“二、關於營利性醫療機構的稅收政策
（壹）對營利性醫療機構取得的收入，按規定征收各項稅收。但為了支持營利性醫療機構的發展，對營利性醫療機構取得的收入，直接用於改善醫療衛生條件的，自其取得執業登記之日起，3年內給予下列優惠：對其取得的醫療服務收入免征營業稅；對其自產自用的制劑免征增值稅；對營利性醫療機構自用的房產、土地、車船免征房產稅、城鎮土地使用稅和車船使用稅。3年免稅期滿後恢復征稅。
（二）對營利性醫療機構的藥房分離為獨立的藥品零售企業，應按規定征收各項稅收”。
2009年，隨著新的營業稅暫行條例的公布實施，財政部、國家稅務總局出臺《關於公布若幹廢止和失效的營業稅規範性文件的通知》（財稅[2009]61號），對有關營業稅規範性文件進行了清理，其中，財稅[2000]42號文也在清理之列，具體清理內容：
部分廢止或失效的文件：
9.財政部 國家稅務總局關於醫療衛生機構有關稅收政策的通知（財稅[2000]42號）有關營業稅規定，
由此可見，財稅[2009]61號文廢止了財稅[2000]42號文中有關免征營利性醫療機構取得的醫療服務收入營業稅的條款規定。
但是，根據營業稅暫行條例（國務院令第480號）的規定：
下列項目免征營業稅：
（三）醫院、診所和其他醫療機構提供的醫療服務；
所以，對於包括營利性醫療機構在內的醫療衛生機構取得的醫療服務收入，給予免征營業稅的稅收優惠政策，仍然有效。