產生大量的稅收數據。管理員對稅收數據進行定期分析時，CTAIS的統計查詢功卻不能提供更有效的幫助。系統雖有監控稅收收入等指標，但缺少自動的橫向、縱向對比，自動查找異常情況和風險點，自動按各需求反饋監控分析結果等功能。管理員只能從CTAIS中導出原始數據，按照自己需求在EXCEL表裏進行加工處理，再人工進行分析。